More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0515 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0515  type IV / VI secretion system protein, DotU family  100 
 
 
442 aa  878    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0212  hypothetical protein  53.07 
 
 
460 aa  358  8e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.468684  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26720  hypothetical protein  50.98 
 
 
430 aa  358  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4056  hypothetical protein  50 
 
 
460 aa  350  2e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000056515 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1472  hypothetical protein  46.68 
 
 
452 aa  350  3e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0650495  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0447  hypothetical protein  50.65 
 
 
438 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.554546  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0398  hypothetical protein  50.65 
 
 
438 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.344138  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2966  hypothetical protein  50.65 
 
 
438 aa  349  5e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1592  hypothetical protein  50.65 
 
 
438 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1777  hypothetical protein  50.65 
 
 
438 aa  349  5e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2841  hypothetical protein  50.65 
 
 
438 aa  349  5e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.548037  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1205  hypothetical protein  50.65 
 
 
438 aa  348  9e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.145712  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0253  hypothetical protein  50.65 
 
 
437 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1593  hypothetical protein  49.87 
 
 
440 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.442796  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3845  hypothetical protein  47 
 
 
443 aa  319  5e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00641884  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0149  hypothetical protein  46.26 
 
 
449 aa  316  6e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0371837  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00925  hypothetical protein  46.98 
 
 
449 aa  316  7e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0257059  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2465  hypothetical protein  44.47 
 
 
413 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2317  hypothetical protein  47.91 
 
 
453 aa  293  5e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0027894  hitchhiker  0.000887894 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2999  hypothetical protein  45.97 
 
 
406 aa  292  7e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00251  OmpA family membrane protein  41.61 
 
 
438 aa  258  2e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0126  hypothetical protein  41.07 
 
 
433 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0314  hypothetical protein  41.18 
 
 
434 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.497389 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0308  hypothetical protein  41.47 
 
 
434 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.677173  normal  0.0357421 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0320  hypothetical protein  41.18 
 
 
434 aa  243  5e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.246257  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0303  hypothetical protein  40.88 
 
 
434 aa  242  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.459512 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0139  hypothetical protein  41.87 
 
 
433 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1609  hypothetical protein  41.87 
 
 
433 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269396  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0162  hypothetical protein  41.82 
 
 
433 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1674  type VI secretion system OmpA/MotB family protein  38.93 
 
 
415 aa  237  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169962  normal  0.0141986 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2374  OmpA/MotB domain-containing protein  31.44 
 
 
429 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6678  hypothetical protein  40.21 
 
 
436 aa  232  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6042  OmpA-type porin  36.41 
 
 
511 aa  229  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3484  hypothetical protein  37.04 
 
 
432 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0805528  normal  0.565487 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3023  hypothetical protein  39.25 
 
 
434 aa  224  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000015  Flagellar motor rotation protein MotB  32.87 
 
 
430 aa  223  6e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0991  hypothetical protein  36.07 
 
 
434 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0328  hypothetical protein  38.42 
 
 
421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0237  hypothetical protein  38.42 
 
 
421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1690  hypothetical protein  38.42 
 
 
421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.994866  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2089  OmpA/MotB domain-containing protein  37.3 
 
 
456 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.975848  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1523  hypothetical protein  31.75 
 
 
469 aa  221  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.414466  normal  0.78534 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2189  hypothetical protein  38.42 
 
 
421 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1214  hypothetical protein  38.42 
 
 
421 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0927  hypothetical protein  38.42 
 
 
421 aa  219  6e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1914  hypothetical protein  38.42 
 
 
426 aa  219  7e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7017  hypothetical protein  36.24 
 
 
429 aa  218  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3921  hypothetical protein  37.57 
 
 
431 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2088  hypothetical protein  35.88 
 
 
443 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6109  hypothetical protein  34.07 
 
 
447 aa  202  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.480365 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2353  type IV / VI secretion system protein, DotU family  36.46 
 
 
494 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.565328 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3034  OmpA/MotB  34.96 
 
 
487 aa  197  4.0000000000000005e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.047877  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1372  OmpA domain-containing protein  32.45 
 
 
458 aa  189  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1484  type VI secretion system OmpA/MotB family protein  32.45 
 
 
458 aa  189  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.287067  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0935  hypothetical protein  34.04 
 
 
414 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2882  type VI secretion system OmpA/MotB family protein  33.06 
 
 
493 aa  168  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.132662 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0103  hypothetical protein  41.12 
 
 
293 aa  168  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3604  hypothetical protein  43.32 
 
 
289 aa  168  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42910  hypothetical protein  43.32 
 
 
289 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.386497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2521  hypothetical protein  39.15 
 
 
261 aa  160  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.49989  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5419  hypothetical protein  39.72 
 
 
291 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5578  hypothetical protein  38.79 
 
 
291 aa  153  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2553  hypothetical protein  40.76 
 
 
290 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00740521  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2799  type IV / VI secretion system protein, DotU family  41.55 
 
 
258 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.514043  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6107  DotU family type IV/VI secretion system protein  30.75 
 
 
410 aa  145  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.513822 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3247  type IV / VI secretion system protein, DotU family  38.84 
 
 
258 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1078  type IV / VI secretion system protein, DotU family  39.73 
 
 
258 aa  144  3e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.149197  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3725  hypothetical protein  38.57 
 
 
273 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.364927  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0053  hypothetical protein  36.36 
 
 
271 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2452  OmpA/MotB domain-containing protein  31.75 
 
 
463 aa  136  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154769  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1204  hypothetical protein  33.33 
 
 
258 aa  132  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0809723  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0716  hypothetical protein  30.65 
 
 
552 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0804  hypothetical protein  30.65 
 
 
552 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.624526  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2089  hypothetical protein  30.65 
 
 
571 aa  131  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0458657  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1938  SciP protein  32.83 
 
 
278 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0552232  normal  0.859509 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0022  hypothetical protein  34.62 
 
 
257 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.828521  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3130  OmpA/MotB domain-containing protein  30.96 
 
 
453 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00118735  normal  0.252633 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0732  hypothetical protein  30.4 
 
 
552 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0245739  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1027  hypothetical protein  30.4 
 
 
560 aa  128  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0453  hypothetical protein  30.4 
 
 
571 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2001  hypothetical protein  30.4 
 
 
552 aa  127  3e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66757  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1114  putative type VI secretion protein VasF  37.31 
 
 
275 aa  126  8.000000000000001e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1886  hypothetical protein  30.15 
 
 
594 aa  126  9e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.419438  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3551  hypothetical protein  29.08 
 
 
536 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.178777  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3232  hypothetical protein  29.31 
 
 
289 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0993  OmpA/MotB family outer membrane protein  30.81 
 
 
404 aa  124  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3422  hypothetical protein  29.01 
 
 
536 aa  124  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2119  hypothetical protein  29.31 
 
 
289 aa  123  8e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1758  IcmH  37.34 
 
 
257 aa  123  8e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2616  hypothetical protein  29.44 
 
 
289 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0188045 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0429  hypothetical protein  37.34 
 
 
257 aa  122  9.999999999999999e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3486  OmpA family outer membrane protein  31.82 
 
 
453 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.392072  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2952  hypothetical protein  28.61 
 
 
535 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.314306 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3923  DotU family type IV/VI secretion system protein  28.94 
 
 
405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4081  hypothetical protein  29.13 
 
 
310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.000110004 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1514  type IV / VI secretion system protein, DotU family  34.45 
 
 
327 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568631  normal  0.950361 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3047  type IV / VI secretion system protein, DotU family  36.76 
 
 
489 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.166638  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3486  OmpA/MotB domain-containing protein  28.5 
 
 
404 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0632352  normal  0.779995 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0232  hypothetical protein  35.44 
 
 
253 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0230  hypothetical protein  35.44 
 
 
253 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>