More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1805 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
137 aa  280  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.87 
 
 
136 aa  209  7.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.87 
 
 
136 aa  209  9e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.15 
 
 
136 aa  203  7e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  77.61 
 
 
135 aa  201  3e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.88 
 
 
136 aa  194  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.4 
 
 
136 aa  187  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.89 
 
 
137 aa  184  4e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  57.14 
 
 
142 aa  163  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  57.14 
 
 
142 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  57.14 
 
 
142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  57.14 
 
 
142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  57.14 
 
 
142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  57.14 
 
 
142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  57.14 
 
 
140 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  57.14 
 
 
142 aa  162  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2279  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.44 
 
 
137 aa  162  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.079959  normal  0.0276297 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  55.73 
 
 
139 aa  161  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.64 
 
 
142 aa  160  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.73 
 
 
143 aa  160  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.64 
 
 
140 aa  160  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2237  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.7 
 
 
137 aa  159  9e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.55 
 
 
138 aa  159  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.89 
 
 
142 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.89 
 
 
140 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.89 
 
 
140 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.14 
 
 
140 aa  156  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1965  biopolymer transport transmembrane protein  61.94 
 
 
137 aa  154  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1947  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.23 
 
 
139 aa  154  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.45 
 
 
140 aa  148  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.45 
 
 
140 aa  149  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.39 
 
 
140 aa  148  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  51.47 
 
 
140 aa  147  4e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.44 
 
 
139 aa  147  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.45 
 
 
140 aa  142  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.08 
 
 
138 aa  142  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.55 
 
 
139 aa  142  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.218457 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.7 
 
 
140 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.73 
 
 
140 aa  142  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.7 
 
 
140 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2118  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.7 
 
 
136 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0526178  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.45 
 
 
140 aa  141  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0383  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.99 
 
 
141 aa  140  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0787741 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1794  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.96 
 
 
136 aa  140  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0946301  normal  0.726356 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.99 
 
 
141 aa  140  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.91 
 
 
137 aa  138  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.04 
 
 
139 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3233  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
142 aa  136  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.55 
 
 
141 aa  135  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.15 
 
 
141 aa  135  3.0000000000000003e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.52 
 
 
141 aa  133  9e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0440021  normal  0.632014 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.41 
 
 
176 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.41 
 
 
176 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.41 
 
 
176 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4354  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.88 
 
 
143 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  47.41 
 
 
176 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1532  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.93 
 
 
141 aa  131  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  46.67 
 
 
176 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.59 
 
 
143 aa  130  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.85 
 
 
143 aa  130  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.19 
 
 
158 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0878  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.2 
 
 
141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0295235  normal  0.0766117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1022  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.2 
 
 
141 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0335138  normal  0.0307792 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1147  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.74 
 
 
140 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.15 
 
 
140 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.93 
 
 
153 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0912  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.68 
 
 
139 aa  126  9.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1756  biopolymer transport ExbD protein  46.83 
 
 
143 aa  124  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.439399 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.19 
 
 
139 aa  124  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1210  biopolymer ExbD/TolR family transporter  46.04 
 
 
178 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.98 
 
 
140 aa  124  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.65 
 
 
139 aa  123  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3451  ExbD/TolR family transport energizing protein  47.41 
 
 
176 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141094  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3416  ExbD/TolR family transport energizing protein  47.41 
 
 
172 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.35 
 
 
133 aa  120  5e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1119  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.34 
 
 
144 aa  119  9e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0548  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.19 
 
 
151 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268527  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0653  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.19 
 
 
151 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0620  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.19 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0170  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.19 
 
 
151 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1047  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.2 
 
 
139 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0011  biopolymer transport ExbD1 protein  42.65 
 
 
139 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0813  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.48 
 
 
136 aa  113  7.999999999999999e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 
166 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1052  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.15 
 
 
156 aa  111  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.85 
 
 
133 aa  112  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 
133 aa  110  5e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1936  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.62 
 
 
142 aa  110  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.211581 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0010  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.99 
 
 
141 aa  110  7.000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041719 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3232  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.53 
 
 
146 aa  108  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  39.55 
 
 
139 aa  108  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.44 
 
 
151 aa  108  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.340528 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0751  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.61 
 
 
107 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  37.04 
 
 
139 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3739  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.19 
 
 
152 aa  106  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.220249 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0219  putative transport-related membrane protein  38.24 
 
 
145 aa  106  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.748949  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0011  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.18 
 
 
136 aa  105  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4498  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.83 
 
 
141 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  38.81 
 
 
139 aa  105  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0806  biopolymer transport ExbD protein  39.13 
 
 
173 aa  105  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274891 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>