More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0114 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  100 
 
 
134 aa  269  9e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  90.98 
 
 
134 aa  245  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  87.97 
 
 
134 aa  243  6.999999999999999e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  87.97 
 
 
134 aa  237  4e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  85.71 
 
 
134 aa  236  5.999999999999999e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  58.91 
 
 
133 aa  149  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.44 
 
 
136 aa  142  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  55.73 
 
 
135 aa  141  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.75 
 
 
134 aa  140  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.8 
 
 
133 aa  138  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.15 
 
 
134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.91 
 
 
134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.15 
 
 
134 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.15 
 
 
134 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.15 
 
 
134 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.15 
 
 
134 aa  136  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.15 
 
 
134 aa  135  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.15 
 
 
134 aa  135  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.39 
 
 
134 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.38 
 
 
134 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.38 
 
 
134 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.38 
 
 
134 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  52.42 
 
 
132 aa  134  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.39 
 
 
134 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  50.4 
 
 
135 aa  134  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.76 
 
 
134 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  49.62 
 
 
134 aa  133  8e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.6 
 
 
135 aa  133  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  50.41 
 
 
136 aa  131  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  48.85 
 
 
134 aa  130  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.25 
 
 
116 aa  126  8.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  40.62 
 
 
136 aa  120  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.5 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.83 
 
 
136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.91 
 
 
142 aa  111  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  40 
 
 
143 aa  110  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.51 
 
 
139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2484  putative TonB system transport protein ExbD2  44.19 
 
 
137 aa  99  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000778685  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.38 
 
 
133 aa  97.4  6e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.48 
 
 
135 aa  97.4  6e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0872  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.66 
 
 
133 aa  94.7  4e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  40 
 
 
135 aa  94.4  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2485  phospholipid/glycerol acyltransferase  37.59 
 
 
141 aa  94  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000540401  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0162  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.41 
 
 
134 aa  92.8  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  37.4 
 
 
137 aa  88.6  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  35.66 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.17 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
135 aa  83.2  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
140 aa  78.6  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.59 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  32.59 
 
 
134 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.2 
 
 
133 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.35 
 
 
141 aa  73.9  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.06 
 
 
137 aa  72  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.15 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  29.6 
 
 
148 aa  72  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.07 
 
 
137 aa  72  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  31.16 
 
 
143 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  32.54 
 
 
136 aa  68.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  30.94 
 
 
144 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
138 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  28.24 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  30.37 
 
 
139 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
140 aa  67  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
133 aa  66.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.1 
 
 
140 aa  65.5  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.26 
 
 
142 aa  65.1  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  29.75 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.12 
 
 
166 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.54 
 
 
142 aa  64.7  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.4 
 
 
143 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  28.15 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.72 
 
 
147 aa  64.3  0.0000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.88 
 
 
141 aa  63.5  0.0000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  33.6 
 
 
143 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 
140 aa  63.2  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
139 aa  62.8  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
134 aa  61.6  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.67 
 
 
139 aa  61.6  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  30.89 
 
 
139 aa  61.2  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
142 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  32.79 
 
 
138 aa  60.1  0.000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
133 aa  60.1  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  29.23 
 
 
152 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.87 
 
 
144 aa  59.7  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.32 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  31.45 
 
 
142 aa  59.3  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  27.82 
 
 
146 aa  58.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.84 
 
 
136 aa  58.2  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.19 
 
 
141 aa  58.5  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.07 
 
 
144 aa  58.2  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.82 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.85 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3345  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.55 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2615  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
218 aa  57.8  0.00000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.09 
 
 
143 aa  57.8  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  26.32 
 
 
145 aa  57.4  0.00000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.61 
 
 
155 aa  57.4  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0054  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.78 
 
 
129 aa  57  0.00000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>