More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0046 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 213 aa  426  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0027  16S rRNA methyltransferase GidB  64.45 
 
 		 226 aa  267  7e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.292216 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  64.45 
 
 		 226 aa  267  8.999999999999999e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0064  16S rRNA methyltransferase GidB  63.16 
 
 		 221 aa  259  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.75809 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0052  16S rRNA methyltransferase GidB  62.44 
 
 		 243 aa  259  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0047  16S rRNA methyltransferase GidB  62.02 
 
 		 219 aa  253  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0074  16S rRNA methyltransferase GidB  61.61 
 
 		 226 aa  253  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  64.25 
 
 		 218 aa  253  2.0000000000000002e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0050  16S rRNA methyltransferase GidB  60.19 
 
 		 224 aa  248  5e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.368551  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1064  16S rRNA methyltransferase GidB  55.8 
 
 		 239 aa  234  9e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.482961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3786  16S rRNA methyltransferase GidB  57.14 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.393771  decreased coverage  0.000261644 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  57.14 
 
 		 205 aa  211  7e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0085  16S rRNA methyltransferase GidB  52.2 
 
 		 228 aa  189  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.446759  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3522  16S rRNA methyltransferase GidB  52.68 
 
 		 222 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0003474 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0205  16S rRNA methyltransferase GidB  52.15 
 
 		 240 aa  188  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3276  16S rRNA methyltransferase GidB  51.22 
 
 		 228 aa  188  5e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3197  16S rRNA methyltransferase GidB  52.2 
 
 		 222 aa  188  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0095  16S rRNA methyltransferase GidB  52.68 
 
 		 228 aa  187  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.706349 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  52.68 
 
 		 223 aa  186  2e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  50.24 
 
 		 228 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3319  16S rRNA methyltransferase GidB  51.71 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2961  16S rRNA methyltransferase GidB  51.49 
 
 		 228 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  51.49 
 
 		 228 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0111  16S rRNA methyltransferase GidB  50.98 
 
 		 228 aa  180  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  51.63 
 
 		 208 aa  179  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  51.22 
 
 		 213 aa  179  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3981  16S rRNA methyltransferase GidB  51.22 
 
 		 213 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0189  16S rRNA methyltransferase GidB  51.22 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1598  16S rRNA methyltransferase GidB  51.22 
 
 		 232 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.140153  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3004  16S rRNA methyltransferase GidB  51.22 
 
 		 230 aa  179  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2945  16S rRNA methyltransferase GidB  51.22 
 
 		 213 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.373809  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  45.93 
 
 		 216 aa  178  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3366  16S rRNA methyltransferase GidB  51.22 
 
 		 213 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  45.45 
 
 		 216 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  45.45 
 
 		 216 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  46.23 
 
 		 216 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  47.37 
 
 		 214 aa  171  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  45.41 
 
 		 211 aa  170  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  46.63 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0029  16S rRNA methyltransferase GidB  50 
 
 		 227 aa  169  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  47.34 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  45.89 
 
 		 214 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  45.71 
 
 		 215 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5740  16S rRNA methyltransferase GidB  44.5 
 
 		 214 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0209353  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3038  16S rRNA methyltransferase GidB  48.56 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2754  methyltransferase GidB  47.34 
 
 		 205 aa  166  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222538  normal  0.648083 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  48.08 
 
 		 227 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3356  16S rRNA methyltransferase GidB  48.83 
 
 		 235 aa  162  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  41.97 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  41.97 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  41.97 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  41.33 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  41.97 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  41.97 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  41.97 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  41.97 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  45.54 
 
 		 216 aa  159  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  40.93 
 
 		 207 aa  158  6e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  40.78 
 
 		 211 aa  157  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  40.2 
 
 		 206 aa  157  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  42.65 
 
 		 208 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  43.3 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  43.3 
 
 		 206 aa  156  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  43.3 
 
 		 206 aa  155  3e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03243  16S rRNA methyltransferase GidB  44.1 
 
 		 212 aa  155  4e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  44.17 
 
 		 210 aa  155  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  41.9 
 
 		 214 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  42.27 
 
 		 206 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  39.71 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  39.71 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  39.71 
 
 		 207 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  39.71 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  42.11 
 
 		 206 aa  152  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  39.22 
 
 		 206 aa  151  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  39.22 
 
 		 207 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  46.77 
 
 		 208 aa  148  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  38.71 
 
 		 212 aa  148  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  41.15 
 
 		 210 aa  148  7e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3967  16S rRNA methyltransferase GidB  43.56 
 
 		 212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2769  16S rRNA methyltransferase GidB  40.09 
 
 		 216 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.142379  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2803  16S rRNA methyltransferase GidB  40.46 
 
 		 208 aa  145  5e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3855  16S rRNA methyltransferase GidB  38.24 
 
 		 234 aa  145  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2949  16S rRNA methyltransferase GidB  40.46 
 
 		 208 aa  144  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  40.3 
 
 		 223 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3885  methyltransferase GidB  44.93 
 
 		 214 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  38.74 
 
 		 209 aa  142  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  41.15 
 
 		 206 aa  142  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3505  16S rRNA methyltransferase GidB  47.42 
 
 		 235 aa  141  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3966  16S rRNA methyltransferase GidB  35.71 
 
 		 206 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.181169  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4496  16S rRNA methyltransferase GidB  35.82 
 
 		 206 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227983  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2879  methyltransferase GidB  40.78 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4376  16S rRNA methyltransferase GidB  38.17 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000253102  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4517  16S rRNA methyltransferase GidB  38.17 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289594 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4908  16S rRNA methyltransferase GidB  35.32 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.127096  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0197  16S rRNA methyltransferase GidB  38.46 
 
 		 204 aa  140  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4375  16S rRNA methyltransferase GidB  38.17 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4320  16S rRNA methyltransferase GidB  38.17 
 
 		 206 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000104223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3654  16S rRNA methyltransferase GidB  40.89 
 
 		 206 aa  139  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.611058  hitchhiker  0.00060095 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2126  16S rRNA methyltransferase GidB  38.46 
 
 		 204 aa  139  3.9999999999999997e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1057  16S rRNA methyltransferase GidB  42.08 
 
 		 238 aa  138  4.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.904694 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>