More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0402 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS05321  ATP-dependent DNA helicase II protein  65.18 
 
 
710 aa  860    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314896  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  61.97 
 
 
686 aa  818    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  60.88 
 
 
750 aa  834    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4241  UvrD/REP helicase  64.13 
 
 
716 aa  847    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  62.97 
 
 
720 aa  822    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  61.48 
 
 
725 aa  791    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  64.14 
 
 
702 aa  847    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  61.01 
 
 
685 aa  815    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  61.92 
 
 
687 aa  829    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  62.7 
 
 
717 aa  858    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3335  UvrD/REP helicase  62.48 
 
 
694 aa  836    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.667259 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  62.88 
 
 
686 aa  831    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4129  UvrD/REP helicase  64.13 
 
 
716 aa  847    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.248722  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  61.99 
 
 
687 aa  816    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  63.43 
 
 
708 aa  813    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  64.06 
 
 
688 aa  835    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  61.65 
 
 
689 aa  835    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  61.68 
 
 
702 aa  813    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  100 
 
 
712 aa  1437    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  62.83 
 
 
745 aa  815    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  62.79 
 
 
686 aa  835    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  60.26 
 
 
689 aa  822    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  48.84 
 
 
700 aa  604  1.0000000000000001e-171  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  43.5 
 
 
676 aa  426  1e-118  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  43.06 
 
 
681 aa  420  1e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  35.94 
 
 
754 aa  384  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1808  UvrD/REP helicase  41.05 
 
 
725 aa  378  1e-103  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  35.68 
 
 
655 aa  375  1e-102  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2021  UvrD/REP helicase  38.74 
 
 
745 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.581041 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2122  UvrD/REP helicase  40.69 
 
 
726 aa  375  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.370294  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  40.54 
 
 
726 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  37.73 
 
 
714 aa  370  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  39.33 
 
 
719 aa  352  1e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  36.93 
 
 
669 aa  352  2e-95  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  39.32 
 
 
768 aa  346  8e-94  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2469  UvrD/REP helicase  37.95 
 
 
724 aa  343  5.999999999999999e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.5744  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3571  ATP-dependent DNA helicase UvrD  36.3 
 
 
719 aa  342  2e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0254  UvrD/REP helicase  34.69 
 
 
742 aa  334  3e-90  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.016007  decreased coverage  0.00234339 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  37.87 
 
 
668 aa  330  4e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1532  UvrD/REP helicase  34.71 
 
 
648 aa  330  6e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0217049  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1581  UvrD/REP helicase  34.71 
 
 
648 aa  330  6e-89  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1017  UvrD/REP helicase  34.19 
 
 
733 aa  330  7e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0721  UvrD/REP helicase  35.65 
 
 
656 aa  329  1.0000000000000001e-88  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1967  UvrD/REP helicase  36.42 
 
 
789 aa  329  1.0000000000000001e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0779  UvrD/REP helicase  32.74 
 
 
630 aa  320  7e-86  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0796  UvrD/REP helicase  31.81 
 
 
706 aa  316  8e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.573798  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  31.81 
 
 
625 aa  298  3e-79  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  31.89 
 
 
769 aa  289  2e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  35.23 
 
 
707 aa  287  5.999999999999999e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  32.09 
 
 
749 aa  284  4.0000000000000003e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.63 
 
 
773 aa  281  4e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  29.69 
 
 
735 aa  278  2e-73  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.89 
 
 
785 aa  278  2e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  32.01 
 
 
773 aa  278  2e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  29.69 
 
 
724 aa  278  3e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  31.82 
 
 
764 aa  276  7e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  32.53 
 
 
765 aa  276  8e-73  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  33.05 
 
 
737 aa  275  3e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.71 
 
 
765 aa  275  3e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  32.77 
 
 
736 aa  275  3e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.3 
 
 
763 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  31.57 
 
 
706 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.74 
 
 
742 aa  270  5.9999999999999995e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0413312  decreased coverage  0.000000100763 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  35.54 
 
 
671 aa  269  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3327  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.2 
 
 
802 aa  269  1e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  32.01 
 
 
789 aa  268  2e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6025  UvrD/REP helicase  32.16 
 
 
787 aa  267  5e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  31.66 
 
 
778 aa  267  5.999999999999999e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  31.98 
 
 
757 aa  266  1e-69  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.48 
 
 
755 aa  266  1e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.24 
 
 
858 aa  266  1e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  30.57 
 
 
731 aa  265  2e-69  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  31.2 
 
 
783 aa  265  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3589  UvrD/REP helicase  34.43 
 
 
746 aa  265  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0116142  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3788  UvrD/REP helicase  30.94 
 
 
755 aa  263  8.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  33.48 
 
 
739 aa  262  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.08 
 
 
762 aa  261  4e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  37.37 
 
 
797 aa  261  4e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.32 
 
 
831 aa  259  8e-68  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3458  UvrD/REP helicase  31.88 
 
 
762 aa  259  9e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.02 
 
 
741 aa  259  2e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  34.38 
 
 
754 aa  258  3e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.33 
 
 
829 aa  257  5e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0647  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.33 
 
 
838 aa  257  5e-67  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0160292  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.08 
 
 
715 aa  257  5e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4223  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.05 
 
 
768 aa  257  6e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.80047  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  32.67 
 
 
744 aa  256  8e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.77 
 
 
729 aa  254  3e-66  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  35.21 
 
 
671 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  35.21 
 
 
671 aa  254  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.41 
 
 
857 aa  255  3e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  33.18 
 
 
705 aa  254  3e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  37.07 
 
 
797 aa  254  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.72 
 
 
833 aa  254  5.000000000000001e-66  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  34.52 
 
 
682 aa  254  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  32.25 
 
 
678 aa  253  6e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  36.71 
 
 
797 aa  253  6e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  33.14 
 
 
771 aa  253  6e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5235  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.83 
 
 
781 aa  253  1e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00141788 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.71 
 
 
896 aa  252  2e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>