203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1569 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
88 aa  173  7e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0954  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  67.95 
 
 
81 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1036  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  64.63 
 
 
89 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.121461 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2877  exonuclease VII, small subunit  68.83 
 
 
95 aa  104  5e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1745  exodeoxyribonuclease VII small subunit  76.47 
 
 
93 aa  101  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2013  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  72.31 
 
 
117 aa  100  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.322776  hitchhiker  0.00272964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1499  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  69.33 
 
 
93 aa  99.4  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3281  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  69.23 
 
 
77 aa  97.4  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2633  exodeoxyribonuclease VII small subunit  70.77 
 
 
86 aa  96.7  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.665476  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3371  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  61.04 
 
 
81 aa  95.5  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2240  exonuclease VII small subunit  58.67 
 
 
78 aa  94  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.754101  normal  0.0392595 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2829  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.94 
 
 
102 aa  87  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6783  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.76 
 
 
102 aa  85.5  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.277557  hitchhiker  0.0000961691 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.43 
 
 
104 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
104 aa  85.1  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  84  6e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  84  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  84  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  84  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  84  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  84  6e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3774  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.44 
 
 
97 aa  83.6  8e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00863673  normal  0.0479075 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3248  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.44 
 
 
97 aa  83.6  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344342  normal  0.0166439 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2213  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190434  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2428  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.43 
 
 
94 aa  83.6  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4488  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3877  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.209796 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4822  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.44 
 
 
93 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.237878  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3650  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.22 
 
 
97 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3950  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.73 
 
 
105 aa  81.3  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0880  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.86 
 
 
103 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.73 
 
 
102 aa  79.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.113058  normal  0.543608 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2223  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.73 
 
 
94 aa  78.6  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0881  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.21 
 
 
80 aa  70.1  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2035  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.33 
 
 
95 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0234  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.08 
 
 
84 aa  65.5  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.733912  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2131  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.03 
 
 
85 aa  62  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.62561  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.73 
 
 
84 aa  60.8  0.000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1600  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.77 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.937975  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1652  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.77 
 
 
88 aa  58.5  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1424  Exonuclease VII small subunit  47.27 
 
 
77 aa  58.2  0.00000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.506182  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.33 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.33 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.33 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  41.33 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.33 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.33 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.33 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.33 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.33 
 
 
80 aa  57.4  0.00000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1706  exonuclease VII, small subunit  45.45 
 
 
77 aa  55.5  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.26 
 
 
87 aa  55.1  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.33 
 
 
109 aa  54.3  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4031  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.39 
 
 
76 aa  53.5  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0705396  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.55 
 
 
80 aa  53.9  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2202  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.24 
 
 
80 aa  52.8  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.94 
 
 
82 aa  52.8  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4083  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3921  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134688  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3932  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  47.06 
 
 
80 aa  52  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4403  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0852123  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3279  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
82 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0945  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582074  hitchhiker  0.000128888 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.66 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.66 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4199  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5598800000000002e-24 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.76 
 
 
94 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.66 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.66 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4309  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000200233  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.66 
 
 
80 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2321  exodeoxyribonuclease VII small subunit  36.92 
 
 
77 aa  52.4  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1032  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.86 
 
 
82 aa  52  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4289  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.18628  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.44 
 
 
76 aa  52  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4252  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  52  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449361  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.68 
 
 
79 aa  52  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.03 
 
 
82 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2872  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.88 
 
 
76 aa  51.6  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0380914  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0124  exodeoxyribonuclease VII small subunit  33.85 
 
 
100 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.327517 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.14 
 
 
105 aa  51.6  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  36.49 
 
 
86 aa  50.8  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.16 
 
 
94 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3251  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.46 
 
 
84 aa  50.4  0.000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0020  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.76 
 
 
68 aa  50.4  0.000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  34.33 
 
 
76 aa  50.4  0.000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.59 
 
 
88 aa  50.1  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.24 
 
 
84 aa  49.7  0.00001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0417  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.64 
 
 
90 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1936  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.89 
 
 
76 aa  49.3  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.44 
 
 
83 aa  48.9  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.3 
 
 
87 aa  48.9  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3110  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.46 
 
 
84 aa  49.3  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1169  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 
82 aa  49.3  0.00002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3072  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.46 
 
 
84 aa  49.3  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  39.29 
 
 
79 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.74 
 
 
86 aa  49.3  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.1 
 
 
85 aa  48.9  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>