More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0188 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 386 aa  771    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  59.33 
 
 		 384 aa  408  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  39.67 
 
 		 385 aa  249  4e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  39.67 
 
 		 385 aa  249  5e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  36.59 
 
 		 377 aa  244  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  38.12 
 
 		 398 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  38.42 
 
 		 380 aa  236  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  38.55 
 
 		 392 aa  234  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  38.02 
 
 		 386 aa  231  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  40.31 
 
 		 382 aa  219  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  36.06 
 
 		 385 aa  218  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  36.55 
 
 		 378 aa  218  1e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  40.05 
 
 		 382 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  37.75 
 
 		 374 aa  217  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  35.88 
 
 		 377 aa  210  4e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  36.11 
 
 		 403 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  34.07 
 
 		 379 aa  199  7e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  34.25 
 
 		 378 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  36.84 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  33.88 
 
 		 384 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  33.61 
 
 		 383 aa  197  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  35.77 
 
 		 382 aa  196  5.000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  36.39 
 
 		 373 aa  196  7e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  36.74 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  33.81 
 
 		 370 aa  194  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  32.67 
 
 		 395 aa  193  6e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 		 367 aa  186  6e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  33.07 
 
 		 382 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  34.08 
 
 		 385 aa  184  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  34.08 
 
 		 408 aa  179  8e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  33.05 
 
 		 383 aa  176  5e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  32.76 
 
 		 375 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  31.88 
 
 		 378 aa  173  5e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  32.57 
 
 		 368 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 		 370 aa  171  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  31.1 
 
 		 370 aa  170  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  32.25 
 
 		 386 aa  168  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  30.55 
 
 		 383 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  33.16 
 
 		 383 aa  164  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  30.55 
 
 		 374 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  30.55 
 
 		 374 aa  163  6e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 371 aa  162  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 		 383 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 472 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 		 377 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  29.51 
 
 		 377 aa  159  6e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  31.83 
 
 		 380 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  31.87 
 
 		 379 aa  158  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 		 408 aa  157  3e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  30.32 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 		 388 aa  157  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 		 368 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  32.37 
 
 		 388 aa  157  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  32.86 
 
 		 480 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 		 382 aa  153  5e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  30.34 
 
 		 372 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 		 383 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 		 391 aa  149  9e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 		 411 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  29.21 
 
 		 381 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 		 425 aa  145  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  31.84 
 
 		 426 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 		 382 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  30.58 
 
 		 411 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 		 386 aa  138  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  31.37 
 
 		 423 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  31.51 
 
 		 386 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 		 394 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 363 aa  132  9e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 		 386 aa  132  9e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  31.2 
 
 		 380 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 		 388 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.05 
 
 		 388 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.92 
 
 		 517 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  29.53 
 
 		 497 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  30.36 
 
 		 384 aa  125  8.000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 		 416 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0210  Extracellular ligand-binding receptor  28.73 
 
 		 592 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.019468 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  28.41 
 
 		 387 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 		 416 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.56 
 
 		 390 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  22.86 
 
 		 380 aa  119  7e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.08 
 
 		 370 aa  119  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 		 403 aa  119  9e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30 
 
 		 496 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.71 
 
 		 512 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  30.73 
 
 		 519 aa  116  6e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  28.74 
 
 		 393 aa  115  8.999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.57 
 
 		 425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 382 aa  113  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  29.33 
 
 		 539 aa  110  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  28.4 
 
 		 415 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 		 418 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 387 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  29.3 
 
 		 401 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 		 382 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  29.39 
 
 		 435 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  28.31 
 
 		 406 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  28.74 
 
 		 409 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>