59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0329 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0329  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  100 
 
 		 553 aa  1102    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4246  NHL repeat-containing protein  52.92 
 
 		 542 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.359028  normal  0.663745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4276  NHL repeat-containing protein  52.45 
 
 		 543 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4920  NHL repeat containing protein  52.23 
 
 		 542 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.610425  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2800  NHL repeat-containing protein  41.37 
 
 		 538 aa  410  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.350365  normal  0.74213 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1635  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  44.55 
 
 		 545 aa  394  1e-108  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3693  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.36 
 
 		 531 aa  169  2e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0345166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4495  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.09 
 
 		 538 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.789599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4408  NHL repeat-containing protein  30.09 
 
 		 538 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4789  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.72 
 
 		 550 aa  160  6e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.425 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1786  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.48 
 
 		 526 aa  157  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.222131 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4964  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.9 
 
 		 529 aa  138  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0275  hypothetical protein  26.28 
 
 		 502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4866  NHL repeat containing protein  26.83 
 
 		 510 aa  115  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2610  hypothetical protein  31.62 
 
 		 302 aa  102  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000643636  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4199  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.46 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13098  normal  0.347847 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1989  streptogramin lyase gluconolactonase family  26.97 
 
 		 368 aa  51.2  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  23.92 
 
 		 1667 aa  50.8  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1889  hydrolase  22.56 
 
 		 290 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.83 
 
 		 318 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2524  VCBS  27.04 
 
 		 1143 aa  50.1  0.0001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.543748  normal  0.893675 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2063  NHL repeat containing protein  31.16 
 
 		 652 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6466  hypothetical protein  29.65 
 
 		 223 aa  48.1  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.5697 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1990  streptogramin lyase  30.65 
 
 		 326 aa  47.8  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.573521  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2265  NHL repeat-containing protein  24.13 
 
 		 963 aa  47.4  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.397951  normal  0.439164 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1788  NHL repeat-containing protein  33.04 
 
 		 354 aa  47.4  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.565326  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.37 
 
 		 314 aa  47  0.0009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42030  hypothetical protein  24.48 
 
 		 332 aa  47  0.0009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  24.11 
 
 		 335 aa  46.6  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2986  PA14 domain-containing protein  24 
 
 		 1293 aa  46.6  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.98 
 
 		 334 aa  46.6  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1558  hydrolase  23.57 
 
 		 294 aa  46.2  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.530388  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3716  NHL repeat containing protein  24 
 
 		 674 aa  46.2  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.91 
 
 		 338 aa  45.8  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0422  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.86 
 
 		 296 aa  45.4  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.13548  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2396  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.79 
 
 		 275 aa  46.2  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.00000000000818527  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3914  NHL repeat-containing protein  25 
 
 		 672 aa  46.2  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0864  gluconolactonase, putative  45.07 
 
 		 286 aa  45.4  0.003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.97906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2454  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  42.65 
 
 		 305 aa  45.1  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0662478 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2631  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  29.09 
 
 		 343 aa  45.4  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.118189  hitchhiker  0.000564983 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5305  hypothetical protein  27.31 
 
 		 226 aa  45.1  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807695  normal  0.128742 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  29.02 
 
 		 1189 aa  45.4  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1311  hypothetical protein  29.24 
 
 		 214 aa  45.1  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0140085  normal  0.443195 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1528  hypothetical protein  28.74 
 
 		 227 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.176269  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7126  serine/threonine protein kinase  24.11 
 
 		 770 aa  44.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1299  hypothetical protein  28.74 
 
 		 227 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3284  hypothetical protein  28.74 
 
 		 227 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.27706  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2028  hypothetical protein  28.74 
 
 		 227 aa  44.7  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2158  NHL repeat-containing protein  22.74 
 
 		 1750 aa  44.7  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0370  Fibronectin type III domain protein  30.43 
 
 		 841 aa  44.3  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.800383  normal  0.932394 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0242  NHL repeat-containing protein  35.29 
 
 		 1146 aa  44.3  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00900908 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2118  putative gluconolactonase precursor  42.65 
 
 		 306 aa  44.3  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0176891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0423  NHL repeat containing protein  21.63 
 
 		 831 aa  44.3  0.006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0378567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2015  hypothetical protein  27.98 
 
 		 228 aa  43.9  0.007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.627387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1375  hypothetical protein  28.24 
 
 		 214 aa  43.9  0.008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1995  hypothetical protein  29.3 
 
 		 228 aa  43.9  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151906  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6082  hypothetical protein  29.3 
 
 		 228 aa  43.9  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1786  WD-40 repeat-containing protein  26.56 
 
 		 1427 aa  43.5  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.441157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2500  leucine-rich repeat-containing protein  21.45 
 
 		 1351 aa  43.5  0.01  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>