More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2991 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  100 
 
 		 321 aa  668    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  61.97 
 
 		 327 aa  397  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 313 aa  375  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  60.26 
 
 		 323 aa  373  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 320 aa  298  6e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 330 aa  298  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 323 aa  297  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  46.62 
 
 		 327 aa  295  7e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 322 aa  292  6e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 323 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  47.78 
 
 		 321 aa  286  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 318 aa  287  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 319 aa  285  7e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 319 aa  285  8e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 319 aa  285  9e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  47.63 
 
 		 323 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 323 aa  281  8.000000000000001e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  44.05 
 
 		 322 aa  281  1e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 323 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 306 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  45.95 
 
 		 326 aa  263  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 311 aa  256  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 313 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 311 aa  255  8e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  44.7 
 
 		 313 aa  255  8e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 313 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  44.04 
 
 		 311 aa  253  3e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  42.91 
 
 		 285 aa  246  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 314 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 321 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 243 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  35.5 
 
 		 306 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  30.87 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 308 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 311 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 306 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 312 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 315 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.99 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  30.91 
 
 		 378 aa  163  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  32.34 
 
 		 321 aa  161  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.31 
 
 		 309 aa  161  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  32.03 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  35.46 
 
 		 322 aa  156  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 323 aa  155  8e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 304 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.19 
 
 		 321 aa  154  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.19 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 324 aa  152  7e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 319 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 317 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.13 
 
 		 304 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 432 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  30.92 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.19 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.19 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.19 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.19 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 322 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 298 aa  150  4e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 332 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>