More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1677 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1677  alpha/beta hydrolase fold protein  100 
 
 
270 aa  553  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216999  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1835  alpha/beta hydrolase fold  69.55 
 
 
268 aa  391  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3159  alpha/beta hydrolase  68.05 
 
 
268 aa  386  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2759  alpha/beta hydrolase fold  67.65 
 
 
272 aa  383  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0191279  normal  0.157036 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2049  alpha/beta hydrolase fold protein  63.7 
 
 
273 aa  342  5e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.181769  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4961  alpha/beta hydrolase fold  61.48 
 
 
269 aa  341  8e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1655  alpha/beta hydrolase fold  63.33 
 
 
273 aa  340  2e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.831884  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3781  alpha/beta hydrolase fold  58.12 
 
 
279 aa  313  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.812813 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2998  alpha/beta hydrolase fold  59.56 
 
 
269 aa  302  3.0000000000000004e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.186878 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1133  alpha/beta hydrolase fold  58.27 
 
 
271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.03617  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1252  alpha/beta fold hydrolase  56.02 
 
 
274 aa  280  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0828608  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1561  hydrolase protein  54.89 
 
 
274 aa  278  6e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1662  alpha/beta hydrolase fold protein  54.14 
 
 
274 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.665083  normal  0.0127757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2771  alpha/beta hydrolase fold  56.51 
 
 
277 aa  269  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1992  alpha/beta hydrolase fold  54.51 
 
 
274 aa  268  7e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.45941  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1573  alpha/beta hydrolase fold protein  54.28 
 
 
281 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1356  Alpha/beta hydrolase fold protein  53.9 
 
 
277 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.965846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1756  alpha/beta hydrolase fold  47.55 
 
 
260 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3719  alpha/beta hydrolase fold  47.37 
 
 
260 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.815141  hitchhiker  0.00169195 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3961  alpha/beta hydrolase fold  44.91 
 
 
260 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.611478 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1330  alpha/beta hydrolase fold  45.08 
 
 
260 aa  196  3e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.515623  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1521  alpha/beta hydrolase fold  46.24 
 
 
287 aa  194  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0919196 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3175  hypothetical protein  41.13 
 
 
260 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.567712  normal  0.0913717 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1273  Alpha/beta hydrolase fold  34.98 
 
 
258 aa  143  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.879726  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1365  alpha/beta hydrolase fold protein  36.6 
 
 
263 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.168978  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0353  alpha/beta hydrolase fold  29.17 
 
 
256 aa  99  7e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1098  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
272 aa  87.8  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.625731  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.8 
 
 
370 aa  85.5  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0396  alpha/beta hydrolase fold protein  30.24 
 
 
255 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.075233 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1158  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
276 aa  82  0.000000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3798  alpha/beta hydrolase fold protein  26.32 
 
 
258 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1204  alpha/beta fold family hydrolase  25.4 
 
 
281 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.106082  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1410  alpha/beta hydrolase fold  26.25 
 
 
279 aa  79.7  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00336207  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1171  alpha/beta hydrolase fold  25.71 
 
 
278 aa  79.7  0.00000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000278776  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0128  alpha/beta hydrolase fold  30.12 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  28.47 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4043  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.92 
 
 
372 aa  73.9  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140528  normal  0.0217743 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1088  alpha/beta fold family hydrolase  25.59 
 
 
261 aa  72.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4016  3-oxoadipate enol-lactonase  29.04 
 
 
392 aa  72.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00993372  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0362  alpha/beta hydrolase fold protein  29.31 
 
 
323 aa  72.8  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.737133 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1968  putative alpha/beta hydrolase fold  24.61 
 
 
259 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0153168  normal  0.143128 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.03 
 
 
370 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1380  alpha/beta hydrolase fold  25.51 
 
 
268 aa  71.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.2 
 
 
371 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3803  alpha/beta hydrolase fold  25.51 
 
 
252 aa  70.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  27.45 
 
 
316 aa  70.1  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3602  alpha/beta hydrolase fold  25.26 
 
 
264 aa  70.1  0.00000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  26.56 
 
 
571 aa  69.7  0.00000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1970  alpha/beta hydrolase fold  25.38 
 
 
311 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000319634  normal  0.0578642 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  38.74 
 
 
371 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  38.74 
 
 
371 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28 
 
 
367 aa  68.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3601  alpha/beta fold family hydrolase  22.35 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3887  alpha/beta fold family hydrolase  22.35 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3768  hydrolase, alpha/beta fold family  22.35 
 
 
257 aa  68.9  0.00000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000504294 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3005  Alpha/beta hydrolase fold  29.05 
 
 
263 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0560  3-oxoadipate enol-lactonase  28 
 
 
262 aa  68.6  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.027284  normal  0.123793 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5285  3-oxoadipate enol-lactonase  26.72 
 
 
261 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221975  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4414  alpha/beta hydrolase fold  28.32 
 
 
277 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4521  alpha/beta hydrolase fold  26.72 
 
 
270 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1031  alpha/beta hydrolase fold protein  26.12 
 
 
300 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.733702  normal  0.157173 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2510  alpha/beta hydrolase fold protein  34.78 
 
 
267 aa  67.8  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00182924  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  38.89 
 
 
371 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3527  alpha/beta hydrolase fold  23.57 
 
 
257 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.425595  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3126  Alpha/beta hydrolase  27.1 
 
 
261 aa  67  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0122  alpha/beta hydrolase fold  27.03 
 
 
268 aa  67.4  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3962  3-oxoadipate enol-lactonase  27.38 
 
 
266 aa  66.6  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535477  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6938  alpha/beta hydrolase fold protein  22 
 
 
279 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.178748 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3857  hydrolase, alpha/beta fold family  21.97 
 
 
257 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  28.34 
 
 
315 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  28.34 
 
 
315 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3126  alpha/beta hydrolase fold  29.48 
 
 
303 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal  0.0127742 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2572  alpha/beta hydrolase fold protein  26.4 
 
 
263 aa  66.2  0.0000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.23 
 
 
370 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0069  alpha/beta hydrolase fold  30.47 
 
 
260 aa  66.2  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5020  3-oxoadipate enol-lactonase  27.48 
 
 
261 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1136  alpha/beta hydrolase fold  25.62 
 
 
308 aa  65.9  0.0000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0088  alpha/beta hydrolase fold protein  30.47 
 
 
260 aa  66.2  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2294  alpha/beta hydrolase fold  27.86 
 
 
263 aa  65.9  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.610151 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3161  3-oxoadipate enol-lactonase  26.34 
 
 
261 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3655  alpha/beta hydrolase fold  27.31 
 
 
312 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7101  alpha/beta hydrolase fold protein  26.76 
 
 
289 aa  65.9  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.974573 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0162  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase family protein  28.02 
 
 
274 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3138  3-oxoadipate enol-lactone hydrolase  28.63 
 
 
263 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00175613  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3812  alpha/beta hydrolase fold  25.1 
 
 
239 aa  65.1  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  0.255747 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5034  alpha/beta hydrolase fold  27.42 
 
 
245 aa  65.1  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.246074  normal  0.671643 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2379  alpha/beta hydrolase fold protein  27.09 
 
 
261 aa  65.1  0.000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.173076  normal  0.904893 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  26.95 
 
 
262 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3858  alpha/beta hydrolase fold  29.57 
 
 
304 aa  65.1  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1234  alpha/beta hydrolase fold  26.53 
 
 
262 aa  64.3  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2926  alpha/beta hydrolase fold protein  36.75 
 
 
273 aa  64.7  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.557091  normal  0.933948 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1513  alpha/beta hydrolase fold  25.21 
 
 
250 aa  64.3  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1259  3-oxoadipate enol-lactonase  24.51 
 
 
261 aa  64.7  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  28.24 
 
 
277 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1763  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
282 aa  64.3  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.079054  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  27.84 
 
 
277 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3452  alpha/beta hydrolase fold  26.61 
 
 
311 aa  64.3  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.156566  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2263  alpha/beta hydrolase fold protein  28.24 
 
 
287 aa  64.7  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2258  alpha/beta hydrolase fold  27.84 
 
 
277 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.40096  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3414  alpha/beta hydrolase fold protein  27.21 
 
 
294 aa  63.9  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>