More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0149 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0149  threonine dehydratase  100 
 
 
409 aa  806  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.436735  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0111  threonine dehydratase  78.33 
 
 
400 aa  622  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577091  normal  0.0541762 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0165  threonine dehydratase  78.08 
 
 
400 aa  610  1e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0344  threonine dehydratase  75.93 
 
 
399 aa  597  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0142  threonine dehydratase  79.56 
 
 
402 aa  599  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0336492 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0080  threonine dehydratase  78.41 
 
 
399 aa  585  1e-166  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0099  threonine dehydratase  78.41 
 
 
399 aa  585  1e-166  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3770  threonine dehydratase  71.11 
 
 
412 aa  552  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0248886 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0116  threonine dehydratase  72.57 
 
 
415 aa  538  1e-152  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3984  threonine dehydratase  54.36 
 
 
412 aa  372  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4935  threonine dehydratase  49.62 
 
 
403 aa  365  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1842  threonine dehydratase  51.86 
 
 
416 aa  361  1e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.53937 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  47.91 
 
 
403 aa  350  2e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2877  threonine dehydratase  53.15 
 
 
422 aa  350  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.188993  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2254  threonine dehydratase  51.12 
 
 
415 aa  348  1e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  45.79 
 
 
405 aa  347  2e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2394  threonine dehydratase  50 
 
 
415 aa  340  3e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  47.78 
 
 
403 aa  340  3e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  47.91 
 
 
403 aa  333  4e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2664  threonine dehydratase  49.74 
 
 
415 aa  332  6e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  43.63 
 
 
403 aa  330  2e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  47.67 
 
 
403 aa  330  2e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1100  threonine dehydratase  47.9 
 
 
421 aa  330  4e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3029  threonine dehydratase  45.71 
 
 
398 aa  326  4e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0116526 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  40.35 
 
 
404 aa  323  2e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  42.75 
 
 
403 aa  322  8e-87  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  43.14 
 
 
403 aa  321  2e-86  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0909  threonine dehydratase  49.25 
 
 
398 aa  320  2e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.04 
 
 
403 aa  318  9e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  3.21864e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0688  L-threonine ammonia-lyase  46.31 
 
 
413 aa  318  1e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6836  threonine dehydratase  50.12 
 
 
413 aa  318  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.211466  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  41.52 
 
 
403 aa  317  3e-85  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4294  threonine dehydratase  48.26 
 
 
425 aa  317  3e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  41.03 
 
 
403 aa  313  4e-84  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7574  threonine dehydratase  50.5 
 
 
415 aa  312  6e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.377262  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  40.79 
 
 
403 aa  311  1e-83  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  41.98 
 
 
402 aa  309  7e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  4.2395e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  42.43 
 
 
400 aa  308  2e-82  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2432  threonine dehydratase  43.46 
 
 
402 aa  305  7e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  45.91 
 
 
402 aa  303  3e-81  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1146  threonine dehydratase  48.71 
 
 
423 aa  298  8e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0807272  normal  0.0946601 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  45.57 
 
 
402 aa  290  4e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1331  threonine dehydratase  38.96 
 
 
401 aa  288  9e-77  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  42.12 
 
 
403 aa  286  6e-76  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0935  threonine dehydratase  47.54 
 
 
412 aa  285  1e-75  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.801427  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0579  threonine dehydratase  43.18 
 
 
401 aa  285  1e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0564  threonine dehydratase  43.18 
 
 
401 aa  285  1e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1373  threonine dehydratase  43 
 
 
537 aa  281  2e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  42.13 
 
 
395 aa  281  2e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0979  threonine dehydratase  45.81 
 
 
404 aa  281  2e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  40.45 
 
 
403 aa  278  8e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  38.35 
 
 
402 aa  278  9e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  40.15 
 
 
401 aa  275  9e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1403  threonine dehydratase  43.18 
 
 
403 aa  274  2e-72  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  41.56 
 
 
408 aa  274  2e-72  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0801  threonine dehydratase  45.52 
 
 
407 aa  271  1e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.103174  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  37.59 
 
 
402 aa  271  2e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  7.1198e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2636  threonine dehydratase  43.42 
 
 
402 aa  270  3e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31840  threonine dehydratase  47.64 
 
 
401 aa  270  3e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.67382 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0736  threonine dehydratase  44.28 
 
 
416 aa  269  7e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.51572  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0480  threonine dehydratase  43.53 
 
 
406 aa  268  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05060  threonine dehydratase  45.41 
 
 
443 aa  268  1e-70  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.925134  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0865  threonine dehydratase  44.23 
 
 
406 aa  267  3e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.708894  normal  0.0742081 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0961  threonine dehydratase  42.54 
 
 
404 aa  267  3e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.569986 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1165  threonine dehydratase  44.23 
 
 
412 aa  264  3e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.499375  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  40.99 
 
 
415 aa  263  4e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1422  threonine dehydratase  42.51 
 
 
403 aa  263  4e-69  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  2.12424e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0848  threonine dehydratase  40.25 
 
 
402 aa  262  6e-69  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  4.60563e-06 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  37.5 
 
 
402 aa  262  7e-69  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3112  threonine dehydratase  45.52 
 
 
404 aa  259  5e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467281  hitchhiker  2.83159e-06 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1498  threonine dehydratase  40.63 
 
 
421 aa  259  8e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08200  L-threonine ammonia-lyase  43.28 
 
 
408 aa  258  2e-67  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0196535 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3072  threonine dehydratase  41.77 
 
 
402 aa  257  3e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0067161  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0952  threonine dehydratase  42.65 
 
 
415 aa  257  3e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  3.23756e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1237  threonine dehydratase  42.26 
 
 
412 aa  256  7e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221207 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2713  threonine dehydratase  42.89 
 
 
410 aa  255  1e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.420797 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0011  threonine dehydratase  40.05 
 
 
402 aa  254  2e-66  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.059163  normal  0.133507 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1939  threonine dehydratase  40.9 
 
 
410 aa  254  2e-66  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1915  threonine dehydratase  40.59 
 
 
411 aa  254  3e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0834  threonine dehydratase  40.39 
 
 
403 aa  253  4e-66  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1075  threonine dehydratase  44.47 
 
 
405 aa  253  5e-66  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.986828  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  39.68 
 
 
418 aa  252  1e-65  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0922  threonine dehydratase  43.81 
 
 
403 aa  251  2e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.411143  normal  0.511297 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0069  threonine dehydratase  43.21 
 
 
410 aa  250  4e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4035  threonine dehydratase  41.23 
 
 
402 aa  249  6e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0727  threonine dehydratase  43.17 
 
 
411 aa  248  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1660  threonine dehydratase  39.3 
 
 
403 aa  248  1e-64  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0212485 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4419  threonine dehydratase  44.78 
 
 
403 aa  246  4e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0486  threonine dehydratase  42.57 
 
 
402 aa  246  5e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.420831  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1526  threonine dehydratase  40.64 
 
 
403 aa  245  9e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.148383  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3034  threonine dehydratase  39.16 
 
 
403 aa  245  9e-64  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4140  threonine dehydratase  40.49 
 
 
408 aa  244  2e-63  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3689  threonine dehydratase  43.04 
 
 
402 aa  244  2e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.353069  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3784  threonine dehydratase  42.78 
 
 
402 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31740  predicted protein  41.03 
 
 
468 aa  242  7e-63  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.414163 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2441  threonine dehydratase  35.06 
 
 
406 aa  242  1e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  1.48333e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1079  threonine dehydratase  40.85 
 
 
404 aa  238  1e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.39723e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.58 
 
 
320 aa  236  8e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0043  threonine dehydratase  42.3 
 
 
411 aa  233  5e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0664  threonine dehydratase  42.75 
 
 
413 aa  233  5e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>