More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1267 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1267  lipoprotein signal peptidase  100 
 
 
170 aa  344  4e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131578  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3850  lipoprotein signal peptidase  81.94 
 
 
164 aa  252  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.777675  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1431  lipoprotein signal peptidase  73.21 
 
 
169 aa  251  3e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3400  lipoprotein signal peptidase  71.25 
 
 
165 aa  247  7e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.256213  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3451  lipoprotein signal peptidase  74.03 
 
 
169 aa  246  1e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10093  normal  0.187541 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3230  lipoprotein signal peptidase  81.43 
 
 
179 aa  246  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2736  lipoprotein signal peptidase  71.71 
 
 
165 aa  238  4e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.396586  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2110  lipoprotein signal peptidase  68.1 
 
 
167 aa  226  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670579  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3047  signal peptidase II  64.46 
 
 
164 aa  223  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242579  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5385  lipoprotein signal peptidase  64.42 
 
 
171 aa  218  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.37962 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2338  lipoprotein signal peptidase  56.63 
 
 
174 aa  202  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.18883 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2727  lipoprotein signal peptidase  57.23 
 
 
174 aa  202  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.149763  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2459  lipoprotein signal peptidase  58.54 
 
 
173 aa  199  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.417163  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1234  lipoprotein signal peptidase  59.28 
 
 
170 aa  195  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0806  lipoprotein signal peptidase  57.14 
 
 
172 aa  195  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.699045 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2886  lipoprotein signal peptidase  53.89 
 
 
178 aa  195  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0556168  normal  0.0525619 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3160  lipoprotein signal peptidase  55.95 
 
 
172 aa  192  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.366988  normal  0.0125166 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0782  lipoprotein signal peptidase  54.88 
 
 
166 aa  190  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000363425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5845  lipoprotein signal peptidase  54.27 
 
 
166 aa  189  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2538  lipoprotein signal peptidase  54.88 
 
 
166 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.544386  hitchhiker  0.00000408677 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0573  lipoprotein signal peptidase  55.09 
 
 
166 aa  189  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00741417 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1902  lipoprotein signal peptidase  54.88 
 
 
166 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2513  lipoprotein signal peptidase  54.88 
 
 
166 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142589  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2431  lipoprotein signal peptidase  54.27 
 
 
166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470208  hitchhiker  0.00000000640597 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2560  lipoprotein signal peptidase  54.27 
 
 
166 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2746  lipoprotein signal peptidase  51.19 
 
 
176 aa  187  8e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2659  lipoprotein signal peptidase  53.66 
 
 
166 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261426  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2243  lipoprotein signal peptidase  53.66 
 
 
166 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.551645  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1121  lipoprotein signal peptidase  53.66 
 
 
166 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0769  lipoprotein signal peptidase  53.66 
 
 
166 aa  186  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63005  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0970  lipoprotein signal peptidase  53.66 
 
 
166 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1034  lipoprotein signal peptidase  53.66 
 
 
166 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0966  lipoprotein signal peptidase  53.66 
 
 
166 aa  185  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2113  lipoprotein signal peptidase  53.66 
 
 
166 aa  185  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3045  lipoprotein signal peptidase  49.01 
 
 
159 aa  162  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.141498 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2655  lipoprotein signal peptidase  52.67 
 
 
160 aa  157  6e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1780  lipoprotein signal peptidase  44.12 
 
 
178 aa  156  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.316682  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0549  lipoprotein signal peptidase  47.44 
 
 
170 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.380101  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1459  lipoprotein signal peptidase  47.06 
 
 
163 aa  150  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.419525 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0588  lipoprotein signal peptidase  46.5 
 
 
168 aa  147  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1858  signal peptidase II  51.03 
 
 
157 aa  147  9e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2207  lipoprotein signal peptidase  51.7 
 
 
151 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0303481  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1183  signal peptidase II  47.5 
 
 
180 aa  145  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1741  lipoprotein signal peptidase  48.28 
 
 
162 aa  144  4.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3217  lipoprotein signal peptidase  51.06 
 
 
163 aa  144  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0482  lipoprotein signal peptidase  50.77 
 
 
181 aa  141  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03029  lipoprotein signal peptidase  50 
 
 
182 aa  141  6e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.810128  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3459  lipoprotein signal peptidase  46.15 
 
 
169 aa  140  9e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0475821  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3177  lipoprotein signal peptidase  46.58 
 
 
164 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0051  lipoprotein signal peptidase  48.72 
 
 
166 aa  138  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.322975 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0050  lipoprotein signal peptidase  48.72 
 
 
166 aa  138  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.612919  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60360  lipoprotein signal peptidase  45.22 
 
 
169 aa  138  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000409977 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3572  lipoprotein signal peptidase  46.67 
 
 
164 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.262738  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5199  lipoprotein signal peptidase  45.22 
 
 
169 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.864833  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0029  lipoprotein signal peptidase  48.08 
 
 
164 aa  138  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0223845  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0031  lipoprotein signal peptidase  46.67 
 
 
164 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112205  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0863  lipoprotein signal peptidase  49.03 
 
 
173 aa  138  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0789  lipoprotein signal peptidase  46.15 
 
 
169 aa  137  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.56712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3587  lipoprotein signal peptidase  46.15 
 
 
169 aa  137  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0027  lipoprotein signal peptidase  48.08 
 
 
164 aa  137  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.102784  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3628  lipoprotein signal peptidase  48.08 
 
 
164 aa  137  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.73283  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0029  lipoprotein signal peptidase  48.08 
 
 
164 aa  137  7e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0677738  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0025  lipoprotein signal peptidase  48.08 
 
 
164 aa  137  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.258735  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00031  signal peptidase II  48.08 
 
 
164 aa  136  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00165346  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0052  lipoprotein signal peptidase  48.08 
 
 
166 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876995  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0051  lipoprotein signal peptidase  48.08 
 
 
166 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0475146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00030  hypothetical protein  48.08 
 
 
164 aa  136  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0011292  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0051  lipoprotein signal peptidase  48.08 
 
 
166 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0699  lipoprotein signal peptidase  54.26 
 
 
169 aa  136  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390058  normal  0.0603607 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0585  lipoprotein signal peptidase  48.08 
 
 
166 aa  135  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00142013  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3845  lipoprotein signal peptidase  47.55 
 
 
170 aa  134  7.000000000000001e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11790  lipoprotein signal peptidase  42.94 
 
 
167 aa  133  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4229  lipoprotein signal peptidase  48.61 
 
 
168 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.266217  hitchhiker  0.00107188 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3652  lipoprotein signal peptidase  47.55 
 
 
170 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1292  lipoprotein signal peptidase  40.61 
 
 
176 aa  131  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0581  lipoprotein signal peptidase  44.16 
 
 
171 aa  130  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0620136  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2276  lipoprotein signal peptidase  46.26 
 
 
154 aa  130  9e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1671  lipoprotein signal peptidase  39.35 
 
 
165 aa  130  1.0000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004418  lipoprotein signal peptidase  42.07 
 
 
169 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0954  lipoprotein signal peptidase  44.24 
 
 
169 aa  128  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.30324 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0925  lipoprotein signal peptidase  38.99 
 
 
168 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3270  lipoprotein signal peptidase  44.23 
 
 
173 aa  128  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1100  lipoprotein signal peptidase  40.49 
 
 
170 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.955311  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2722  lipoprotein signal peptidase  38.1 
 
 
182 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.214135  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0480  lipoprotein signal peptidase  47.97 
 
 
159 aa  127  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0215  lipoprotein signal peptidase  43.12 
 
 
171 aa  127  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0133386  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6224  lipoprotein signal peptidase  48.21 
 
 
174 aa  127  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0509  lipoprotein signal peptidase  39.33 
 
 
163 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00981  lipoprotein signal peptidase  43.51 
 
 
168 aa  126  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3531  lipoprotein signal peptidase  39.1 
 
 
170 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4320  signal peptidase II  43.67 
 
 
359 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3135  lipoprotein signal peptidase  39.74 
 
 
170 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1126  lipoprotein signal peptidase  44.23 
 
 
174 aa  125  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2146  lipoprotein signal peptidase  45.89 
 
 
167 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.669133  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1060  lipoprotein signal peptidase  39.74 
 
 
171 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.189146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2956  lipoprotein signal peptidase  39.74 
 
 
170 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0330316  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3038  lipoprotein signal peptidase  39.74 
 
 
170 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0554582  normal  0.30778 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3463  lipoprotein signal peptidase  43.67 
 
 
359 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2254  signal peptidase II  40.67 
 
 
158 aa  124  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0126401  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2304  signal peptidase II  46.31 
 
 
166 aa  124  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000504038  hitchhiker  0.000155189 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>