More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1125 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  52.32 
 
 		 700 aa  747    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  52.32 
 
 		 700 aa  749    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  53.12 
 
 		 706 aa  740    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  52.88 
 
 		 700 aa  753    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 709 aa  1419    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  54.96 
 
 		 715 aa  778    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  52.84 
 
 		 706 aa  737    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  52.92 
 
 		 700 aa  750    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  52.64 
 
 		 728 aa  754    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  52.98 
 
 		 706 aa  737    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  52.98 
 
 		 721 aa  739    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  52.88 
 
 		 700 aa  753    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  52.32 
 
 		 700 aa  747    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  52.6 
 
 		 700 aa  753    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  52.32 
 
 		 700 aa  748    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  52.74 
 
 		 700 aa  754    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  52.98 
 
 		 706 aa  738    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  46.09 
 
 		 720 aa  587  1e-166  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  43.95 
 
 		 726 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  48.01 
 
 		 712 aa  577  1.0000000000000001e-163  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  46.23 
 
 		 694 aa  561  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  45.02 
 
 		 742 aa  553  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  47.89 
 
 		 697 aa  554  1e-156  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  44.3 
 
 		 706 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  44.33 
 
 		 710 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  44.29 
 
 		 736 aa  532  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  42.3 
 
 		 681 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  43.38 
 
 		 705 aa  512  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  43.84 
 
 		 743 aa  509  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  42.92 
 
 		 731 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  38.26 
 
 		 706 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  42.57 
 
 		 723 aa  450  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  37.12 
 
 		 701 aa  448  1.0000000000000001e-124  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  42.88 
 
 		 723 aa  434  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  34.86 
 
 		 675 aa  349  9e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  32.44 
 
 		 688 aa  334  4e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  32.61 
 
 		 691 aa  281  4e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  31.3 
 
 		 705 aa  265  2e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  32.76 
 
 		 678 aa  261  3e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  31.57 
 
 		 680 aa  231  3e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  24.11 
 
 		 701 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 696 aa  154  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 776 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 776 aa  151  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 736 aa  152  3e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 734 aa  151  5e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 780 aa  148  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 774 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 		 726 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 791 aa  145  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 742 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 681 aa  144  7e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 702 aa  144  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  25.62 
 
 		 681 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  27.9 
 
 		 706 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  26.13 
 
 		 770 aa  140  6e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 698 aa  139  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  26.24 
 
 		 682 aa  135  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 678 aa  132  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  25.19 
 
 		 703 aa  131  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0864  TonB-dependent receptor  28.55 
 
 		 760 aa  130  7.000000000000001e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  24.14 
 
 		 727 aa  130  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  26.54 
 
 		 715 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 		 713 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 		 717 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 737 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  25.32 
 
 		 716 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 769 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 730 aa  121  3.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 778 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 757 aa  117  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  24.85 
 
 		 688 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 700 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0229  putative TonB-dependent receptor  25.69 
 
 		 795 aa  114  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  25.63 
 
 		 712 aa  114  8.000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01870  putative TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 795 aa  111  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.554245 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 777 aa  111  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 		 777 aa  111  5e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  21.99 
 
 		 762 aa  110  8.000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  29.52 
 
 		 700 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 720 aa  109  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  25.86 
 
 		 777 aa  108  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  23.57 
 
 		 690 aa  107  6e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 733 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2845  putative TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 715 aa  101  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.328029 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 698 aa  100  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 664 aa  99.8  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 769 aa  99.4  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 692 aa  99  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  23.86 
 
 		 786 aa  99  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5895  TonB-dependent siderophore receptor  25.03 
 
 		 827 aa  97.8  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 711 aa  97.8  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  25.29 
 
 		 713 aa  97.1  9e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  25 
 
 		 659 aa  94.4  7e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  28.22 
 
 		 724 aa  93.6  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2514  TonB-dependent siderophore receptor  27.09 
 
 		 726 aa  93.2  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  22.58 
 
 		 703 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  25.11 
 
 		 706 aa  92  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  33.8 
 
 		 671 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  25.4 
 
 		 709 aa  92  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>