More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0697 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0697  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 		 322 aa  651    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  52.23 
 
 		 354 aa  333  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  54.55 
 
 		 371 aa  333  3e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  46.25 
 
 		 346 aa  273  3e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  44.48 
 
 		 326 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6354  cytochrome c oxidase subunit II  45.94 
 
 		 334 aa  263  2e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  46.13 
 
 		 372 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0096  cytochrome c oxidase, subunit II  44 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.296292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  45.81 
 
 		 372 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2991  cytochrome c oxidase, subunit II  45 
 
 		 338 aa  249  4e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336386  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  45.81 
 
 		 381 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  46.96 
 
 		 352 aa  249  5e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2347  cytochrome c oxidase, subunit II  44.13 
 
 		 334 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  46.33 
 
 		 352 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  48.55 
 
 		 330 aa  237  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0460  cytochrome c oxidase, subunit II  41.64 
 
 		 353 aa  235  8e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.354816  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  44.87 
 
 		 434 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  45.37 
 
 		 353 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  44.73 
 
 		 354 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0079  putative cytochrome c oxidase subunit II  46.72 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.917681  hitchhiker  0.00234837 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  45.59 
 
 		 318 aa  228  9e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  44.4 
 
 		 346 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2183  putative cytochrome c oxidase polypeptide II precursor  42.76 
 
 		 338 aa  227  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0732382 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  44.84 
 
 		 370 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  38.17 
 
 		 311 aa  222  8e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1993  cytochrome c oxidase, subunit II  42.66 
 
 		 314 aa  215  7e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0975891  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5491  cytochrome c oxidase, subunit II  42.05 
 
 		 355 aa  215  8e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.31459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1767  cytochrome c oxidase, subunit II  42.15 
 
 		 352 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.204958  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2792  cytochrome c oxidase, subunit II  41.63 
 
 		 330 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.625738  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4760  cytochrome c oxidase subunit II  37.89 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.723293  normal  0.0836993 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2263  cytochrome c oxidase, subunit II  35.22 
 
 		 367 aa  202  6e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0175262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3558  cytochrome c oxidase subunit II  34.74 
 
 		 370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.22857 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3892  cytochrome c oxidase subunit II  43.03 
 
 		 345 aa  193  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.740774  normal  0.178097 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  38.92 
 
 		 336 aa  192  8e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  44.19 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  40 
 
 		 324 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  40.6 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  33.08 
 
 		 425 aa  178  1e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  45.12 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  32.42 
 
 		 359 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0709  cytochrome c oxidase subunit II  35.22 
 
 		 355 aa  173  2.9999999999999996e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.669005  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  33.23 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3856  cytochrome c oxidase subunit II  33.23 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.15254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3687  cytochrome c oxidase, subunit II  33.23 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3704  cytochrome c oxidase, subunit II  33.23 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.136015  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4062  cytochrome c oxidase, subunit II  33.23 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4154  cytochrome c oxidase subunit II  33.23 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3959  cytochrome c oxidase, subunit II  33.23 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4046  cytochrome c oxidase, subunit II  32.93 
 
 		 349 aa  169  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1193  cytochrome c oxidase, subunit II  32.93 
 
 		 349 aa  169  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3770  cytochrome c oxidase subunit II  32.93 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2646  cytochrome c oxidase subunit II  32.93 
 
 		 349 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0991495  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  33.43 
 
 		 351 aa  163  4.0000000000000004e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0407  cytochrome c oxidase, subunit II  32.63 
 
 		 435 aa  150  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0983  cytochrome c oxidase, subunit II  39.74 
 
 		 356 aa  145  8.000000000000001e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1855  cytochrome c oxidase, subunit II  35.24 
 
 		 356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  31.25 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  38.16 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5130  cytochrome c oxidase subunit II  30.7 
 
 		 384 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  31.15 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3849  cytochrome c oxidase, subunit II  38.16 
 
 		 235 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  27.47 
 
 		 311 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01475  chain II protein of putative cytochrome c oxidase  34.7 
 
 		 234 aa  122  8e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  32.84 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  32.45 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  28.98 
 
 		 329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0156  cytochrome c oxidase, subunit II  36.23 
 
 		 232 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  43.41 
 
 		 244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  25.53 
 
 		 377 aa  114  3e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  30 
 
 		 350 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  25.09 
 
 		 390 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  24.72 
 
 		 385 aa  113  5e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  28.66 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  33.33 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  25.28 
 
 		 385 aa  112  7.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  27.57 
 
 		 380 aa  112  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0726  cytochrome c oxidase, subunit II  29.36 
 
 		 388 aa  112  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.631169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2862  cytochrome c oxidase subunit II  34.3 
 
 		 272 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  24.92 
 
 		 377 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  26.09 
 
 		 532 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  24.55 
 
 		 388 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  29.39 
 
 		 350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  29.47 
 
 		 337 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  29.39 
 
 		 350 aa  110  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  26.84 
 
 		 389 aa  109  5e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  25.18 
 
 		 418 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  29.82 
 
 		 351 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  27.1 
 
 		 302 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  25.83 
 
 		 389 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  25.83 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  24.82 
 
 		 418 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0563  cytochrome c oxidase subunit II  32.71 
 
 		 394 aa  108  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  29.79 
 
 		 389 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  25.08 
 
 		 532 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  26.88 
 
 		 382 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  25.08 
 
 		 532 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  25.08 
 
 		 532 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  25.61 
 
 		 398 aa  107  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  27.01 
 
 		 520 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  25.99 
 
 		 392 aa  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>