More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1746 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
257 aa  501  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2731  GntR family transcriptional regulator  73.97 
 
 
261 aa  355  2.9999999999999997e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000186795  normal  0.0139063 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3386  GntR family transcriptional regulator  71.31 
 
 
264 aa  344  7e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.020999 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1351  GntR family transcriptional regulator  65.69 
 
 
252 aa  273  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1138  GntR family transcriptional regulator  59.34 
 
 
242 aa  258  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000128923 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4140  transcriptional regulator, GntR family  54.55 
 
 
251 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183104  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1907  GntR family transcriptional regulator  55.46 
 
 
251 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.128765  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3215  GntR family transcriptional regulator  55.2 
 
 
256 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0184388 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2185  GntR family transcriptional regulator  56.82 
 
 
251 aa  236  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6551  transcriptional regulator, GntR family  48.95 
 
 
250 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0264715  normal  0.779527 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  45.88 
 
 
252 aa  196  4.0000000000000005e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
273 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2134  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
240 aa  165  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777086  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1295  GntR family transcriptional regulator  44.61 
 
 
239 aa  165  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.800787 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
243 aa  159  5e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0845  GntR family transcriptional regulator  40.39 
 
 
231 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2043  GntR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
237 aa  148  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1336  GntR family transcriptional regulator  42.22 
 
 
246 aa  148  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
233 aa  140  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0345  GntR family transcriptional regulator  42.93 
 
 
238 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2168  GntR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
237 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0196493  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64820  putative transcriptional regulator  44.61 
 
 
237 aa  138  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00305784  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5629  putative transcriptional regulator  41.48 
 
 
237 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6553  GntR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
233 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.697702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3738  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
237 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2025  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
244 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2710  transcriptional regulator GntR  40.5 
 
 
236 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0839086  normal  0.32208 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2906  transcriptional regulator VanR  39.65 
 
 
236 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118956  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
224 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3788  GntR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
238 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4322  GntR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1372  GntR family transcriptional regulator  40.29 
 
 
242 aa  115  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 
247 aa  107  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
227 aa  99.4  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
237 aa  98.2  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
231 aa  97.4  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  34.16 
 
 
232 aa  94.7  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  32.55 
 
 
225 aa  94  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  30.18 
 
 
256 aa  92.4  5e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2175  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 
223 aa  91.3  1e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000546644  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
222 aa  91.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2862  GntR domain protein  34.22 
 
 
229 aa  90.5  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 
231 aa  89.7  4e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  54.76 
 
 
230 aa  89.7  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  34.83 
 
 
246 aa  89  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  33.95 
 
 
221 aa  89  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 
219 aa  88.6  9e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
235 aa  87  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 
227 aa  87  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6620  transcriptional regulator, GntR family  35.55 
 
 
207 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0364591  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
248 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 
223 aa  86.7  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
232 aa  85.9  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
222 aa  85.9  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
233 aa  85.5  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
229 aa  85.5  8e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0180  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 
217 aa  85.5  9e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  31.38 
 
 
240 aa  84.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3604  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
214 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.463907 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
233 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  50 
 
 
228 aa  84  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 
234 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
233 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
254 aa  84  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 
219 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 
235 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 
231 aa  83.6  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4824  transcriptional regulator, GntR family  30.53 
 
 
231 aa  83.2  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.679029  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  34.53 
 
 
293 aa  84  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
223 aa  83.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 
231 aa  83.6  0.000000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  33.18 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
255 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  30.35 
 
 
214 aa  83.2  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  27.5 
 
 
226 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4772  transcriptional regulator, GntR family  29.18 
 
 
235 aa  82.4  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.100134 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
240 aa  82.4  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 
226 aa  81.6  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
275 aa  81.6  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2514  GntR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
234 aa  80.5  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
219 aa  80.9  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
223 aa  80.1  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 
241 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 
263 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 
239 aa  79  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
229 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
218 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  29.91 
 
 
232 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4691  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
233 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.517604  normal  0.0635309 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0665  transcriptional regulator, GntR family  33.01 
 
 
249 aa  79  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0305272 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3891  transcriptional regulator GntR family  32.04 
 
 
231 aa  78.6  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.556155  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1044  transcriptional regulator  30 
 
 
234 aa  78.6  0.00000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000547437  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4357  GntR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
240 aa  77.8  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.899298  normal  0.198787 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
221 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>