More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0027 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0027  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 260 aa  519  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  70.11 
 
 		 282 aa  347  9e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0135  two component transcriptional regulator  65.23 
 
 		 251 aa  288  6e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.134918  normal  0.276067 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  50 
 
 		 237 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  48.61 
 
 		 226 aa  235  4e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  50 
 
 		 237 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  50 
 
 		 237 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  49.2 
 
 		 232 aa  234  8e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  44.88 
 
 		 226 aa  234  1.0000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  50.8 
 
 		 236 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3896  DNA-binding response regulator CreB  51.38 
 
 		 231 aa  220  1.9999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.49169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  48.4 
 
 		 232 aa  218  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  49 
 
 		 229 aa  218  7.999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  48.22 
 
 		 232 aa  216  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  47.01 
 
 		 226 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1317  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 240 aa  216  2.9999999999999998e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.886781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  48.22 
 
 		 232 aa  215  7e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.980313 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  46.96 
 
 		 226 aa  214  8e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  45.38 
 
 		 226 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  47.81 
 
 		 226 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  45.82 
 
 		 226 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  45.93 
 
 		 229 aa  211  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  46.34 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  46.34 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  46.34 
 
 		 229 aa  211  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  46.61 
 
 		 229 aa  210  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  47.39 
 
 		 229 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  46.34 
 
 		 229 aa  209  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 239 aa  209  3e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  45.42 
 
 		 226 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  46.99 
 
 		 229 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  46.99 
 
 		 229 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  46.34 
 
 		 229 aa  208  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.93 
 
 		 229 aa  208  8e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  46.59 
 
 		 229 aa  208  8e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  46.59 
 
 		 229 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  45.53 
 
 		 229 aa  207  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  46.59 
 
 		 229 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1204  DNA-binding response regulator CreB  47.98 
 
 		 242 aa  204  1e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.155073 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  46.28 
 
 		 221 aa  203  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0237  two component transcriptional regulator  45.97 
 
 		 226 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.9 
 
 		 233 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4259  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.65 
 
 		 230 aa  175  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3929  two component transcriptional regulator  42.46 
 
 		 247 aa  175  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  38.21 
 
 		 226 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4156  two component transcriptional regulator  42.23 
 
 		 232 aa  171  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000307056  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  40.49 
 
 		 243 aa  171  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0949  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.08 
 
 		 252 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4477  response regulator receiver  44.94 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0220713 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06627  hypothetical protein  40.48 
 
 		 264 aa  168  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.8 
 
 		 239 aa  168  8e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.8 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.8 
 
 		 239 aa  168  9e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  39.59 
 
 		 241 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4990  two component transcriptional regulator  42.91 
 
 		 228 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.866601  hitchhiker  0.000134834 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  37.96 
 
 		 226 aa  166  5e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.4 
 
 		 240 aa  165  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  38.11 
 
 		 242 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  37.25 
 
 		 225 aa  164  9e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.18 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  38.93 
 
 		 243 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.56 
 
 		 235 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.18 
 
 		 223 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  37.4 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.4 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.4 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.4 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.9 
 
 		 230 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.4 
 
 		 240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  39.68 
 
 		 227 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  37.4 
 
 		 240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.4 
 
 		 240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.6 
 
 		 219 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.62 
 
 		 227 aa  163  3e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  39.68 
 
 		 229 aa  163  3e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 229 aa  163  3e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.6 
 
 		 219 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3904  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.3 
 
 		 230 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.144495  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.7 
 
 		 242 aa  162  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 232 aa  162  6e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  39.06 
 
 		 265 aa  162  7e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.4 
 
 		 240 aa  161  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.99 
 
 		 240 aa  161  8.000000000000001e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.4 
 
 		 240 aa  161  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.4 
 
 		 240 aa  161  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  37.4 
 
 		 240 aa  161  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  38.06 
 
 		 219 aa  160  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5905  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.15 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0402  two component transcriptional regulator  35.86 
 
 		 235 aa  160  2e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.344138  normal  0.0526207 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.92 
 
 		 239 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  34.41 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  36.99 
 
 		 240 aa  159  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 		 234 aa  159  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0314  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.765921 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  36.69 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0536  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 233 aa  159  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  36.69 
 
 		 226 aa  159  5e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0360  two component signal transduction response regulator  36.36 
 
 		 224 aa  159  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0882  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.7 
 
 		 230 aa  158  7e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148935 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>