More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1225 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
251 aa  499  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3977  putative 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  63.2 
 
 
255 aa  288  5e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686311  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 
254 aa  268  7e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
252 aa  249  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4929  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
270 aa  216  4e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.212781  normal  0.926969 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
254 aa  213  2e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.40266  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0949  gluconate 5-dehydrogenase  45.38 
 
 
264 aa  202  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  1.61447e-05 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.55 
 
 
258 aa  198  6e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.66105e-05  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.74 
 
 
255 aa  197  1e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1540  gluconate 5-dehydrogenase  44.98 
 
 
255 aa  196  4e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0166996  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 
256 aa  195  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
252 aa  194  8e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2006  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 
265 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.243411  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
257 aa  194  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4263  gluconate 5-dehydrogenase  41.77 
 
 
263 aa  194  1e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.34 
 
 
251 aa  194  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
252 aa  193  2e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0947  gluconate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  42.57 
 
 
258 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.815693 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.35 
 
 
269 aa  189  3e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.725023  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
257 aa  188  8e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
255 aa  187  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
255 aa  186  3e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245481  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  43.7 
 
 
265 aa  186  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
257 aa  185  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.600374  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.57 
 
 
255 aa  185  7e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 
261 aa  183  2e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1253  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.16 
 
 
255 aa  182  4e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  41.43 
 
 
257 aa  182  5e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
257 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
257 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
255 aa  181  7e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.31904e-06  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1464  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
262 aa  181  8e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.305305  normal  0.474897 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 
254 aa  181  8e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1164  gluconate 5-dehydrogenase  40.89 
 
 
263 aa  181  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0848  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.74 
 
 
253 aa  180  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0873  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.74 
 
 
253 aa  180  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
259 aa  180  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  5.16058e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2989  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.74 
 
 
253 aa  180  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0709919  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.4 
 
 
256 aa  180  2e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.87 
 
 
260 aa  179  3e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2990  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.34 
 
 
253 aa  178  6e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.916776  normal  0.048185 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3164  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.34 
 
 
253 aa  178  7e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.47 
 
 
258 aa  178  7e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4111  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.34 
 
 
253 aa  178  7e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  5.66262e-06 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
257 aa  177  1e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  1.74096e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7084  gluconate 5-dehydrogenase  40.24 
 
 
255 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.24 
 
 
256 aa  177  2e-43  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
256 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.04 
 
 
253 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.52 
 
 
264 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.13 
 
 
253 aa  176  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.69 
 
 
274 aa  176  3e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  39.76 
 
 
254 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.43 
 
 
253 aa  176  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.46 
 
 
246 aa  176  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.46 
 
 
246 aa  176  4e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  8.46656e-14 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.06 
 
 
247 aa  175  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.08 
 
 
258 aa  175  6e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  41.83 
 
 
251 aa  175  7e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 
259 aa  175  7e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.46 
 
 
246 aa  175  7e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3295  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.04 
 
 
253 aa  174  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.291132 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6414  gluconate 5-dehydrogenase  38.96 
 
 
254 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0118789  normal  0.389185 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
253 aa  174  9e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
261 aa  174  1e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.718128 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.83 
 
 
257 aa  174  1e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
249 aa  174  1e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
255 aa  174  1e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.966986 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2202  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.64 
 
 
253 aa  174  2e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0773662  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000923  5-keto-D-gluconate 5-reductase  40.32 
 
 
253 aa  173  2e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.73 
 
 
253 aa  174  2e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.06 
 
 
258 aa  173  2e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5663  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.2 
 
 
251 aa  174  2e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0620  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
255 aa  173  2e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.58504  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
253 aa  173  2e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.564431  normal  0.112699 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
251 aa  174  2e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00521448  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
253 aa  173  2e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.108758  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
257 aa  174  2e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2902  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.4 
 
 
261 aa  172  3e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.773254  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.52 
 
 
253 aa  173  3e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.52 
 
 
253 aa  173  3e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
261 aa  173  3e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 
254 aa  173  3e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.52 
 
 
253 aa  173  3e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3248  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.53 
 
 
253 aa  172  3e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000371746 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3168  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.53 
 
 
253 aa  172  3e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  39.11 
 
 
256 aa  173  3e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  7.99282e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
253 aa  172  4e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  40.24 
 
 
256 aa  172  4e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3349  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.13 
 
 
253 aa  172  4e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143786 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0498  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.15 
 
 
252 aa  172  4e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.726139  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.6 
 
 
259 aa  172  4e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  42.63 
 
 
254 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.24 
 
 
246 aa  172  5e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
253 aa  172  5e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0335723  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.24 
 
 
251 aa  172  5e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
260 aa  172  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0593655  normal  0.256231 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.94 
 
 
251 aa  172  7e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
260 aa  172  7e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  40.73 
 
 
250 aa  171  7e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>