299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0220 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0220  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  100 
 
 
311 aa  637    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0122  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  60.51 
 
 
308 aa  371  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271646  normal  0.201393 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0479  senescence marker protein-30 (SMP-30)  57.64 
 
 
312 aa  366  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0186  gluconolactonase  56.19 
 
 
311 aa  360  2e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0235  gluconolactonase  56.77 
 
 
323 aa  329  5.0000000000000004e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0183  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  51.41 
 
 
316 aa  308  8e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0284148  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0165  gluconolactonase  51.1 
 
 
316 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  49.16 
 
 
299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  46.53 
 
 
299 aa  257  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5597  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  45.33 
 
 
300 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0724481  normal  0.472468 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3160  senescence marker protein-30 (SMP-30)  43.81 
 
 
289 aa  216  4e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  38.46 
 
 
290 aa  212  5.999999999999999e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  38.91 
 
 
296 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.37 
 
 
289 aa  198  9e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2099  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.12 
 
 
291 aa  169  5e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83958 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  38.3 
 
 
296 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  31.48 
 
 
300 aa  163  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3453  gluconolactonase  34.53 
 
 
297 aa  163  3e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.222045 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0419  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  38.03 
 
 
296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.740885  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  31.79 
 
 
300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.45 
 
 
302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.05 
 
 
295 aa  162  9e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  31.46 
 
 
303 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1362  Xylono-1,4-lactonase  34.92 
 
 
294 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4580  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.81 
 
 
300 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.738583 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  30.9 
 
 
300 aa  160  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0398  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.89 
 
 
302 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.993472 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.11 
 
 
302 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4446  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.81 
 
 
300 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0439453  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.45 
 
 
302 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.11 
 
 
302 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  30.43 
 
 
288 aa  160  4e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  34.11 
 
 
546 aa  159  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  31.13 
 
 
300 aa  159  7e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3078  gluconolactonase  32.78 
 
 
290 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.118457  normal  0.0313509 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2883  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  34.11 
 
 
302 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.300083 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  35.69 
 
 
309 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  30.1 
 
 
288 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  33.66 
 
 
294 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.08 
 
 
292 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.41 
 
 
309 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  31.13 
 
 
300 aa  155  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.33 
 
 
569 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  33.77 
 
 
294 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5444  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.44 
 
 
295 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00675978 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0279  gluconolactonase  36.63 
 
 
295 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.27578  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5175  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.85 
 
 
296 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0979633  normal  0.105367 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  35.86 
 
 
296 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2084  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  37.82 
 
 
300 aa  149  7e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.206563  normal  0.0169669 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  35.03 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  34.11 
 
 
291 aa  147  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  31.88 
 
 
291 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5506  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.74 
 
 
293 aa  145  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2584  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.85 
 
 
304 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3108  gluconolactonase  34.64 
 
 
303 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0128132  normal  0.989225 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  35.06 
 
 
300 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.46 
 
 
291 aa  144  3e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.33 
 
 
292 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1170  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  33.78 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.482172  normal  0.0648021 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.21 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0519  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  27.81 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.530056  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4002  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.22 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.846723 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1204  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.65 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2994  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.27 
 
 
304 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412095  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2001  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.31 
 
 
302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00903181  hitchhiker  0.0000000314659 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.4 
 
 
281 aa  136  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2088  hypothetical protein  30.31 
 
 
300 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000545594 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.33 
 
 
293 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1974  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.66 
 
 
302 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.18647  hitchhiker  0.00196761 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  33.88 
 
 
312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  33.33 
 
 
312 aa  133  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4078  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.61 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62753  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4190  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.61 
 
 
301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00122  regucalcin  30.42 
 
 
303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.235017  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3531  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  31.92 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0453  gluconolactonase  33.11 
 
 
289 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17570  gluconolactonase  31.56 
 
 
280 aa  130  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0137637  normal  0.639926 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3831  senescence marker protein-30 (SMP-30)  34.34 
 
 
283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.209779  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  27.99 
 
 
302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.97 
 
 
574 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3322  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.72 
 
 
294 aa  129  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1240  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.59 
 
 
286 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.138164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2755  hypothetical protein  31.25 
 
 
303 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.334703  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2186  senescence marker protein-30 (SMP-30)  30.97 
 
 
292 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.67 
 
 
292 aa  125  9e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0358  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.19 
 
 
305 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60058  normal  0.0997512 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0075  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.75 
 
 
289 aa  123  3e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.72815 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0353  putative senescence marker protein-30 (SMP-30)  31.67 
 
 
295 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000291446  hitchhiker  0.0000011261 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  30.2 
 
 
296 aa  123  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  28.81 
 
 
284 aa  123  4e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1323  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.68 
 
 
287 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.198758  normal  0.707681 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2014  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  26.8 
 
 
289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.169753  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02040  gluconolactonase  32.52 
 
 
298 aa  120  3e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4143  gluconolactonase  30.34 
 
 
291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.670498  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2162  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.76 
 
 
330 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.15283  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  29.13 
 
 
291 aa  118  9.999999999999999e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.25 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4476  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.29 
 
 
290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0784664  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4675  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  29.67 
 
 
318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3342  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.1 
 
 
294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.88627  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>