More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0593 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3630  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  67.28 
 
 
765 aa  943    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.153032 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  59.11 
 
 
781 aa  759    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276593  decreased coverage  0.00464659 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3892  multi-sensor signal transduction histidine kinase  70.37 
 
 
762 aa  969    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.820879 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  70.38 
 
 
762 aa  965    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.235789  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0515  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  65.39 
 
 
780 aa  927    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.168108 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3588  multi-sensor signal transduction histidine kinase  68.62 
 
 
775 aa  981    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  67.57 
 
 
765 aa  980    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341187  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0593  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
776 aa  1536    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  69.62 
 
 
764 aa  1007    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4526  multi-sensor signal transduction histidine kinase  71.01 
 
 
772 aa  996    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4001  histidine kinase  55.38 
 
 
774 aa  738    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000232996 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3403  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.94 
 
 
812 aa  621  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0077  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  46.07 
 
 
811 aa  610  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000219775  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4410  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  47.85 
 
 
800 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0157  sensor histidine kinase  47.86 
 
 
802 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278492  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2281  putative nitrogen regulation protein NtrY  47.86 
 
 
802 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0640916  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0148  nitrogen regulation protein NtrY, putative  47.86 
 
 
806 aa  600  1e-170  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155051  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0167  sensor histidine kinase  47.86 
 
 
802 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.211147  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0352  sensor kinase protein  47.86 
 
 
787 aa  599  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.452742  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2359  putative nitrogen regulation protein NtrY  47.86 
 
 
802 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.252159  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2799  putative nitrogen regulation protein NtrY  47.86 
 
 
802 aa  599  1e-170  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.98 
 
 
800 aa  602  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6472  multi-sensor signal transduction histidine kinase  49.26 
 
 
804 aa  596  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3059  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.26 
 
 
800 aa  598  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.510583  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3176  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.26 
 
 
804 aa  598  1e-169  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0041  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  47.31 
 
 
803 aa  593  1e-168  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3118  multi-sensor signal transduction histidine kinase  48.66 
 
 
817 aa  594  1e-168  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728829  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.99 
 
 
804 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.537383  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3121  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.99 
 
 
804 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.655307  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.99 
 
 
804 aa  593  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.428024 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0134  nitrogen regulation protein NtrY, putative  47.99 
 
 
787 aa  589  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.822432  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1773  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.11 
 
 
764 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.866376 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2075  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.68 
 
 
770 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.23 
 
 
718 aa  528  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  44.11 
 
 
705 aa  504  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  52.08 
 
 
827 aa  477  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  40.84 
 
 
708 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
823 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3349  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.55 
 
 
823 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.35 
 
 
744 aa  442  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.89 
 
 
729 aa  419  1e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  40.51 
 
 
710 aa  402  9.999999999999999e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 
736 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2847  nitrogen regulation protein NtrY, putative  34.68 
 
 
734 aa  369  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0023  nitrogen regulation protein NtrY, putative  35.86 
 
 
710 aa  362  1e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.736908  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0024  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
736 aa  362  2e-98  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.10248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0199  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 
734 aa  357  3.9999999999999996e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  35.2 
 
 
712 aa  347  5e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 
725 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2081  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.38 
 
 
816 aa  315  9.999999999999999e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.93 
 
 
756 aa  280  8e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
749 aa  268  4e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.84 
 
 
740 aa  261  4e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
754 aa  259  1e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187529  normal  0.0210363 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 
748 aa  246  9e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  29.08 
 
 
748 aa  246  9.999999999999999e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 
733 aa  245  3e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1679  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
760 aa  245  3e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.859765  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 
757 aa  240  9e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414611  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 
756 aa  239  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.361287  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1376  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
737 aa  237  8e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00550904  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 
769 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3361  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 
756 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.76 
 
 
753 aa  234  5e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.35 
 
 
753 aa  233  8.000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
759 aa  233  1e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.35 
 
 
741 aa  233  1e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.820438  normal  0.142567 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 
779 aa  229  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.865325  normal  0.321459 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.21 
 
 
752 aa  227  5.0000000000000005e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0299  putative nitrogen regulation protein NtrY  27 
 
 
714 aa  224  4e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.333561  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1573  histidine kinase  30.58 
 
 
767 aa  224  7e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0740881  normal  0.0763149 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2591  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 
762 aa  222  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.682378  normal  0.0198144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.84 
 
 
746 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
763 aa  219  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 
784 aa  219  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6542  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
753 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
731 aa  218  4e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2579  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.43 
 
 
761 aa  218  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.838184  normal  0.345494 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2136  two component sensor kinase  27.51 
 
 
759 aa  218  4e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132627  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 
756 aa  216  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.35 
 
 
779 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.363869 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1838  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.8 
 
 
764 aa  216  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1116  nitrogen regulation protein NtrY  27.26 
 
 
774 aa  215  2.9999999999999995e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.16 
 
 
738 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000623284  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.9 
 
 
757 aa  213  9e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1074  nitrogen regulation protein NtrY  27.13 
 
 
774 aa  212  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000929955  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
736 aa  211  4e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1491  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 
814 aa  211  5e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0430544 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.27 
 
 
845 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.468501 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.47 
 
 
733 aa  209  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2881  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 
762 aa  209  1e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0704  sensor histidine kinase  26.5 
 
 
713 aa  209  2e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.2301  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.09 
 
 
756 aa  209  2e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0285475 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1629  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.39 
 
 
756 aa  207  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102015  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1617  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 
763 aa  207  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.26 
 
 
756 aa  204  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0544205 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1929  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.11 
 
 
742 aa  202  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.26 
 
 
771 aa  202  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.542091  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0542  nitrogen regulation protein NtrY  25.46 
 
 
742 aa  200  7.999999999999999e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0128365  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1446  nitrogen regulatory signal transduction histidine kinase NtrY  27.18 
 
 
766 aa  199  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263583  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>