220 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1367 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  100 
 
 		 468 aa  942    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  55.74 
 
 		 445 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  53.35 
 
 		 445 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  40.36 
 
 		 446 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  38.5 
 
 		 431 aa  289  6e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  38.72 
 
 		 443 aa  289  9e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  39.76 
 
 		 441 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  40.1 
 
 		 420 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  40.1 
 
 		 420 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  38.98 
 
 		 420 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  35.4 
 
 		 449 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  35.56 
 
 		 479 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  37.67 
 
 		 435 aa  261  2e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  37.36 
 
 		 435 aa  260  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  35.76 
 
 		 448 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  37.16 
 
 		 444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  38.06 
 
 		 452 aa  250  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  35.02 
 
 		 427 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  36.45 
 
 		 448 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  36.6 
 
 		 414 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  38.15 
 
 		 452 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  33.86 
 
 		 425 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  35.61 
 
 		 438 aa  240  4e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  35.29 
 
 		 446 aa  240  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  36.05 
 
 		 447 aa  239  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  34.08 
 
 		 422 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  34.29 
 
 		 441 aa  236  7e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  34.8 
 
 		 421 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  34.8 
 
 		 421 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  35.34 
 
 		 454 aa  232  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  32.97 
 
 		 441 aa  231  3e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  34.49 
 
 		 441 aa  231  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  34.64 
 
 		 448 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  33.41 
 
 		 447 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  33.56 
 
 		 444 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  33.41 
 
 		 447 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  33.41 
 
 		 447 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  33.41 
 
 		 447 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  34.5 
 
 		 441 aa  227  4e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  33.55 
 
 		 444 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  31.72 
 
 		 440 aa  227  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  34.06 
 
 		 444 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  32.75 
 
 		 455 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  35.27 
 
 		 452 aa  226  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  34.76 
 
 		 447 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  33.56 
 
 		 444 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  33.56 
 
 		 444 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  34.76 
 
 		 447 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  34.46 
 
 		 447 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  34.23 
 
 		 444 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  35.6 
 
 		 421 aa  219  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  33.55 
 
 		 418 aa  215  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  35.87 
 
 		 417 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  33.72 
 
 		 411 aa  213  5.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  35 
 
 		 409 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  35.1 
 
 		 423 aa  213  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  33.49 
 
 		 427 aa  212  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  33.02 
 
 		 427 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  33.48 
 
 		 433 aa  211  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  33.85 
 
 		 433 aa  209  9e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  33.89 
 
 		 467 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  32.27 
 
 		 421 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  33.33 
 
 		 429 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  33.02 
 
 		 429 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  34.29 
 
 		 409 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  32.27 
 
 		 421 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  32.42 
 
 		 416 aa  206  7e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  32.89 
 
 		 433 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  31.96 
 
 		 416 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  34.35 
 
 		 425 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  31.74 
 
 		 416 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  36.04 
 
 		 472 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  33.02 
 
 		 429 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  33.02 
 
 		 429 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  34.14 
 
 		 425 aa  201  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  32.79 
 
 		 429 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  32.47 
 
 		 428 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  33.41 
 
 		 428 aa  196  8.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  33.69 
 
 		 439 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  32.03 
 
 		 416 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  33.33 
 
 		 439 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  33.33 
 
 		 439 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  31.93 
 
 		 424 aa  193  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  32.55 
 
 		 422 aa  193  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  32.08 
 
 		 416 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  32.86 
 
 		 417 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  33.81 
 
 		 412 aa  191  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  31.89 
 
 		 433 aa  189  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  31.29 
 
 		 413 aa  189  8e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  32.86 
 
 		 417 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  32.34 
 
 		 418 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  33.03 
 
 		 431 aa  188  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  33.41 
 
 		 424 aa  187  4e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  32.39 
 
 		 431 aa  187  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  31.01 
 
 		 421 aa  186  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  32.4 
 
 		 478 aa  186  7e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  32.73 
 
 		 431 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  34.28 
 
 		 418 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  31.75 
 
 		 484 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  31.56 
 
 		 439 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>