More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1779 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1779  elongation factor P  100 
 
 		 184 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3074  elongation factor P  90.76 
 
 		 184 aa  357  6e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.14851 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1625  elongation factor P  90.76 
 
 		 184 aa  356  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.531949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3233  elongation factor P  90.22 
 
 		 184 aa  353  8.999999999999999e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.475124  normal  0.149098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1648  elongation factor P  90.76 
 
 		 184 aa  352  2e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.244002  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2871  elongation factor P  89.13 
 
 		 184 aa  344  4e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.136553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2362  elongation factor P  88.04 
 
 		 184 aa  340  5.999999999999999e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.681402  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2875  elongation factor P  88.04 
 
 		 184 aa  340  5.999999999999999e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.220624  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2242  elongation factor P  85.87 
 
 		 184 aa  339  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0208447  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1934  elongation factor P  86.41 
 
 		 184 aa  338  2.9999999999999998e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.204738 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1962  elongation factor P  83.7 
 
 		 199 aa  318  1.9999999999999998e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0767927  normal  0.96183 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1069  elongation factor P  75 
 
 		 188 aa  282  2.0000000000000002e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0510953  normal  0.169109 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1755  elongation factor P  72.28 
 
 		 185 aa  278  3e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0413  elongation factor P  73.37 
 
 		 186 aa  277  7e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.154549  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2035  elongation factor P  71.2 
 
 		 185 aa  275  3e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.373197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0857  elongation factor P  69.02 
 
 		 186 aa  273  8e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.114247  normal  0.479626 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0132  elongation factor P  70.65 
 
 		 185 aa  271  6e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0421  elongation factor P  71.2 
 
 		 186 aa  269  2e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1737  elongation factor P  72.28 
 
 		 185 aa  269  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.862842  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2412  elongation factor P  71.74 
 
 		 186 aa  268  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0259634 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0849  elongation factor P  71.2 
 
 		 185 aa  266  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0141003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1021  elongation factor P  70.65 
 
 		 185 aa  265  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1017  elongation factor P  70.65 
 
 		 185 aa  265  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.270978  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2771  elongation factor P  71.74 
 
 		 185 aa  264  4e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0550  elongation factor P  71.74 
 
 		 185 aa  264  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1782  elongation factor P  71.74 
 
 		 185 aa  264  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0461395  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2886  elongation factor P  71.74 
 
 		 185 aa  264  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2822  elongation factor P  71.74 
 
 		 185 aa  264  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0858558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2833  elongation factor P  71.74 
 
 		 185 aa  264  4e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2459  elongation factor P  71.74 
 
 		 185 aa  264  4e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4253  elongation factor P  70.11 
 
 		 185 aa  264  5.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2163  elongation factor P  70.11 
 
 		 185 aa  263  8e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.54677 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0565  translation elongation factor P  65.95 
 
 		 189 aa  263  1e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1099  elongation factor P  69.57 
 
 		 185 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0661  elongation factor P  69.57 
 
 		 185 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.551616  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1141  elongation factor P  69.57 
 
 		 185 aa  262  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2246  elongation factor P  69.57 
 
 		 186 aa  261  6e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1093  elongation factor P  69.02 
 
 		 185 aa  258  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2891  elongation factor P  69.02 
 
 		 185 aa  257  7e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.665386  normal  0.0670504 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1699  elongation factor P  62.57 
 
 		 188 aa  238  5e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000109401  normal  0.0250374 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1915  elongation factor P  62.16 
 
 		 186 aa  234  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120633  unclonable  0.00000167912 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2268  elongation factor P  60.75 
 
 		 186 aa  234  6e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.04773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2049  elongation factor P  60.75 
 
 		 186 aa  231  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000851493  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1908  elongation factor P  60.75 
 
 		 186 aa  230  8.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000484999  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1992  elongation factor P  61.08 
 
 		 186 aa  229  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000014351  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2339  elongation factor P  58.92 
 
 		 186 aa  228  4e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0127708  hitchhiker  0.0000774708 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0999  elongation factor P  64.17 
 
 		 191 aa  227  6e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.692451  normal  0.398098 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0934  elongation factor P  64.17 
 
 		 191 aa  227  7e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118774  normal  0.0465306 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2328  elongation factor P  62.9 
 
 		 186 aa  226  1e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1875  elongation factor P  63.44 
 
 		 186 aa  225  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000405635  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2038  elongation factor P  62.37 
 
 		 186 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000835391  hitchhiker  0.00115399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1937  elongation factor P  62.37 
 
 		 186 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000886645  hitchhiker  0.00672321 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2141  elongation factor P  62.37 
 
 		 186 aa  224  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000141842  hitchhiker  0.000269097 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4518  elongation factor P  62.37 
 
 		 186 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2189  elongation factor P  62.37 
 
 		 186 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000173  unclonable  0.00000474923 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2245  elongation factor P  62.37 
 
 		 186 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000454991  decreased coverage  0.0000000000324957 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2232  elongation factor P  62.37 
 
 		 186 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000315255  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2139  elongation factor P  62.37 
 
 		 186 aa  223  1e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000480024  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15280  elongation factor P  56.22 
 
 		 188 aa  221  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00757913  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2304  elongation factor P  56.99 
 
 		 188 aa  220  9e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0302862  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27210  elongation factor P  56.99 
 
 		 188 aa  220  9e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.791467  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1898  Elongation factor P  49.46 
 
 		 189 aa  187  5.999999999999999e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.185446  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2130  translation initiation factor 5A (eIF-5A)  48.65 
 
 		 190 aa  182  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0576423  normal  0.464149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1765  translation elongation factor P  45.99 
 
 		 189 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3999  elongation factor P  45.99 
 
 		 189 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000867749  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3628  elongation factor P  45.45 
 
 		 189 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000158679  normal  0.046264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1858  elongation factor P  44.62 
 
 		 189 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.453569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1468  elongation factor P  44.09 
 
 		 189 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1433  elongation factor P  44.09 
 
 		 189 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.279879 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3856  elongation factor P  44.62 
 
 		 189 aa  171  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198418  normal  0.116801 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0996  translation elongation factor P  42.02 
 
 		 190 aa  150  7e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2275  translation elongation factor P  39.89 
 
 		 191 aa  144  6e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1660  translation elongation factor P  41.67 
 
 		 186 aa  142  2e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1034  translation elongation factor P  37.84 
 
 		 185 aa  134  7.000000000000001e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1713  translation elongation factor P  38.89 
 
 		 189 aa  133  1.9999999999999998e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06150  translation elongation factor P  40.85 
 
 		 186 aa  130  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0682  translation elongation factor P  36.31 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0682  translation elongation factor P  36.31 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12554  elongation factor P  35.14 
 
 		 187 aa  129  3e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0185944 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1390  translation elongation factor P  37.84 
 
 		 186 aa  129  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.842759  normal  0.106183 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0648  translation elongation factor P (EF-P)  36.31 
 
 		 190 aa  129  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.581307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2147  elongation factor P  36.22 
 
 		 187 aa  128  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000102512  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1305  elongation factor P  40.49 
 
 		 187 aa  127  7.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.656375  normal  0.0587891 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1523  elongation factor P  40 
 
 		 185 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1005  translation elongation factor P  37.5 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0546  translation elongation factor P  43.23 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1037  elongation factor P  39.63 
 
 		 185 aa  125  4.0000000000000003e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.429569  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00251  elongation factor P  36.96 
 
 		 186 aa  125  4.0000000000000003e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.202091  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1717  translation elongation factor P (EF-P)  37.8 
 
 		 188 aa  124  6e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0425827 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00251  elongation factor P  36.96 
 
 		 186 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3606  translation elongation factor P (EF-P)  38.67 
 
 		 186 aa  124  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.169587 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0693  translation elongation factor P  35.2 
 
 		 190 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0664  translation elongation factor P  36.76 
 
 		 185 aa  123  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1061  elongation factor P  38.55 
 
 		 185 aa  122  2e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1051  elongation factor P  38.55 
 
 		 185 aa  122  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00301  elongation factor P  38.59 
 
 		 186 aa  122  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3145  translation elongation factor P  36.96 
 
 		 185 aa  122  3e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0027119 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0564  elongation factor P  38.04 
 
 		 185 aa  122  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0026  elongation factor P  36.41 
 
 		 186 aa  122  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0547  elongation factor P  38.04 
 
 		 185 aa  122  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>