More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0821 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 368 aa  742    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  55.46 
 
 		 397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  43.8 
 
 		 393 aa  340  2.9999999999999998e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  44.78 
 
 		 392 aa  339  5e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  42.74 
 
 		 388 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  42.74 
 
 		 388 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  41.6 
 
 		 391 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  44.11 
 
 		 395 aa  320  1.9999999999999998e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  41.87 
 
 		 390 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  41.32 
 
 		 390 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  39.94 
 
 		 390 aa  292  8e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  38.84 
 
 		 392 aa  289  6e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  38.84 
 
 		 392 aa  286  4e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  38.52 
 
 		 390 aa  283  2.0000000000000002e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  38.02 
 
 		 392 aa  283  3.0000000000000004e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  40.5 
 
 		 391 aa  283  5.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  37.7 
 
 		 390 aa  282  7.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  38.25 
 
 		 390 aa  281  2e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  38.57 
 
 		 392 aa  280  4e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  38.57 
 
 		 392 aa  279  5e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  37.16 
 
 		 390 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  37.16 
 
 		 390 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  36.34 
 
 		 390 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  37.99 
 
 		 391 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  37.15 
 
 		 390 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4295  Extracellular ligand-binding receptor  33.8 
 
 		 392 aa  225  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  34.42 
 
 		 406 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  34.06 
 
 		 395 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 		 410 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 395 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 		 401 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 		 413 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 395 aa  135  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  28.53 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 392 aa  132  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  28.94 
 
 		 402 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 		 391 aa  132  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 390 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  27.38 
 
 		 390 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 392 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 		 389 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  28.61 
 
 		 406 aa  124  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 		 390 aa  123  6e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  28.82 
 
 		 392 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  28.33 
 
 		 414 aa  122  8e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 		 395 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  29.11 
 
 		 390 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 394 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 		 397 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  27.55 
 
 		 399 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 		 395 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 395 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  27.2 
 
 		 390 aa  112  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 		 388 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  26.16 
 
 		 391 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  26.5 
 
 		 395 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 		 389 aa  110  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 		 390 aa  109  7.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  27.67 
 
 		 390 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 		 389 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  28.7 
 
 		 384 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 		 390 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 389 aa  102  7e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 426 aa  102  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2706  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 		 417 aa  100  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 423 aa  98.2  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 		 386 aa  95.9  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 		 398 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 		 401 aa  94.7  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 		 389 aa  94.4  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 		 400 aa  91.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  26.46 
 
 		 396 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  24.66 
 
 		 390 aa  85.9  9e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  26.54 
 
 		 379 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 		 379 aa  85.9  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4333  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 		 402 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  24.18 
 
 		 407 aa  85.1  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0664  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.2 
 
 		 402 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 376 aa  84  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 		 399 aa  82  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 376 aa  81.6  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 378 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  25.74 
 
 		 377 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.38 
 
 		 399 aa  81.3  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 399 aa  80.1  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  27.34 
 
 		 381 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 390 aa  80.1  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 		 396 aa  79  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0182  Extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 		 401 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.955323  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  28.17 
 
 		 415 aa  78.2  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1190  putative ABC branched-chain amino transporter, periplasmic binding protein  30.81 
 
 		 401 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.402198  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4465  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 		 406 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.662069  normal  0.481724 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3529  extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.042782  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>