More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0345 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
296 aa  607  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  57.48 
 
 
325 aa  363  2e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  57.82 
 
 
339 aa  362  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  55.78 
 
 
329 aa  346  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  55.59 
 
 
329 aa  345  6e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  55.24 
 
 
329 aa  343  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  55.24 
 
 
329 aa  343  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  54.55 
 
 
329 aa  338  5e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  54.55 
 
 
329 aa  338  5e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  54.55 
 
 
329 aa  338  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  54.55 
 
 
329 aa  338  5e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  56.79 
 
 
328 aa  331  8e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  53.66 
 
 
319 aa  322  4e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  52.96 
 
 
319 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  52.96 
 
 
322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  52.96 
 
 
319 aa  319  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  52.26 
 
 
319 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  52.26 
 
 
319 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  52.26 
 
 
319 aa  318  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  51.75 
 
 
339 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  53.02 
 
 
294 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  51.75 
 
 
318 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  51.75 
 
 
332 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  51.75 
 
 
332 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  51.75 
 
 
350 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  51.75 
 
 
350 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  51.75 
 
 
332 aa  311  1e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  52.67 
 
 
294 aa  310  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  51.75 
 
 
330 aa  308  5e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  50.52 
 
 
294 aa  307  1.0000000000000001e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  50.35 
 
 
297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  49.3 
 
 
312 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  49.3 
 
 
312 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  49.3 
 
 
312 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  47.97 
 
 
311 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  50.41 
 
 
256 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 
321 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  41.07 
 
 
301 aa  225  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  40.86 
 
 
307 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  40.86 
 
 
301 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  38.21 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  40.35 
 
 
303 aa  218  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  39.72 
 
 
301 aa  215  9e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  41.22 
 
 
287 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  38.93 
 
 
301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000688741  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  38.08 
 
 
301 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  37.28 
 
 
299 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  37.37 
 
 
315 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  36.92 
 
 
299 aa  204  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 
303 aa  195  7e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  41.22 
 
 
310 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 
290 aa  190  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  36.4 
 
 
326 aa  188  1e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  38.35 
 
 
309 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  37.05 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  37.41 
 
 
311 aa  183  3e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000518709  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  41.22 
 
 
315 aa  182  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  42.48 
 
 
325 aa  182  5.0000000000000004e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  39.48 
 
 
315 aa  180  2e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  39.54 
 
 
308 aa  175  8e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 
309 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  32.74 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.96 
 
 
319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  36.74 
 
 
302 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 
323 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  34.04 
 
 
318 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000330517  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 
302 aa  156  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 
327 aa  152  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 
324 aa  152  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 
324 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 
327 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  31.53 
 
 
324 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  30.89 
 
 
324 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 
289 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 
291 aa  149  6e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.52 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 
289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 
318 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 
325 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 
318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0666  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 
322 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00660506  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  31.21 
 
 
288 aa  139  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 
325 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 
325 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 
325 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1743  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 
324 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1627  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 
324 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0192166  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1835  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 
324 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00187488  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2466  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 
324 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000149064  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0505  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 
324 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.66204  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0787  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 
324 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0185188  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 
286 aa  136  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 
291 aa  135  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.82 
 
 
289 aa  134  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.27 
 
 
289 aa  133  3e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 
301 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 
303 aa  132  6e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 
288 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>