264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0349 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



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Organism name
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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0349  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 237 aa  484  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3529  TetR family transcriptional regulator  72.15 
 
 		 220 aa  331  5e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.270662  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3496  TetR family transcriptional regulator  71.75 
 
 		 223 aa  329  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.591625 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4025  TetR family transcriptional regulator  71.3 
 
 		 219 aa  324  6e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.272144  normal  0.300768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0825  TetR family transcriptional regulator  68.81 
 
 		 222 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4167  TetR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 247 aa  281  7.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.884497  normal  0.10012 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0551  transcriptional regulator, TetR family  62.5 
 
 		 220 aa  272  3e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0535  TetR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 217 aa  272  4.0000000000000004e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0588697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1581  TetR family transcriptional regulator  52.91 
 
 		 223 aa  219  1.9999999999999999e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.223478 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2086  putative transcription regulator protein  40.64 
 
 		 231 aa  181  9.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1037  TetR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.397518  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 239 aa  180  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2030  TetR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 238 aa  179  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0233695  normal  0.74062 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0901  TetR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 236 aa  178  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1320  transcriptional regulator, TetR family  41.06 
 
 		 241 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767739  normal  0.281979 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0938  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 235 aa  177  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 252 aa  176  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3239  TetR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 241 aa  176  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2237  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 		 236 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.252605 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1105  TetR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 253 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1857  TetR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 239 aa  175  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2296  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 252 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 251 aa  174  8e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 251 aa  174  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1914  transcriptional regulator, TetR family  37.93 
 
 		 239 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 209 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5798  putative transcriptional regulator  37.09 
 
 		 205 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4880  TetR family transcriptional regulator  40.49 
 
 		 204 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4798  transcriptional regulator, TetR family  35.89 
 
 		 211 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66850  TetR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 205 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5006  TetR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 204 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.162058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0391  TetR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.799275  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0458  TetR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 204 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5056  TetR family transcriptional regulator  38.65 
 
 		 204 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5344  TetR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5119  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 221 aa  112  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0462  putative transcriptional regulator  37.2 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04820  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 215 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4993  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 221 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3899  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3991  TetR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0546493 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5146  transcriptional regulator PhaD  38.65 
 
 		 204 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5169  TetR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 221 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3937  transcriptional regulator, TetR family protein  33.33 
 
 		 220 aa  112  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.353211  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4675  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 215 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0527  TetR family transcriptional regulator  39.88 
 
 		 204 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0603321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0346  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 221 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.202764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4103  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 215 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0350269  normal  0.346351 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4186  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 245 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3571  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.713371  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0267  HTH-type transcriptional regulator, tetR-family  29.17 
 
 		 214 aa  106  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0066  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 215 aa  105  6e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000605842  hitchhiker  0.0000133916 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0103  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.462043 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3900  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 215 aa  104  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.113348  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4757  regulatory protein, TetR  30.05 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0842681 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4479  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 215 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.2045 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 211 aa  102  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0108  TetR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 213 aa  100  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4339  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 215 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4284  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 215 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936887 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0099  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0469573  hitchhiker  0.000212753 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0059  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 215 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273669  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0214  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 218 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.705047  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  30.56 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0102  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 218 aa  100  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.478027 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0419  transcriptional reguator, TetR family  28.64 
 
 		 220 aa  99  6e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3708  TetR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 217 aa  98.6  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.59565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2735  TetR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 242 aa  97.4  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.329672  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3614  regulatory protein, TetR  30.19 
 
 		 215 aa  90.1  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0129268  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0204  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 191 aa  87.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0122947  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 213 aa  80.1  0.00000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 220 aa  79.7  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01158  transcriptional regulator PhaD  39.05 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.334041  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0205  TetR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 208 aa  75.5  0.0000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.555741  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5452  TetR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 220 aa  72  0.000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.44369 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1089  TetR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 227 aa  67.4  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.485393  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3104  TetR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.428011 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1638  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.181149  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1968  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000902359 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3792  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.161831 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4148  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.190862  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3822  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 219 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.526815  n/a   
 
 
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NC_007005  Psyr_1657  regulatory protein, TetR  40 
 
 		 220 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.184352 
 
 
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NC_010322  PputGB1_1499  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.508077  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_1534  TetR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.114781  normal  0.468022 
 
 
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NC_013159  Svir_26800  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 184 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.463482  normal  0.288316 
 
 
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NC_008726  Mvan_0170  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 192 aa  53.9  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.652591  normal  0.659974 
 
 
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NC_008463  PA14_25800  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 212 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.2464 
 
 
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NC_009656  PSPA7_2204  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 212 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_0117  transcriptional regulator, TetR family  25.91 
 
 		 208 aa  52.4  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.712391  normal  1 
 
 
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NC_014158  Tpau_2165  transcriptional regulator, TetR family  27.92 
 
 		 188 aa  50.4  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.289199  n/a   
 
 
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NC_013730  Slin_3888  transcriptional regulator, TetR family  41.79 
 
 		 206 aa  50.8  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.693202 
 
 
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NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 222 aa  50.4  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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