50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1697 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1697  3'-5' exonuclease  100 
 
 		 203 aa  418  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2737  3'-5' exonuclease  55.85 
 
 		 198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.196603 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2621  3'-5' exonuclease  55.26 
 
 		 198 aa  219  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2827  3'-5' exonuclease  55.85 
 
 		 198 aa  201  6e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0393048  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4830  3'-5' exonuclease  46.81 
 
 		 294 aa  155  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0991293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2470  3'-5' exonuclease  42.71 
 
 		 217 aa  143  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.774502  normal  0.494629 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1397  3'-5' exonuclease  38.62 
 
 		 195 aa  126  3e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.937954  normal  0.609265 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0888  3'-5' exonuclease  33.69 
 
 		 238 aa  91.7  7e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.329161  normal  0.376556 
 
 
-
 
NC_002950  PG0365  3'-5' exonuclease domain-containing protein  33.14 
 
 		 188 aa  88.2  7e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.628059 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3433  3'-5' exonuclease  32.2 
 
 		 292 aa  87.4  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.271229  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0883  3'-5' exonuclease  30.06 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0280341 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2388  3'-5' exonuclease  30.25 
 
 		 201 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000109184  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1153  exonuclease, putative  32.89 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1014  3'-5' exonuclease  30.91 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0976  3'-5' exonuclease  30.91 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0707907 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1912  3'-5' exonuclease  30.06 
 
 		 202 aa  72  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.254298  normal  0.272354 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3387  3'-5' exonuclease  33.54 
 
 		 315 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.395277  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2929  3'-5' exonuclease  30.16 
 
 		 298 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00209751  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1066  3'-5' exonuclease  32.91 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0869717  normal  0.0179577 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1964  3'-5' exonuclease  29.88 
 
 		 214 aa  69.3  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3291  3'-5' exonuclease  32.91 
 
 		 315 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000349721  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3512  3'-5' exonuclease  32.91 
 
 		 315 aa  68.2  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.643646  normal  0.0140367 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0980  3'-5' exonuclease  31.25 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1610  3'-5' exonuclease  33.85 
 
 		 383 aa  64.3  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.533574  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46734  predicted protein  26.09 
 
 		 894 aa  56.6  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_27893  predicted protein  28 
 
 		 389 aa  50.1  0.00002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.70309 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  30.77 
 
 		 392 aa  48.5  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_93442  predicted protein  26.8 
 
 		 389 aa  47.8  0.0001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0733722 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5178  3'-5' exonuclease  27.84 
 
 		 499 aa  47  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.504791  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2832  3'-5' exonuclease  26.06 
 
 		 421 aa  45.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  26.56 
 
 		 403 aa  45.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  28.3 
 
 		 396 aa  45.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  28.05 
 
 		 420 aa  45.4  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  30 
 
 		 384 aa  45.1  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47460  ribonuclease D  29.37 
 
 		 374 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4097  ribonuclease D  32.35 
 
 		 393 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  27.39 
 
 		 296 aa  43.9  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_49621  predicted protein  25.58 
 
 		 311 aa  43.1  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  30 
 
 		 384 aa  42.7  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  29 
 
 		 392 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  31 
 
 		 389 aa  43.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  29 
 
 		 382 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  29 
 
 		 392 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30755  predicted protein  24.3 
 
 		 497 aa  42.7  0.004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.213052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2009  ribonuclease D  30.3 
 
 		 362 aa  42.7  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.815664  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  31 
 
 		 394 aa  42.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2762  ribonuclease D  27.36 
 
 		 358 aa  42.4  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.713242 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2088  ribonuclease D  30.3 
 
 		 362 aa  42.4  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.227904  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  30.34 
 
 		 381 aa  41.6  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  32.58 
 
 		 386 aa  41.2  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>