52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1485 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1485  Opine dehydrogenase  100 
 
 
357 aa  717    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0736  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  55.15 
 
 
360 aa  400  9.999999999999999e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.879185  normal  0.158258 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3894  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  56.99 
 
 
368 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.256011  normal  0.325755 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5362  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  56.71 
 
 
368 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.538034 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2489  NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase-like  55.62 
 
 
421 aa  393  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.918419  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4737  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  56.99 
 
 
368 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0764325  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3532  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  55.62 
 
 
368 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.343045 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3626  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  56.99 
 
 
368 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.194438  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5067  opine dehydrogenase  57.38 
 
 
368 aa  389  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.976673  normal  0.342841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2679  putative opine dehydrogenase  55.96 
 
 
364 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411102  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0336  hypothetical protein  55.07 
 
 
368 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2392  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.25 
 
 
365 aa  153  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.057254  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0984  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.35 
 
 
361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.364733  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09740  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.77 
 
 
400 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2460  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.67 
 
 
368 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0110066  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2335  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.67 
 
 
368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.713679 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2108  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.17 
 
 
366 aa  133  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0083  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  26.37 
 
 
359 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0075  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  28.33 
 
 
364 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.509191  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6050  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  32.25 
 
 
362 aa  126  7e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.492229  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0671  hypothetical protein  27.76 
 
 
392 aa  109  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1521  opine dehydrogenase  28.49 
 
 
358 aa  105  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0082  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  25.68 
 
 
361 aa  104  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0420  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.82 
 
 
359 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1882  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  23.37 
 
 
356 aa  94.7  2e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1794  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  27.12 
 
 
358 aa  94.4  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.626049  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2368  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  23.84 
 
 
360 aa  91.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.907021  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2325  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  23.84 
 
 
360 aa  91.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0881  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  22.46 
 
 
363 aa  89.7  6e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457888  hitchhiker  0.00000000318565 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1563  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  24.44 
 
 
360 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  unclonable  0.0000158964 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2393  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  29.23 
 
 
359 aa  82  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.827107  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1678  Opine dehydrogenase  29.44 
 
 
370 aa  79.3  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.23221  normal  0.906291 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3845  opine dehydrogenase  26.47 
 
 
359 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.853646 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4452  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase family protein  25.86 
 
 
359 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000576677 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8271  D-vitopine dehydrogenase  25.53 
 
 
360 aa  69.3  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.655661  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0569  NAD/NADP octopine/nopaline dehydrogenase  23.14 
 
 
360 aa  66.6  0.0000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4208  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  28.57 
 
 
354 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1477  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  28.5 
 
 
353 aa  50.4  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1981  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  26.52 
 
 
330 aa  49.7  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4181  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  33.01 
 
 
359 aa  47.8  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.406749  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2213  glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)+)  28.44 
 
 
341 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2022  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  30.57 
 
 
341 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.782038  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2098  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  28.46 
 
 
358 aa  47  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000129117  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0226  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  35.19 
 
 
330 aa  47  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.631957  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29030  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  32.1 
 
 
340 aa  46.2  0.0008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.94709  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45774  predicted protein  54.55 
 
 
283 aa  45.4  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1339  Glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD(P)(+))  27.72 
 
 
333 aa  45.8  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.191532  normal  0.587793 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0136  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  36.36 
 
 
341 aa  44.3  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.347598 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2600  6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding  32.35 
 
 
313 aa  43.5  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0622  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  31.19 
 
 
341 aa  43.1  0.007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1320  NAD-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase-like  32.67 
 
 
335 aa  43.1  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.385304 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3204  NAD(P)H-dependent glycerol-3-phosphate dehydrogenase  37.97 
 
 
327 aa  42.7  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.65095  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>