37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2857 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2857  assembly/transport component in curli production, CsgE precursor  100 
 
 
153 aa  312  9.999999999999999e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.121415  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3474  curli assembly protein CsgE  34.58 
 
 
133 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.443739  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1991  curli assembly protein CsgE  34.58 
 
 
130 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0133038  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2297  curli assembly protein CsgE  34.58 
 
 
133 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2463  curli assembly protein CsgE  34.58 
 
 
130 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2472  curli assembly protein CsgE  36.45 
 
 
135 aa  71.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.768974  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1818  hypothetical protein  31.88 
 
 
153 aa  64.3  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.103133  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1555  curli assembly protein CsgE  35.92 
 
 
129 aa  61.2  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.271531  normal  0.205881 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1518  hypothetical protein  36.11 
 
 
181 aa  60.8  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.5509  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1252  curli assembly protein CsgE  34.23 
 
 
131 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.574024 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1237  curli assembly protein CsgE  34.23 
 
 
131 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.312538  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1207  curli assembly protein CsgE  34.23 
 
 
131 aa  58.5  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.257586  normal  0.393478 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2049  curli assembly protein CsgE  34.23 
 
 
131 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1727  hypothetical protein  28.39 
 
 
155 aa  57.8  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.679975  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1157  curli assembly protein CsgE  38.89 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.471296  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2094  curli assembly protein CsgE  38.89 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.769765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2232  curli assembly protein CsgE  33.33 
 
 
131 aa  55.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.917805 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2560  curli assembly protein CsgE  38.89 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.373691 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1418  curli assembly protein CsgE  38.89 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0884878 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01043  hypothetical protein  38.89 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.582355  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2606  regulator of chromosome condensation RCC1  38.89 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0218949  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01036  predicted transport protein  38.89 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.646398  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1158  curli assembly protein CsgE  38.89 
 
 
129 aa  55.8  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0969  curli production assembly/transport component CsgE, putative  36.89 
 
 
136 aa  55.5  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0641  curli production assembly/transport component CsgE, putative  38.82 
 
 
131 aa  55.1  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000725097  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2859  curli production assembly/transport component CsgE, putative  33.64 
 
 
113 aa  53.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2986  curli production assembly/transport component CsgE, putative  30.63 
 
 
136 aa  52.4  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0868  curli production assembly/transport component CsgE, putative  32.35 
 
 
136 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3154  curli production assembly/transport component CsgE, putative  32.35 
 
 
136 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1003  curli production assembly/transport component CsgE, putative  29.73 
 
 
136 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3336  curli production assembly/transport component CsgE, putative  29.73 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3687  curli production assembly/transport component CsgE, putative  34.07 
 
 
135 aa  50.1  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1024  curli production assembly/transport component CsgE, putative  29.73 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1036  curli production assembly/transport component CsgE, putative  29.73 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.730845 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3255  curli production assembly/transport component CsgE, putative  31.37 
 
 
136 aa  49.3  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01504  curli production assembly/transport component  29.76 
 
 
130 aa  44.7  0.0005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2349  hypothetical protein  29.9 
 
 
99 aa  41.6  0.004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.97152  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>