More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0838 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0838  hypothetical protein  100 
 
 
332 aa  671  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0037307  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2584  hypothetical protein  62.87 
 
 
337 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0899321  normal  0.923305 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3875  hypothetical protein  65.15 
 
 
325 aa  412  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.229403  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1400  hypothetical protein  60.46 
 
 
337 aa  391  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3014  hypothetical protein  61.04 
 
 
331 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3733  hypothetical protein  61.04 
 
 
331 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4308  hypothetical protein  58.36 
 
 
343 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.41466 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0061  hypothetical protein  54.46 
 
 
333 aa  363  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1755  twin-arginine translocation pathway signal  51.01 
 
 
332 aa  314  2e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0203925 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3886  hypothetical protein  48.48 
 
 
351 aa  307  1e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.576729  normal  0.153424 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5112  hypothetical protein  46.8 
 
 
325 aa  279  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.386337  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3974  hypothetical protein  44.78 
 
 
328 aa  274  2e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.406148 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3324  hypothetical protein  44.78 
 
 
328 aa  274  2e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.0025587  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3949  hypothetical protein  45.87 
 
 
339 aa  271  8e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0080  hypothetical protein  44.35 
 
 
343 aa  263  3e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.141434 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3178  hypothetical protein  41.41 
 
 
328 aa  261  1e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000137109 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4004  hypothetical protein  44.18 
 
 
339 aa  259  4e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.506172  normal  0.0371737 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3937  hypothetical protein  46.69 
 
 
328 aa  259  5e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.178831  normal  0.0313351 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1121  hypothetical protein  41.81 
 
 
325 aa  257  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.237862  normal  0.618143 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1041  hypothetical protein  41.81 
 
 
327 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4609  extra-cytoplasmic solute receptor  43.38 
 
 
328 aa  255  8e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.636278 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3809  hypothetical protein  45.72 
 
 
310 aa  253  2e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5382  extra-cytoplasmic solute receptor  42.9 
 
 
331 aa  254  2e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.203559  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2997  hypothetical protein  42.14 
 
 
343 aa  253  2e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0266851  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3801  extra-cytoplasmic solute receptor  42.41 
 
 
330 aa  254  2e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.828068  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4624  hypothetical protein  42.46 
 
 
327 aa  253  3e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0127  hypothetical protein  43.43 
 
 
325 aa  251  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0145  hypothetical protein  43.43 
 
 
325 aa  251  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0842  hypothetical protein  42.62 
 
 
325 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0869  hypothetical protein  43.15 
 
 
339 aa  249  4e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4853  extra-cytoplasmic solute receptor  43.35 
 
 
314 aa  249  6e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0565268  normal  0.206495 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3884  hypothetical protein  40.8 
 
 
328 aa  249  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1708  hypothetical protein  41.01 
 
 
322 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  4.67968e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5278  extra-cytoplasmic solute receptor  43.38 
 
 
331 aa  246  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.777708  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4286  extra-cytoplasmatic solute receptor  42.47 
 
 
353 aa  246  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.85012 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4511  hypothetical protein  43.67 
 
 
337 aa  246  4e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2113  hypothetical protein  40.32 
 
 
318 aa  246  4e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.723108  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4821  hypothetical protein  43.05 
 
 
330 aa  246  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3163  hypothetical protein  42.81 
 
 
334 aa  245  7e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  2.18374e-05 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0823  hypothetical protein  41.21 
 
 
325 aa  245  7e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0213458 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5894  extra-cytoplasmic solute receptor  42.9 
 
 
358 aa  244  1e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1017  hypothetical protein  41.81 
 
 
304 aa  244  1e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.221773 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1128  hypothetical protein  44.34 
 
 
324 aa  244  1e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.794936  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0462  hypothetical protein  43.42 
 
 
345 aa  244  1e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.170176 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1383  hypothetical protein  44.11 
 
 
325 aa  244  1e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.5589  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0453  hypothetical protein  43.42 
 
 
345 aa  244  1e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.533416  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0646  hypothetical protein  41.49 
 
 
334 aa  244  1e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0779  hypothetical protein  43.67 
 
 
335 aa  244  2e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3832  extra-cytoplasmic solute receptor  40 
 
 
322 aa  244  2e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5146  hypothetical protein  41.72 
 
 
327 aa  244  2e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0987531  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6069  hypothetical protein  41.19 
 
 
318 aa  244  2e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5302  hypothetical protein  40.56 
 
 
326 aa  244  2e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490429  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0843  hypothetical protein  41.32 
 
 
324 aa  244  2e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.593129  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2648  hypothetical protein  40.94 
 
 
336 aa  243  3e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.43635  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3546  hypothetical protein  41.91 
 
 
330 aa  243  4e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0909589  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4610  hypothetical protein  42.49 
 
 
322 aa  243  4e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0432088  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5438  hypothetical protein  42.54 
 
 
326 aa  242  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0112  hypothetical protein  43.29 
 
 
338 aa  241  9e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.25815  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0116  hypothetical protein  41.59 
 
 
331 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0099  hypothetical protein  41.59 
 
 
331 aa  241  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.361253  normal  0.47407 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5547  hypothetical protein  43.43 
 
 
325 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4385  hypothetical protein  42.01 
 
 
323 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.944912  normal  0.325254 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1908  hypothetical protein  41.77 
 
 
336 aa  240  3e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.781517  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1912  hypothetical protein  40.2 
 
 
335 aa  240  3e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2869  hypothetical protein  41.67 
 
 
330 aa  240  3e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3798  hypothetical protein  38.77 
 
 
326 aa  239  3e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.226331  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0969  putative lipoprotein  43.3 
 
 
322 aa  239  4e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.288033  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1161  hypothetical protein  41.38 
 
 
323 aa  239  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334484  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5932  hypothetical protein  42.32 
 
 
328 aa  238  7e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0179  hypothetical protein  42.72 
 
 
328 aa  238  1e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3420  hypothetical protein  41.69 
 
 
320 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21089  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2796  hypothetical protein  42.72 
 
 
336 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.309219  normal  0.544833 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0596  hypothetical protein  41.59 
 
 
336 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.642014  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5584  hypothetical protein  43.19 
 
 
337 aa  237  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0384253  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6131  hypothetical protein  41.16 
 
 
314 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.554613  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4957  hypothetical protein  42.3 
 
 
331 aa  237  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0102082  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1026  hypothetical protein  39.26 
 
 
333 aa  236  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.346833  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0191  hypothetical protein  41.61 
 
 
335 aa  236  4e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0719  hypothetical protein  41.38 
 
 
326 aa  236  4e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.32495 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3983  extra-cytoplasmic solute receptor  39.88 
 
 
328 aa  236  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0104878 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4081  hypothetical protein  39.23 
 
 
335 aa  236  5e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5061  extra-cytoplasmic solute receptor  39.33 
 
 
335 aa  236  6e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000369607  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5709  hypothetical protein  41.64 
 
 
327 aa  234  1e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.21123  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2117  hypothetical protein  41.22 
 
 
327 aa  234  1e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299705  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0257  hypothetical protein  44.67 
 
 
334 aa  234  1e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5589  hypothetical protein  43.38 
 
 
335 aa  234  1e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0801  hypothetical protein  44.56 
 
 
323 aa  233  2e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.618864  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4970  hypothetical protein  43.9 
 
 
321 aa  234  2e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4323  hypothetical protein  41.9 
 
 
344 aa  234  2e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.957408  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0797  hypothetical protein  42.95 
 
 
386 aa  233  2e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0185  hypothetical protein  38.19 
 
 
323 aa  234  2e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4146  extra-cytoplasmic solute receptor  42.62 
 
 
339 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00162583  normal  0.322023 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2869  hypothetical protein  41.78 
 
 
329 aa  233  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0744  hypothetical protein  45.33 
 
 
325 aa  233  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61051  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3985  hypothetical protein  39.73 
 
 
349 aa  233  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.19648  normal  0.0884631 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3664  hypothetical protein  43.14 
 
 
324 aa  233  4e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2898  hypothetical protein  40.2 
 
 
334 aa  233  4e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000220815  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0060  hypothetical protein  41.08 
 
 
322 aa  232  5e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5895  hypothetical protein  38.39 
 
 
324 aa  232  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0219552  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7860  hypothetical protein  37.34 
 
 
324 aa  232  7e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.266797 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>