More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0087 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0087  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 394 aa  800    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0214  extracellular ligand-binding receptor  80.16 
 
 		 393 aa  625  1e-178  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.486026  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0077  extracellular ligand-binding receptor  77.4 
 
 		 387 aa  608  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3653  extracellular ligand-binding receptor  79.29 
 
 		 390 aa  607  9.999999999999999e-173  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2950  extracellular ligand-binding receptor  78.45 
 
 		 387 aa  587  1e-166  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.967573  normal  0.434807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1622  extracellular ligand-binding receptor  72.09 
 
 		 389 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.810291 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1329  extracellular ligand-binding receptor  67.5 
 
 		 395 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1226  extracellular ligand-binding receptor  67.77 
 
 		 397 aa  551  1e-156  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.15047  normal  0.127165 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2772  extracellular ligand-binding receptor  69.65 
 
 		 390 aa  545  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000645997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1779  extracellular ligand-binding receptor  70.99 
 
 		 392 aa  544  1e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000205301 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4744  extracellular ligand-binding receptor  67.96 
 
 		 390 aa  533  1e-150  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3089  Extracellular ligand-binding receptor  68.78 
 
 		 390 aa  523  1e-147  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3135  Extracellular ligand-binding receptor  62.98 
 
 		 395 aa  510  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  63.75 
 
 		 406 aa  499  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1907  extracellular ligand-binding receptor  60.47 
 
 		 395 aa  481  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2984  twin-arginine translocation pathway signal  62.36 
 
 		 395 aa  476  1e-133  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808904  normal  0.464937 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4822  extracellular ligand-binding receptor  59.52 
 
 		 395 aa  464  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.623024  normal  0.429541 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4662  twin-arginine translocation pathway signal  61.27 
 
 		 402 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4371  twin-arginine translocation pathway signal  61.01 
 
 		 402 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.392335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1017  twin-arginine translocation pathway signal  52.3 
 
 		 392 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0735  Extracellular ligand-binding receptor  54.57 
 
 		 392 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2689  Extracellular ligand-binding receptor  36.28 
 
 		 395 aa  224  3e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000331787  normal  0.185218 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3998  extracellular ligand-binding receptor  37.4 
 
 		 389 aa  218  1e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0350284  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2686  putative ABC transporter substrate binding protein  35.57 
 
 		 390 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.192979  normal  0.314956 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4181  Extracellular ligand-binding receptor  34.29 
 
 		 412 aa  207  2e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3643  response regulator receiver protein  36.68 
 
 		 396 aa  207  4e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0163627 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  34.32 
 
 		 410 aa  205  9e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1987  extracellular ligand-binding receptor  33.6 
 
 		 389 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.378551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3174  extracellular ligand-binding receptor  34.5 
 
 		 399 aa  200  3.9999999999999996e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0541097  normal  0.740982 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4043  extracellular ligand-binding receptor  33.43 
 
 		 388 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1212  Extracellular ligand-binding receptor  35.16 
 
 		 398 aa  192  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.787629  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2846  Extracellular ligand-binding receptor  35.62 
 
 		 400 aa  191  2e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.743504  normal  0.530964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0366  Extracellular ligand-binding receptor  32.96 
 
 		 401 aa  190  4e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0732  hypothetical protein  32.95 
 
 		 390 aa  189  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.479144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0994  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 		 391 aa  187  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000312387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1747  Extracellular ligand-binding receptor  35.16 
 
 		 391 aa  183  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.877738  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  32.84 
 
 		 389 aa  181  2.9999999999999997e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  34.56 
 
 		 392 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0288  extracellular ligand-binding receptor  34.62 
 
 		 390 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4488  extracellular ligand-binding receptor  32.79 
 
 		 391 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0631  Extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 		 390 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.276028  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5126  extracellular ligand-binding receptor  32.02 
 
 		 388 aa  179  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.189049 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4610  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 		 389 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0794  extracellular ligand-binding receptor  35.28 
 
 		 386 aa  177  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2460  extracellular ligand-binding receptor  34.72 
 
 		 390 aa  177  4e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.343297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4211  extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 379 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0456551  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3830  Extracellular ligand-binding receptor  32.8 
 
 		 390 aa  172  7.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0862  extracellular ligand-binding receptor  32.43 
 
 		 379 aa  172  7.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.284446  normal  0.223955 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2730  extracellular ligand-binding receptor  33.52 
 
 		 390 aa  172  9e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0102883  hitchhiker  0.00729362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3384  extracellular ligand-binding receptor  32.6 
 
 		 390 aa  170  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1579  extracellular ligand-binding receptor  33.71 
 
 		 392 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.409097 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0641  Extracellular ligand-binding receptor  30.59 
 
 		 389 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.474288  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6211  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 		 413 aa  167  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4559  Extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 		 392 aa  166  5e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.61677  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5150  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 		 397 aa  166  6.9999999999999995e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.156171 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0159  extracellular ligand-binding receptor  31.04 
 
 		 395 aa  166  9e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3317  Extracellular ligand-binding receptor  31.43 
 
 		 401 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4395  extracellular ligand-binding receptor  31.91 
 
 		 395 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3268  hypothetical protein  35.31 
 
 		 387 aa  162  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.781038 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 395 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0193  extracellular ligand-binding receptor  31.86 
 
 		 414 aa  160  4e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.271143  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5707  branched-chain amino acid ABC transporter  31.15 
 
 		 392 aa  159  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0701  extracellular ligand-binding receptor  30.75 
 
 		 423 aa  159  8e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.161591  normal  0.175564 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0986  extracellular ligand-binding receptor  33.82 
 
 		 399 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.763691  unclonable  0.00000240352 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0759  extracellular ligand-binding receptor  30.9 
 
 		 426 aa  152  8.999999999999999e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.561575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4401  extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 		 407 aa  151  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.933784  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2237  extracellular ligand-binding receptor  31.08 
 
 		 376 aa  151  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5095  ABC transporter substrate binding protei  32.05 
 
 		 381 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.263393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2449  Extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 		 388 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2056  Extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 		 388 aa  146  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 384 aa  146  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3183  Extracellular ligand-binding receptor  31.06 
 
 		 390 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.84663  normal  0.596586 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4775  putative ABC transporter substrate binding protein  30.15 
 
 		 393 aa  143  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00131883  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 		 390 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4136  Extracellular ligand-binding receptor  30.05 
 
 		 399 aa  140  3.9999999999999997e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.831108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5444  ABC transporter substrate binding protein (branched amino acid)  30.85 
 
 		 406 aa  140  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4017  extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 		 391 aa  139  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1365  extracellular ligand-binding receptor  27.13 
 
 		 392 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.780713  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5186  Extracellular ligand-binding receptor  31.41 
 
 		 425 aa  138  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0610  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  29.81 
 
 		 390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.110277  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3730  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 390 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4528  extracellular ligand-binding receptor  28.82 
 
 		 413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.521193 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2244  substrate-binding periplasmic ABC transporter protein  29.05 
 
 		 392 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.219706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2270  extracellular ligand-binding receptor  30.35 
 
 		 391 aa  136  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.733577  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1177  Extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 		 390 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0175  putative ABC transporter binding protein  26.48 
 
 		 393 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.673441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0648  amino acid ABC transporter, periplasmic amino-acid binding protein  29.54 
 
 		 390 aa  134  1.9999999999999998e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3475  Extracellular ligand-binding receptor  29.73 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4217  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3688  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.72 
 
 		 399 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00171007  normal  0.751271 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5038  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 398 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00742101 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0821  Extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 368 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1208  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 396 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0417  extracellular ligand-binding receptor  29.91 
 
 		 393 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.852036 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0851  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 		 396 aa  106  6e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.532444  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 373 aa  104  3e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4821  putative ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  26.33 
 
 		 416 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.675554 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4112  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 		 395 aa  101  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4104  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 		 470 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>