More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0614 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  100 
 
 		 69 aa  138  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  78.26 
 
 		 69 aa  110  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  78.79 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  74.63 
 
 		 70 aa  104  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.53 
 
 		 69 aa  104  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  71.64 
 
 		 70 aa  103  8e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  72.73 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  70.59 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.06 
 
 		 70 aa  103  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 69 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.01 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  73.13 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 69 aa  101  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  72.73 
 
 		 70 aa  101  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0798  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.92 
 
 		 68 aa  100  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000106482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  78.46 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3167  cold-shock DNA-binding domain protein  76.92 
 
 		 68 aa  100  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493488  hitchhiker  0.00220171 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0567  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 68 aa  100  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  unclonable  0.0000000000101913  hitchhiker  0.000143899 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 67 aa  100  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 69 aa  100  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  69.7 
 
 		 69 aa  100  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1053  cold shock-like transcription regulator protein  72.73 
 
 		 67 aa  100  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.470883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  74.24 
 
 		 67 aa  100  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  74.24 
 
 		 67 aa  100  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0855  cold-shock DNA-binding protein family protein  75 
 
 		 68 aa  99.4  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.563444  normal  0.445485 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.24 
 
 		 67 aa  99.8  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1112  cold shock transcription regulator protein  72.73 
 
 		 81 aa  99.4  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000000170415  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0761  cold-shock domain-contain protein  72.73 
 
 		 81 aa  99.4  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.00000000000025188  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  70.15 
 
 		 70 aa  98.6  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2279  cold-shock domain-contain protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000000000750079  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2156  cold-shock domain-contain protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000351487  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0775  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150831  hitchhiker  0.000000000149768 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1051  cold-shock domain-contain protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000000117316  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2438  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000000180609  unclonable  0.0000000000176576 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0962  cold shock protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.000153995  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0958  cold shock protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000117939  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0574  cold-shock domain-contain protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000358394  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.2  3e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.287556  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2568  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 67 aa  98.6  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000000063088  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.77 
 
 		 67 aa  97.8  4e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4276  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 		 67 aa  97.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  97.8  5e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4386  cold-shock DNA-binding domain protein  74.6 
 
 		 67 aa  97.8  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.490734 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3041  cold shock transcription regulator protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000233724  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1594  cold-shock domain-contain protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  unclonable  0.000000000000225603  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2941  cold-shock domain-contain protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.000000000000529081  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3007  cold-shock domain-contain protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.0000126299  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  70.77 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 		 71 aa  97.4  6e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 68 aa  97.1  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  66.67 
 
 		 67 aa  97.1  7e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.92 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2951  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 77 aa  97.1  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3093  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.18 
 
 		 72 aa  96.7  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.475725  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3895  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  73.44 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3782  cold-shock DNA-binding domain protein  73.44 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0399631  normal  0.208523 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0877  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.351907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2202  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.64 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.532688 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  69.12 
 
 		 69 aa  96.3  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5852  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.21 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000587256  normal  0.480668 
 
 
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1909  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000000083542  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0865  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000217633  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2545  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000242015  decreased coverage  0.000000000715587 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2520  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 67 aa  96.7  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000000151269  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6028  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.31 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 		 94 aa  95.5  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 67 aa  95.5  2e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6907  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.240211  normal  0.394944 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  68.75 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  69.23 
 
 		 70 aa  95.5  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  67.65 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.67 
 
 		 67 aa  95.1  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>