More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1030 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 438 aa  867    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  71.64 
 
 		 409 aa  583  1.0000000000000001e-165  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  67.8 
 
 		 432 aa  545  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  65.78 
 
 		 434 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  68.52 
 
 		 470 aa  529  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  63.13 
 
 		 457 aa  501  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  65.13 
 
 		 474 aa  497  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  64.1 
 
 		 466 aa  487  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  61.02 
 
 		 430 aa  460  9.999999999999999e-129  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  48.43 
 
 		 448 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  48.49 
 
 		 427 aa  391  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  49.33 
 
 		 448 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  47.91 
 
 		 440 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  47.55 
 
 		 445 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  47.09 
 
 		 445 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  50 
 
 		 417 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  47.76 
 
 		 438 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  47.53 
 
 		 438 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  47.76 
 
 		 415 aa  370  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  46.45 
 
 		 438 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  50 
 
 		 421 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  51.61 
 
 		 438 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  44.63 
 
 		 413 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  49.24 
 
 		 419 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  48.35 
 
 		 438 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  48.24 
 
 		 417 aa  355  1e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  46.49 
 
 		 409 aa  354  2e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  50.54 
 
 		 418 aa  346  5e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  49.47 
 
 		 454 aa  346  6e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  43.85 
 
 		 455 aa  338  9.999999999999999e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  43.72 
 
 		 424 aa  337  2.9999999999999997e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0357  lytic murein transglycosylase  46.61 
 
 		 514 aa  326  4.0000000000000003e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  47.95 
 
 		 462 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  47.95 
 
 		 413 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  47.04 
 
 		 434 aa  323  5e-87  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  42.25 
 
 		 464 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  47.34 
 
 		 410 aa  320  3e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  46.77 
 
 		 406 aa  319  7.999999999999999e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  47.4 
 
 		 411 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  44.17 
 
 		 417 aa  317  2e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  43.24 
 
 		 398 aa  317  2e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  48.24 
 
 		 393 aa  317  3e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0871  lytic murein transglycosylase  47.85 
 
 		 429 aa  316  5e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.874222  normal  0.184332 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  40.57 
 
 		 424 aa  316  5e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  48.11 
 
 		 400 aa  316  5e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  40.57 
 
 		 430 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  47.97 
 
 		 393 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  40.19 
 
 		 424 aa  313  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  44.74 
 
 		 398 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  45.78 
 
 		 413 aa  311  1e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  46.92 
 
 		 392 aa  311  1e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  46.43 
 
 		 464 aa  311  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  45.71 
 
 		 429 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  44.54 
 
 		 400 aa  310  2.9999999999999997e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  46.13 
 
 		 469 aa  310  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  42.82 
 
 		 377 aa  309  5e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  41.97 
 
 		 451 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  44.21 
 
 		 398 aa  309  8e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  45.34 
 
 		 413 aa  309  8e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  40.05 
 
 		 421 aa  308  9e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  48.11 
 
 		 391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  42.55 
 
 		 439 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  46.43 
 
 		 461 aa  306  3e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  44.16 
 
 		 422 aa  306  4.0000000000000004e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  43.71 
 
 		 398 aa  306  6e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  43.71 
 
 		 398 aa  306  6e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  42.55 
 
 		 404 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  41.31 
 
 		 438 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  41.31 
 
 		 438 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  47.48 
 
 		 470 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  44.59 
 
 		 419 aa  303  4.0000000000000003e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  42.47 
 
 		 398 aa  302  8.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  41.52 
 
 		 411 aa  302  9e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1902  lytic murein transglycosylase  39.03 
 
 		 435 aa  302  9e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  44.92 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  43.55 
 
 		 398 aa  300  4e-80  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  40.58 
 
 		 396 aa  299  6e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  41.71 
 
 		 395 aa  298  9e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  41.9 
 
 		 436 aa  298  9e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  41.99 
 
 		 425 aa  298  1e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  43.8 
 
 		 405 aa  298  1e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  47.63 
 
 		 481 aa  298  1e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0333  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  40.69 
 
 		 418 aa  298  2e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  44.65 
 
 		 720 aa  297  3e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  37.73 
 
 		 428 aa  296  3e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0167  lytic murein transglycosylase  38.04 
 
 		 445 aa  296  6e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000010193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3356  lytic murein transglycosylase  44.59 
 
 		 430 aa  295  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340346  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  45.97 
 
 		 390 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  40.22 
 
 		 433 aa  294  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  41.62 
 
 		 395 aa  293  3e-78  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  41.25 
 
 		 395 aa  293  4e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  42.16 
 
 		 401 aa  293  5e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  45.48 
 
 		 400 aa  292  8e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  41.88 
 
 		 412 aa  292  9e-78  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  42.75 
 
 		 407 aa  291  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  42.75 
 
 		 407 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  41.13 
 
 		 381 aa  290  3e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  38.65 
 
 		 443 aa  289  7e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  40.21 
 
 		 412 aa  286  5e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  38.74 
 
 		 434 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>