More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1085 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1085  porin Gram-negative type  100 
 
 		 381 aa  762    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.923155  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1088  porin  66.34 
 
 		 414 aa  501  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0610  porin Gram-negative type  58.94 
 
 		 400 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4644  porin  60.11 
 
 		 387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.182536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4252  porin  53.08 
 
 		 385 aa  361  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.73857  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5961  porin Gram-negative type  46.19 
 
 		 426 aa  305  7e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116317  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5927  porin  45.54 
 
 		 431 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2014  porin  43.85 
 
 		 454 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1304  porin  45.14 
 
 		 349 aa  239  6.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.916901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3158  porin  42.98 
 
 		 368 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.410423  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5682  porin  41.06 
 
 		 351 aa  219  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000517962  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  41.74 
 
 		 348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3679  porin  43.27 
 
 		 339 aa  213  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0438317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0682  porin  38.69 
 
 		 362 aa  208  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.821761  normal  0.272491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0661  porin Gram-negative type  38.23 
 
 		 362 aa  207  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0957089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0966  porin  40.68 
 
 		 355 aa  196  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1725  porin  38.66 
 
 		 348 aa  194  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.340698 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0932  porin  40.79 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.444223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4383  putative porin precursor transmembrane protein  37.1 
 
 		 355 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3680  porin  39.13 
 
 		 366 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218397  normal  0.0162344 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  36.94 
 
 		 374 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3210  porin Gram-negative type  36.41 
 
 		 375 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.114966  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5627  porin  36.52 
 
 		 372 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0464814  normal  0.0831491 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0713  porin  36.99 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.788227 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0528  porin  35.82 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000423032  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3605  OmpC family outer membrane porin  33.94 
 
 		 355 aa  139  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000104312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1084  porin Gram-negative type  34.65 
 
 		 370 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0141489  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2423  porin  34.94 
 
 		 357 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0610665 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5115  porin Gram-negative type  34.43 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0274682 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3532  porin  31.56 
 
 		 350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.869887 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  32.45 
 
 		 369 aa  107  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  30.42 
 
 		 372 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2452  porin Gram-negative type  29.97 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  32.09 
 
 		 360 aa  100  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5195  outer membrane porin  30.47 
 
 		 382 aa  98.6  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163302  normal  0.133933 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  31.09 
 
 		 344 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1125  porin  32.13 
 
 		 341 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4522  porin  31.75 
 
 		 359 aa  97.8  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.243199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  31.09 
 
 		 344 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0649  porin  30.61 
 
 		 344 aa  97.8  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220947  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  30 
 
 		 352 aa  97.1  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2920  porin  31.53 
 
 		 342 aa  96.7  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281008 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  29.79 
 
 		 344 aa  96.3  9e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4436  porin  29.97 
 
 		 383 aa  95.1  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.412738 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2933  porin  30.6 
 
 		 365 aa  93.6  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435653 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1478  porin Gram-negative type  28.4 
 
 		 346 aa  93.6  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  29.75 
 
 		 352 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  29.75 
 
 		 352 aa  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  32.01 
 
 		 351 aa  90.9  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5954  porin  29.38 
 
 		 327 aa  90.9  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.77832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0158  porin Gram-negative type  31.52 
 
 		 347 aa  89.7  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0216  hypothetical protein  43.8 
 
 		 220 aa  89.7  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  30 
 
 		 352 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  31.31 
 
 		 329 aa  88.6  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  30.73 
 
 		 367 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  31.56 
 
 		 356 aa  87  5e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  31.61 
 
 		 356 aa  87  5e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2439  porin  32.03 
 
 		 359 aa  86.3  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  29.32 
 
 		 340 aa  85.9  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7660  outer membrane protein (porin)  26.74 
 
 		 366 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0194748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  31.55 
 
 		 363 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2603  porin  34.94 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00285277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  29.53 
 
 		 358 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  29.25 
 
 		 349 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1374  porin  31.01 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  29.18 
 
 		 401 aa  84.7  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3122  periplasmic-binding protein  33.55 
 
 		 413 aa  84  0.000000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00833115  normal  0.0608186 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  29.31 
 
 		 402 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  31.23 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  28.82 
 
 		 359 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1174  porin  29.85 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5351  porin  32.39 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5510  porin  32.39 
 
 		 350 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2271  porin  30.13 
 
 		 355 aa  83.6  0.000000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0154536  hitchhiker  0.000000413543 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  28.38 
 
 		 386 aa  83.2  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4762  porin  32.29 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.821427  normal  0.658294 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  30.46 
 
 		 363 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  30.46 
 
 		 363 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  31.52 
 
 		 383 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3474  porin  29.41 
 
 		 384 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00203539  normal  0.190966 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1795  porin  27.63 
 
 		 362 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3712  porin  29.78 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0718332  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  30.98 
 
 		 392 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5890  porin Gram-negative type  29.22 
 
 		 358 aa  82  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654987  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  30.06 
 
 		 353 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3413  outer membrane porin  29.89 
 
 		 348 aa  82  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000336209 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6666  outer membrane protein (porin)  28.62 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.16051  normal  0.0897495 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  26.99 
 
 		 356 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5778  porin  28.03 
 
 		 358 aa  82  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  29.12 
 
 		 379 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  30.28 
 
 		 363 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  31.99 
 
 		 350 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  28.12 
 
 		 386 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0829  OmpC family outer membrane porin  28.57 
 
 		 362 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0039007  normal  0.098536 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  28.69 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  33.18 
 
 		 353 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  27.07 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  27.07 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1141  porin  27.17 
 
 		 327 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.259275 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2999  porin Gram-negative type  29.76 
 
 		 354 aa  79.7  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.959541  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>