More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0352 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
299 aa  607  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
333 aa  251  9.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 
301 aa  249  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
299 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
302 aa  247  2e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 
310 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  43.31 
 
 
301 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 
306 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 
303 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
301 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 
301 aa  239  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 
306 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
306 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 
306 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
306 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
307 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 
318 aa  231  9e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
307 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
307 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
307 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
307 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
307 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
307 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 
308 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 
432 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
307 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
309 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.46 
 
 
300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
308 aa  219  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.72 
 
 
300 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  38.8 
 
 
304 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 
309 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
345 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 
301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  40.28 
 
 
326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
309 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 
314 aa  211  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
327 aa  210  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
301 aa  209  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  40.13 
 
 
321 aa  209  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
332 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
314 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
317 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
331 aa  204  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
308 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 
325 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
308 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 
314 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  39.93 
 
 
308 aa  203  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 
325 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
320 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  37.21 
 
 
333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
316 aa  195  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
316 aa  195  9e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 
317 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
315 aa  192  8e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
320 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
306 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  38.51 
 
 
304 aa  187  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
306 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
305 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
306 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
306 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
317 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
316 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 
330 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 
305 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
311 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  35.03 
 
 
298 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
308 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
301 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 
298 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
307 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
342 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.72 
 
 
314 aa  171  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  34.35 
 
 
298 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
308 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
305 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
306 aa  169  6e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 
307 aa  168  8e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
301 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
298 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
301 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>