More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1336 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
250 aa  498  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.09 
 
 
245 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.65 
 
 
245 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
244 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
244 aa  243  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.12 
 
 
245 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.7 
 
 
246 aa  236  2e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.27 
 
 
244 aa  229  4e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.31 
 
 
240 aa  224  7e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.95 
 
 
244 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.71 
 
 
240 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.66 
 
 
244 aa  212  3.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.66 
 
 
244 aa  212  3.9999999999999995e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.19 
 
 
244 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  50.67 
 
 
245 aa  206  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
247 aa  205  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.3 
 
 
244 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
247 aa  197  9e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.23 
 
 
247 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.26 
 
 
237 aa  197  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.12 
 
 
264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  46.02 
 
 
252 aa  196  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
246 aa  196  3e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.52 
 
 
252 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.46 
 
 
252 aa  192  5e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.11 
 
 
248 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.46 
 
 
317 aa  186  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.87 
 
 
245 aa  182  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.13 
 
 
246 aa  178  5.999999999999999e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  47.58 
 
 
246 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.72 
 
 
247 aa  177  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.23 
 
 
247 aa  176  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.23 
 
 
247 aa  176  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.98 
 
 
253 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.47 
 
 
245 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.45 
 
 
255 aa  174  9.999999999999999e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.32 
 
 
248 aa  172  2.9999999999999996e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.35 
 
 
246 aa  172  5e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  41.05 
 
 
255 aa  164  1.0000000000000001e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
246 aa  162  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
246 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
246 aa  160  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  42.34 
 
 
247 aa  154  1e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
247 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.88 
 
 
248 aa  151  8e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
246 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.24 
 
 
249 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
256 aa  139  6e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
257 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  42.7 
 
 
1270 aa  136  4e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
231 aa  135  6.0000000000000005e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.16 
 
 
264 aa  133  1.9999999999999998e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  37.83 
 
 
247 aa  130  3e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 
261 aa  129  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.97 
 
 
249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  40.86 
 
 
239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  36.79 
 
 
257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.4 
 
 
239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  39.78 
 
 
239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  36.79 
 
 
257 aa  125  5e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.97 
 
 
259 aa  125  5e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
286 aa  125  9e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.27 
 
 
240 aa  124  2e-27  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
184 aa  122  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000317715  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  38.43 
 
 
262 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  38.22 
 
 
243 aa  119  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
261 aa  119  6e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.59 
 
 
230 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.02 
 
 
239 aa  116  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  37.16 
 
 
1367 aa  116  3e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
253 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
249 aa  115  6e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
239 aa  115  8.999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.785555  normal  0.162372 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.83 
 
 
241 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0197  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.62 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
239 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  35.6 
 
 
258 aa  112  5e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.6 
 
 
258 aa  112  5e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
252 aa  112  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.21 
 
 
252 aa  112  7.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  36.61 
 
 
264 aa  111  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.07 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.07 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5564  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0387947  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.07 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.07 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  36.07 
 
 
264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>