More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1343 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A3383  penicillin-binding protein 1C  57.2 
 
 		 746 aa  805    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.743243  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3299  penicillin-binding protein 1C  68.97 
 
 		 758 aa  950    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4445  penicillin-binding protein 1C  55.63 
 
 		 745 aa  736    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0971962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1290  penicillin-binding protein 1C  56.3 
 
 		 747 aa  749    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00589164  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1343  penicillin-binding protein 1C  100 
 
 		 747 aa  1485    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00458316  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1584  penicillin-binding protein 1C  56.36 
 
 		 844 aa  768    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4091  penicillin-binding protein 1C  55.69 
 
 		 745 aa  726    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0941  penicillin-binding protein 1C  56.75 
 
 		 785 aa  726    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.237946  normal  0.754349 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5300  penicillin-binding protein 1C  64.28 
 
 		 774 aa  892    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3529  penicillin-binding protein 1C  59.07 
 
 		 726 aa  798    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1957  penicillin-binding protein 1C  64.44 
 
 		 784 aa  916    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0162399 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2652  penicillin-binding protein 1C  69.28 
 
 		 768 aa  954    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.447412  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3812  penicillin-binding protein 1C  56.84 
 
 		 747 aa  743    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.596  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3981  penicillin-binding protein 1C  56.02 
 
 		 745 aa  742    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.187688 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4556  penicillin-binding protein 1C  56.84 
 
 		 747 aa  743    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3142  penicillin-binding protein 1C  69.47 
 
 		 742 aa  1019    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5748  penicillin-binding protein 1C  56.84 
 
 		 747 aa  743    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1576  penicillin-binding protein, putative  47.48 
 
 		 713 aa  595  1e-169  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.772594  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0786  penicillin-binding protein 1C  61.09 
 
 		 1060 aa  529  1e-149  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.879691  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1163  penicillin-binding protein 1C  49.01 
 
 		 705 aa  531  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.22385  normal  0.584003 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1126  penicillin-binding protein 1C  61.09 
 
 		 913 aa  527  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0888315  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0680  penicillin-binding protein  61.09 
 
 		 942 aa  528  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2406  penicillin-binding protein 1C  61.09 
 
 		 951 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.806049  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1203  penicillin-binding protein 1C  61.09 
 
 		 923 aa  526  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2383  penicillin-binding protein 1C  46.32 
 
 		 729 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.977643  normal  0.393038 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0836  penicillin-binding protein 1C  35.4 
 
 		 719 aa  370  1e-101  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0734378 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2356  penicillin-binding protein 1C  32.99 
 
 		 762 aa  325  3e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2226  glycosyl transferase family protein  36.38 
 
 		 759 aa  311  2e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1168  penicillin-binding protein 1C  35.51 
 
 		 798 aa  297  6e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.676311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2605  1A family penicillin-binding protein  38.38 
 
 		 853 aa  294  5e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2871  1A family penicillin-binding protein  38.2 
 
 		 860 aa  286  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2518  glycosyl transferase family 51  31.6 
 
 		 857 aa  282  1e-74  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011285  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1421  penicillin-binding protein, 1A family  35.31 
 
 		 801 aa  259  9e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09670  penicillin-binding protein 1C  31.56 
 
 		 770 aa  259  1e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3225  1A family penicillin-binding protein  32.75 
 
 		 952 aa  258  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00720883  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2036  glycosyl transferase family penicillin-binding protein transpeptidase  37.58 
 
 		 779 aa  257  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0247082  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1842  glycosyl transferase family 51  38.62 
 
 		 782 aa  246  8e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0117542  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1324  glycosyl transferase family 51  33.13 
 
 		 980 aa  246  9e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144561 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0543  membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein PbpC  33.45 
 
 		 780 aa  245  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5076  penicillin-binding protein 1C  28.06 
 
 		 816 aa  244  6e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.634438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1927  glycosyl transferase family 51  36.75 
 
 		 782 aa  241  2.9999999999999997e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0285568  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3834  1A family penicillin-binding protein  32 
 
 		 861 aa  238  2e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0508  peptidoglycan glycosyltransferase  31.45 
 
 		 927 aa  238  2e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2139  Peptidoglycan glycosyltransferase  31.13 
 
 		 774 aa  237  7e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.911102 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1948  1A family penicillin-binding protein  32.34 
 
 		 855 aa  236  9e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1500  penicillin-binding protein 1C  30.39 
 
 		 734 aa  235  2.0000000000000002e-60  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4689  glycosyl transferase family protein  28.87 
 
 		 1037 aa  234  6e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3627  glycosyl transferase family protein  30.68 
 
 		 908 aa  233  1e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1192  glycosyltransferase  30.3 
 
 		 774 aa  230  6e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.224348  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1225  penicillin-binding protein  27.11 
 
 		 716 aa  228  4e-58  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.555971  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0263  penicillin-binding protein 1C  31.4 
 
 		 679 aa  225  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.371203 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0603  bifunctional penicillin-binding protein 1C  31.52 
 
 		 807 aa  225  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1254  flagellar P-ring protein (basal body P-ring protein)  28.07 
 
 		 722 aa  224  3e-57  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3903  penicillin-binding protein 1C  30.08 
 
 		 766 aa  224  4.9999999999999996e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2824  penicillin-binding protein 1C  35.03 
 
 		 680 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2543  penicillin-binding protein 1C  35.32 
 
 		 696 aa  223  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845119  normal  0.304866 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2077  penicillin-binding protein 1C  34.57 
 
 		 706 aa  223  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145944  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0067  penicillin-binding protein 1C, putative  30.73 
 
 		 760 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3748  penicillin-binding protein 1C  33.5 
 
 		 770 aa  220  6e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3614  penicillin-binding protein 1C  33.38 
 
 		 774 aa  219  1e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.355013 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1149  penicillin-binding protein 1C  33.5 
 
 		 770 aa  219  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.391736  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1158  penicillin-binding protein 1C  33.5 
 
 		 770 aa  219  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.729598  normal  0.0485769 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2639  penicillin-binding protein 1C  34.32 
 
 		 793 aa  219  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02411  fused transglycosylase/transpeptidase  33.5 
 
 		 770 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02373  hypothetical protein  33.5 
 
 		 770 aa  218  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1881  penicillin-binding protein 1C  31.26 
 
 		 787 aa  218  2.9999999999999998e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.983342  hitchhiker  0.000428352 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3054  penicillin-binding protein 1C  31.26 
 
 		 787 aa  218  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2894  penicillin-binding protein 1C  33.67 
 
 		 770 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2980  penicillin-binding protein 1C  31.26 
 
 		 787 aa  218  2.9999999999999998e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2671  penicillin-binding protein 1C  33.06 
 
 		 770 aa  217  5e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.122147 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0067  penicillin-binding protein 1C  30.58 
 
 		 762 aa  218  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2430  1A family penicillin-binding protein  31.14 
 
 		 667 aa  217  5.9999999999999996e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000145418  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0164  penicillin-binding protein 1C  32.94 
 
 		 797 aa  217  7e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2670  penicillin-binding protein 1C  33.33 
 
 		 770 aa  217  7e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4282  penicillin-binding protein 1C  30.74 
 
 		 760 aa  217  7e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3013  penicillin-binding protein 1C  32.91 
 
 		 774 aa  216  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.928991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1078  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  29.6 
 
 		 724 aa  216  9.999999999999999e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00006738  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2803  penicillin-binding protein 1C  33.5 
 
 		 770 aa  216  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7154  penicillin-binding protein 1C  31.36 
 
 		 692 aa  215  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.334526  normal  0.789669 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0072  penicillin-binding protein 1C  30.58 
 
 		 760 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1534  penicillin-binding protein 1C  34.28 
 
 		 706 aa  213  9e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232379  normal  0.600626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0390  penicillin-binding protein 1C  33.16 
 
 		 780 aa  211  4e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0509  penicillin-binding protein 1C  31.54 
 
 		 804 aa  211  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.583992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2683  penicillin-binding protein 1C  35.31 
 
 		 771 aa  211  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2770  penicillin-binding protein 1C  35.31 
 
 		 771 aa  210  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2789  penicillin-binding protein 1C  35.5 
 
 		 771 aa  210  8e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0400715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2552  penicillin-binding protein 1C  32.84 
 
 		 750 aa  210  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0465357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3916  penicillin-binding protein 1C (PBP-1C)  32.25 
 
 		 745 aa  209  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.787281 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2192  penicillin-binding protein 1C  32.61 
 
 		 794 aa  209  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2901  penicillin-binding protein 1C  35.31 
 
 		 771 aa  209  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2726  penicillin-binding protein 1C  35.31 
 
 		 771 aa  209  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4628  penicillin-binding protein 1C  30.73 
 
 		 684 aa  208  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.170087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0732  penicillin-binding protein 1C  33.28 
 
 		 774 aa  208  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6006  penicillin-binding protein 1C  30.82 
 
 		 693 aa  207  7e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.155172 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  32.17 
 
 		 712 aa  206  1e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0080  1A family penicillin-binding protein  29.95 
 
 		 704 aa  205  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1391  penicillin-binding protein 1C  34.4 
 
 		 704 aa  205  2e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2918  penicillin-binding protein 1C  32.82 
 
 		 731 aa  206  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5148  penicillin-binding protein 1C  31.34 
 
 		 809 aa  205  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3260  penicillin-binding protein 1C  33.96 
 
 		 696 aa  205  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.247594  normal  0.375198 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>