More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0915 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  100 
 
 
311 aa  644    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0670  LysR family transcriptional regulator  75.4 
 
 
312 aa  500  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06494  transcriptional regulator  75 
 
 
301 aa  489  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0246  LysR family transcriptional regulator  72.67 
 
 
308 aa  476  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000622  transcriptional regulator  69.74 
 
 
311 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  48.03 
 
 
306 aa  326  2.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 
299 aa  249  5e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
293 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
293 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  37.38 
 
 
327 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
293 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 
341 aa  229  5e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 
300 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
302 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
302 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
302 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
301 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
301 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
301 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 
307 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
333 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
301 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
296 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5128  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
295 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
310 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
308 aa  221  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
310 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
555 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
310 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
325 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
325 aa  220  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
310 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
301 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
300 aa  219  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 
307 aa  219  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
301 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
301 aa  219  7e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
347 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
304 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
301 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 
301 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
327 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
327 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 
298 aa  216  5e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1395  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 
301 aa  215  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.465042  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
301 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 
298 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 
307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
310 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 
314 aa  212  7.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
304 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
303 aa  211  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.54 
 
 
305 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
310 aa  209  3e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 
301 aa  209  4e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
297 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 
308 aa  209  6e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 
320 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4815  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
307 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1953  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 
304 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0666  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 
324 aa  206  6e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.550126 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
311 aa  206  6e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
305 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
304 aa  205  7e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
304 aa  204  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
307 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
306 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
298 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
324 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
313 aa  203  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 
310 aa  202  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
318 aa  202  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 
325 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3697  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0339  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.541519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1388  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
362 aa  200  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0522975  normal  0.825805 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0328  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 
312 aa  200  3e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>