More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0079 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  494  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.596846  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2503  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase, putative  66.26 
 
 
243 aa  329  3e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3414  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.93 
 
 
247 aa  317  7.999999999999999e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.32 
 
 
248 aa  297  9e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3892  putative oxidoreductase  60.91 
 
 
244 aa  295  3e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.300054  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3225  bacilysin biosynthesis oxidoreductase BacC  60.58 
 
 
242 aa  285  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.58 
 
 
244 aa  284  7e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.977766  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.79 
 
 
244 aa  271  6e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.626733  normal  0.253561 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6829  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.5 
 
 
237 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.138862 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5126  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
236 aa  229  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.03 
 
 
236 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.92 
 
 
241 aa  223  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0494649 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
237 aa  218  5e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.15 
 
 
237 aa  218  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0302  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
236 aa  215  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186456  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4885  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.87 
 
 
235 aa  214  8e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0155643  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
241 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.183827 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
236 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.345333 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
236 aa  209  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.330644  normal  0.646383 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.64 
 
 
236 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.58 
 
 
241 aa  208  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0818645 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
241 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.682168  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 
235 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.92 
 
 
236 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.235673  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.03 
 
 
235 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.64 
 
 
236 aa  195  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281414  normal 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.22 
 
 
236 aa  191  7e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.19 
 
 
236 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.823656 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3948  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
236 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206698  normal  0.50217 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
236 aa  188  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.202963  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3994  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
244 aa  172  2.9999999999999996e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
253 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
256 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185948  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0908  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.93 
 
 
257 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.117831  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
257 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
255 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.75 
 
 
249 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
255 aa  144  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
254 aa  144  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.287432  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
254 aa  142  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
254 aa  142  7e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0433  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.58 
 
 
244 aa  141  8e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00087459  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
254 aa  140  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
248 aa  140  3e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
249 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1589  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.63 
 
 
243 aa  139  4.999999999999999e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.511722  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
269 aa  138  6e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
265 aa  138  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0777  gluconate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 
251 aa  138  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.618291  hitchhiker  0.00200145 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0489  sorbitol dehydrogenase  33.47 
 
 
260 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.0000937678  hitchhiker  0.00159634 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2514  sorbitol dehydrogenase  35.48 
 
 
258 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.449953 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0824  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.39 
 
 
243 aa  136  2e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 
237 aa  137  2e-31  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0348  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.3 
 
 
244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.708158  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3288  gluconate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
254 aa  136  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.978364  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
274 aa  135  4e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5929  sorbitol dehydrogenase  33.87 
 
 
258 aa  135  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  34.27 
 
 
258 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0719  sorbitol dehydrogenase  32.43 
 
 
260 aa  135  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000035805  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  34.27 
 
 
276 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2646  sorbitol dehydrogenase  35.08 
 
 
258 aa  135  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  34.27 
 
 
276 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7123  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
249 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 
257 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.981738  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0699  sorbitol dehydrogenase  33.87 
 
 
258 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.504553 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3756  gluconate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.48 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  32.79 
 
 
256 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.12 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.26 
 
 
246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3247  sorbitol dehydrogenase  32.43 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0320221  normal  0.626785 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.88 
 
 
246 aa  133  3e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
254 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1961  putative glucose 1-dehydrogenase  37.6 
 
 
254 aa  132  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.536357  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
257 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.30491  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
257 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.429705  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2039  glucose 1-dehydrogenase, putative  37.2 
 
 
254 aa  132  5e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0380824  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1496  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
255 aa  132  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2533  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
243 aa  132  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.06 
 
 
247 aa  132  6e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.88 
 
 
246 aa  131  9e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  36.51 
 
 
269 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.95 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.419965  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0859  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4511  gluconate 5-dehydrogenase  33.86 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0872  sorbitol dehydrogenase  33.87 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1344  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.6 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.118162  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.51 
 
 
255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1031  sorbitol dehydrogenase  33.87 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.466971  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.63 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0692  sorbitol dehydrogenase  33.87 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0868  sorbitol dehydrogenase  33.87 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>