More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0735 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  64 
 
 		 304 aa  359  3e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  58.92 
 
 		 302 aa  311  7.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  46.44 
 
 		 331 aa  255  7e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  46.44 
 
 		 331 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 304 aa  249  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 309 aa  248  9e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 306 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  46.94 
 
 		 306 aa  242  6e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  41.38 
 
 		 307 aa  239  2.9999999999999997e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 310 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  41.38 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 		 327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  41.47 
 
 		 327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  44.57 
 
 		 300 aa  228  8e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 304 aa  228  9e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 341 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  41.78 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 299 aa  226  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 		 308 aa  225  8e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 310 aa  224  1e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 308 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.1 
 
 		 307 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 303 aa  222  6e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 305 aa  221  8e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 305 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 305 aa  219  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 303 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 307 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  47.21 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 325 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 325 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 310 aa  215  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  47.41 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 303 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 309 aa  215  9e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 310 aa  215  9e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  43.05 
 
 		 319 aa  215  9e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.06 
 
 		 311 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  47.04 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.76 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 323 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 296 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  38.65 
 
 		 311 aa  206  5e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 354 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 307 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  35.02 
 
 		 299 aa  199  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 307 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  35.31 
 
 		 302 aa  196  3e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 303 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 311 aa  196  6e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 311 aa  195  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 324 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  41.58 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 320 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>