More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0728 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0728  General substrate transporter  100 
 
 		 454 aa  905    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1646  general substrate transporter  86.11 
 
 		 439 aa  755    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2667  general substrate transporter  75.54 
 
 		 437 aa  634  1e-180  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180535  normal  0.174811 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6136  general substrate transporter  74.88 
 
 		 477 aa  628  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2761  General substrate transporter  74.27 
 
 		 437 aa  627  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1366  major facilitator transporter  67.94 
 
 		 435 aa  621  1e-177  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6015  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  72.55 
 
 		 438 aa  623  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.898773 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5520  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  71.6 
 
 		 432 aa  619  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.112643 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6665  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  70.95 
 
 		 431 aa  617  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1663  general substrate transporter  70.5 
 
 		 425 aa  617  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6430  metabolite  70.95 
 
 		 431 aa  617  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4980  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  70.95 
 
 		 431 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3339  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  71.6 
 
 		 437 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2992  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  71.94 
 
 		 433 aa  611  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6263  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  70.48 
 
 		 431 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268636  normal  0.400634 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0530  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  71.12 
 
 		 431 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1949  general substrate transporter  70.02 
 
 		 429 aa  609  1e-173  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0543  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  70.64 
 
 		 431 aa  610  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3059  sugar transporter transmembrane protein  70.74 
 
 		 431 aa  606  9.999999999999999e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.45158 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6303  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  70.82 
 
 		 438 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.429838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3167  citrate-proton symport  71.5 
 
 		 433 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.905782  normal  0.340935 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4140  major facilitator transporter  69.45 
 
 		 431 aa  598  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6012  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  70.78 
 
 		 432 aa  599  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6132  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  69.28 
 
 		 440 aa  595  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2370  general substrate transporter  68.5 
 
 		 477 aa  594  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.114747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6371  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  72.05 
 
 		 431 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.86681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3336  citrate transporter  71.67 
 
 		 433 aa  594  1e-168  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3864  general substrate transporter  68.99 
 
 		 430 aa  593  1e-168  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3029  General substrate transporter  68.26 
 
 		 433 aa  591  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.07969  normal  0.0112235 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1618  citrate-proten symporter  68.74 
 
 		 431 aa  592  1e-168  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5623  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  72.29 
 
 		 431 aa  593  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.119091 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3060  transporter transmembrane protein  67.85 
 
 		 433 aa  588  1e-167  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.173867 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0454  citrate-proten symporter  68.5 
 
 		 431 aa  588  1e-167  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0971  citrate-proton symporter  68.5 
 
 		 431 aa  588  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.710178  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2600  citrate-proton symporter  68.5 
 
 		 431 aa  588  1e-167  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.356599  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0175  citrate-proton symporter  68.5 
 
 		 431 aa  588  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0903  general substrate transporter  68.26 
 
 		 431 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.289816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2968  citrate-proton symporter  68.5 
 
 		 431 aa  588  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0891  general substrate transporter  68.26 
 
 		 431 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2908  citrate-proton symporter  68.26 
 
 		 431 aa  586  1e-166  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.566614  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5624  metabolite/H+ symporter, major facilitator superfamily (MFS)  69.67 
 
 		 439 aa  585  1e-166  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.181082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3016  citrate-proton symporter  68.26 
 
 		 446 aa  586  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0958  major facilitator superfamily citrate/H(+) symporter  68.93 
 
 		 433 aa  584  1e-166  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646724  normal  0.531544 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0721  general substrate transporter  66.82 
 
 		 433 aa  587  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0155857  normal  0.463435 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5880  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  67.9 
 
 		 440 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.744654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1027  general substrate transporter  68.97 
 
 		 431 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0986  general substrate transporter  68.97 
 
 		 431 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.535486  normal  0.151921 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0548  general substrate transporter  68.07 
 
 		 488 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.300835  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2104  major facilitator family transporter  68.82 
 
 		 432 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.386264  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0845  citrate-proton symporter  65.14 
 
 		 434 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0796  citrate-proton symporter  65.14 
 
 		 434 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0809  citrate-proton symporter  65.14 
 
 		 434 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.511471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0736  citrate-proton symporter  65.14 
 
 		 434 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0748  citrate-proton symporter  65.14 
 
 		 434 aa  575  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.93839 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1899  major facilitator transporter  68.27 
 
 		 430 aa  570  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00967745  normal  0.065462 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3510  citrate-proton symport  68.37 
 
 		 430 aa  570  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0855554  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3179  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  66.27 
 
 		 431 aa  568  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6273  citrate transporter  68.99 
 
 		 429 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.318839  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5091  general substrate transporter  66.51 
 
 		 435 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00510267 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72280  citrate transporter  68.51 
 
 		 429 aa  538  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6399  General substrate transporter  62.09 
 
 		 431 aa  538  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02399  citrate carrier protein  64.65 
 
 		 425 aa  535  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2273  general substrate transporter  61.14 
 
 		 440 aa  514  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.979998  normal  0.381458 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1915  major facilitator superfamily metabolite(citrate)/H(+) symporter  56.25 
 
 		 440 aa  481  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7138  citrate-proton symporter  60.86 
 
 		 437 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.575895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2401  General substrate transporter  57.18 
 
 		 430 aa  451  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2529  major facilitator transporter  42.86 
 
 		 425 aa  319  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2363  major facilitator superfamily MFS_1  41.06 
 
 		 438 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571173 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0684  major facilitator transporter  42.86 
 
 		 425 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.532033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0717  major facilitator transporter  42.86 
 
 		 425 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0233  major facilitator transporter  42.86 
 
 		 425 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0632  major facilitator transporter  42.72 
 
 		 425 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0608  major facilitator transporter  42.72 
 
 		 425 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2767  major facilitator superfamily MFS_1  40.77 
 
 		 438 aa  310  4e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.527075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2384  major facilitator superfamily MFS_1  40.52 
 
 		 443 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.210469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2668  major facilitator transporter  42.07 
 
 		 425 aa  307  3e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.471807  normal  0.918388 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1274  major facilitator family transporter  42.25 
 
 		 427 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3994  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  41.19 
 
 		 425 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0178094  normal  0.374978 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0703  major facilitator superfamily MFS_1  40.71 
 
 		 425 aa  301  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.406001  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3805  major facilitator transporter  42.22 
 
 		 425 aa  298  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3314  major facilitator superfamily MFS_1  37.61 
 
 		 457 aa  298  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.127085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2791  major facilitator superfamily MFS_1  39.28 
 
 		 443 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3376  major facilitator family transporter  41.78 
 
 		 499 aa  292  8e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4332  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  38.98 
 
 		 430 aa  290  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0645  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  37.12 
 
 		 454 aa  289  7e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.27253 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0889  major facilitator transporter  39.39 
 
 		 447 aa  286  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.242663  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3403  major facilitator transporter  39.95 
 
 		 461 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0109  general substrate transporter  37.73 
 
 		 440 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.942057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3041  general substrate transporter  39.21 
 
 		 435 aa  279  7e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3046  general substrate transporter  38 
 
 		 435 aa  279  9e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2432  general substrate transporter  38 
 
 		 435 aa  279  9e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3065  general substrate transporter  37.76 
 
 		 435 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.425286 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3091  general substrate transporter  39.66 
 
 		 435 aa  277  3e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1763  major facilitator superfamily MFS_1  38.14 
 
 		 427 aa  277  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0782222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2752  major facilitator transporter  37.89 
 
 		 436 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.419621  normal  0.295162 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4913  MFS family transporter  38.08 
 
 		 439 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2957  general substrate transporter  39.66 
 
 		 435 aa  276  5e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.803782 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2610  major facilitator transporter  37.94 
 
 		 436 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.241341 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1160  major facilitator transporter  36.82 
 
 		 440 aa  276  7e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56470  putative MFS transporter  38.03 
 
 		 439 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>