More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0029 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0029  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 134 aa  275  2e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0034  MerR family transcriptional regulator  73.23 
 
 		 144 aa  197  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4091  MerR family transcriptional regulator  69.23 
 
 		 138 aa  194  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.903901  normal  0.433272 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0035  transcriptional regulator, MerR family  71.65 
 
 		 167 aa  193  8.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.987448  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0017  MerR family transcriptional regulator  71.65 
 
 		 167 aa  192  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.801756 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0023  MerR family transcriptional regulator  73.23 
 
 		 239 aa  188  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4873  MerR family transcriptional regulator  64.34 
 
 		 141 aa  183  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.825064 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0032  MerR family transcriptional regulator  70.08 
 
 		 134 aa  182  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1639  MerR family transcriptional regulator  59.38 
 
 		 159 aa  177  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.270848  normal  0.040207 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2538  transcriptional regulator, MerR family  60.63 
 
 		 147 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.329159  normal  0.129188 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3495  MerR family transcriptional regulator  60.63 
 
 		 133 aa  171  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.444785 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3585  MerR family transcriptional regulator  61.24 
 
 		 152 aa  170  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00229473 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 147 aa  170  6.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0442  transcriptional regulator, MerR family  60.63 
 
 		 132 aa  167  7e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.856657  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0660  MerR family transcriptional regulator  60.63 
 
 		 137 aa  164  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3534  MerR family transcriptional regulator  60.63 
 
 		 143 aa  164  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0358234  normal  0.617564 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  59.38 
 
 		 154 aa  164  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3237  MerR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 171 aa  163  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.839111  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  58.59 
 
 		 154 aa  163  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.03 
 
 		 154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.03 
 
 		 154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267625 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.03 
 
 		 154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.03 
 
 		 154 aa  162  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  58.59 
 
 		 138 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  60.32 
 
 		 149 aa  163  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0385  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.03 
 
 		 154 aa  161  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000075209 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  58.27 
 
 		 133 aa  161  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3216  transcriptional regulator, MerR family  56.59 
 
 		 155 aa  161  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 134 aa  161  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1137  transcriptional regulator, MerR family  57.03 
 
 		 159 aa  161  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3542  transcriptional regulator, MerR family  57.36 
 
 		 152 aa  160  7e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.387014 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 136 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0585  MerR family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 136 aa  159  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.853287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  57.48 
 
 		 132 aa  159  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  57.94 
 
 		 149 aa  159  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0624  MerR family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 136 aa  159  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3347  transcription regulator protein  58.91 
 
 		 159 aa  157  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.445877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  57.36 
 
 		 155 aa  158  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1373  MerR family transcriptional regulator  55.47 
 
 		 159 aa  158  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.366441  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1771  transcriptional regulator, MerR family  55.47 
 
 		 151 aa  157  6e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.13408  normal  0.537849 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  57.03 
 
 		 149 aa  155  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  53.97 
 
 		 143 aa  155  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9863  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  53.54 
 
 		 147 aa  155  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0499  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  58.27 
 
 		 144 aa  154  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1595  putative heavy metal regulator HmrR  50 
 
 		 137 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 141 aa  154  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1950  MerR family transcriptional regulator  52.71 
 
 		 149 aa  153  7e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.578606  normal  0.329857 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  55.91 
 
 		 140 aa  153  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.48 
 
 		 134 aa  153  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.48 
 
 		 134 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  57.48 
 
 		 134 aa  152  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0295  MerR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 149 aa  152  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  56.69 
 
 		 142 aa  152  1e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0221  MerR family transcriptional regulator  54.69 
 
 		 149 aa  152  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.998323  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2267  MerR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 132 aa  151  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  57.14 
 
 		 132 aa  152  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  57.03 
 
 		 134 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  53.91 
 
 		 139 aa  151  4e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63170  putative transcriptional regulator  53.54 
 
 		 132 aa  150  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5500  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  53.97 
 
 		 132 aa  150  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0211  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  54.69 
 
 		 149 aa  150  5.9999999999999996e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  57.72 
 
 		 139 aa  150  8e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 134 aa  149  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 134 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 134 aa  149  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  56.69 
 
 		 134 aa  148  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 134 aa  149  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  54.76 
 
 		 149 aa  147  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2543  MerR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 128 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.212021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  53.17 
 
 		 138 aa  144  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0178  MerR family transcriptional regulator  53.17 
 
 		 142 aa  144  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0926305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  53.17 
 
 		 142 aa  143  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  54.76 
 
 		 157 aa  142  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2144  MerR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 129 aa  141  4e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000183728  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2318  MerR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 143 aa  139  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1805  transcriptional regulator, MerR family  51.18 
 
 		 142 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.665763 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2889  transcriptional regulator  50.39 
 
 		 137 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.359034  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1535  MerR family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 137 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.139036  normal  0.469721 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  48.82 
 
 		 129 aa  137  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  51.97 
 
 		 142 aa  136  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0198  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 137 aa  135  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  48.82 
 
 		 129 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1915  MerR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 136 aa  135  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1785  MerR family transcriptional regulator  47.66 
 
 		 134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.370686  normal  0.0498641 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1130  MerR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 140 aa  134  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  48.44 
 
 		 132 aa  134  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  49.22 
 
 		 131 aa  132  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  45.31 
 
 		 135 aa  131  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  48.03 
 
 		 133 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  47.24 
 
 		 130 aa  130  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3790  MerR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 132 aa  128  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0361759  normal  0.548118 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4066  MerR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 132 aa  128  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2087  MerR family transcriptional regulator  46.09 
 
 		 128 aa  124  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.545443  normal  0.539836 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3690  regulatory protein, MerR  45.67 
 
 		 143 aa  123  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0089  MerR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 137 aa  120  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  41.41 
 
 		 128 aa  114  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000000737909  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  41.41 
 
 		 128 aa  113  8.999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 136 aa  113  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2999  transcriptional regulator, MerR family  45.67 
 
 		 150 aa  112  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.954217  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  37.8 
 
 		 138 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>