More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2220 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  63.65 
 
 
562 aa  739  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  67.86 
 
 
558 aa  732  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  83.96 
 
 
555 aa  940  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.96646e-07  unclonable  1.24259e-10 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  62.64 
 
 
576 aa  726  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  83.96 
 
 
555 aa  939  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.5623e-06  hitchhiker  5.68585e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  72.2 
 
 
558 aa  820  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  86.38 
 
 
557 aa  946  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  86.38 
 
 
557 aa  946  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  82.7 
 
 
555 aa  930  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  9.68358e-07  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2668  30S ribosomal protein S1  84.92 
 
 
557 aa  944  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  1.12537e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  80.79 
 
 
556 aa  898  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  3.48916e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  72.2 
 
 
558 aa  820  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  73.37 
 
 
563 aa  812  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1955  30S ribosomal protein S1  84.74 
 
 
557 aa  940  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.32161e-06  normal  0.358522 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  61.44 
 
 
561 aa  711  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  62.64 
 
 
576 aa  726  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  60.18 
 
 
562 aa  698  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  71.79 
 
 
559 aa  813  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  64.35 
 
 
577 aa  723  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  62.64 
 
 
570 aa  727  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  86.38 
 
 
557 aa  946  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.60944e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  62.82 
 
 
589 aa  729  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  80.96 
 
 
557 aa  901  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.06931e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  67.86 
 
 
558 aa  732  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  62.82 
 
 
576 aa  727  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  75.04 
 
 
547 aa  814  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  83.96 
 
 
555 aa  940  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.91049e-07  unclonable  7.52303e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  83.96 
 
 
555 aa  940  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.99699e-05  unclonable  3.39472e-05 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  68.22 
 
 
561 aa  771  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  82.88 
 
 
555 aa  926  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  3.59988e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1308  30S ribosomal protein S1  64.7 
 
 
557 aa  740  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.302956  hitchhiker  3.65743e-08 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  62.82 
 
 
576 aa  728  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2796  30S ribosomal protein S1  62.76 
 
 
561 aa  708  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355849  hitchhiker  0.000269522 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  60.9 
 
 
561 aa  707  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  83.06 
 
 
555 aa  935  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  8.79863e-07  unclonable  1.96055e-10 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  86.38 
 
 
557 aa  946  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.83759e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  86.38 
 
 
557 aa  947  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  83.42 
 
 
555 aa  937  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.89287e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  73.74 
 
 
560 aa  809  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  86.38 
 
 
557 aa  946  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  8.48151e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  90.13 
 
 
556 aa  1017  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.98437e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  91.2 
 
 
556 aa  1029  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  59.49 
 
 
555 aa  684  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2580  30S ribosomal protein S1  84.92 
 
 
557 aa  944  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.00826e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  83.06 
 
 
555 aa  934  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.33831e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  72.2 
 
 
558 aa  820  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  71.79 
 
 
559 aa  813  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  67.16 
 
 
559 aa  738  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  1.13977e-07  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0500  30S ribosomal protein S1  65.06 
 
 
557 aa  744  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.170768  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  86.05 
 
 
559 aa  947  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  4.21469e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  83.78 
 
 
555 aa  921  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.21785e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  59.49 
 
 
551 aa  683  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  2.69635e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  63 
 
 
570 aa  728  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  59.28 
 
 
562 aa  696  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  62.64 
 
 
570 aa  726  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  67.21 
 
 
560 aa  764  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  61.48 
 
 
571 aa  706  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  63 
 
 
570 aa  728  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4724  30S ribosomal protein S1  60.36 
 
 
561 aa  707  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271218  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  83.06 
 
 
555 aa  934  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.32225e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  63 
 
 
570 aa  728  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  63 
 
 
570 aa  728  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  83.06 
 
 
555 aa  934  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.46021e-06  unclonable  1.33254e-05 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  63 
 
 
570 aa  728  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  82.88 
 
 
555 aa  934  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.14666e-06  unclonable  5.23034e-06 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  70.76 
 
 
560 aa  791  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  7.40795e-07  hitchhiker  2.02949e-08 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  86.38 
 
 
557 aa  946  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  73.57 
 
 
563 aa  814  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  68.28 
 
 
563 aa  731  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  8.05481e-08  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  64.74 
 
 
559 aa  738  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  85.46 
 
 
557 aa  948  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  64.44 
 
 
564 aa  736  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  63.29 
 
 
562 aa  735  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  63.52 
 
 
573 aa  712  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  1.4577e-07  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1614  30S ribosomal protein S1  60.54 
 
 
562 aa  701  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  63 
 
 
570 aa  728  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  67.98 
 
 
561 aa  758  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  7.62655e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  72.48 
 
 
561 aa  815  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  5.37264e-05  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  70.86 
 
 
559 aa  809  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  62.82 
 
 
570 aa  729  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  61.08 
 
 
561 aa  708  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  72.5 
 
 
558 aa  793  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  63.44 
 
 
558 aa  732  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  63.44 
 
 
558 aa  733  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  86.38 
 
 
557 aa  946  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.85762e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  64.99 
 
 
556 aa  757  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  91.2 
 
 
556 aa  1030  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.13511e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  72.2 
 
 
558 aa  820  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  69.35 
 
 
560 aa  781  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  85.64 
 
 
565 aa  951  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  68.17 
 
 
555 aa  757  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1735  30S ribosomal protein S1  85.28 
 
 
557 aa  951  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0109338  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  65.41 
 
 
562 aa  735  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  80.18 
 
 
553 aa  881  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  85.64 
 
 
569 aa  948  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  86.38 
 
 
557 aa  946  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  83.78 
 
 
555 aa  938  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  73.57 
 
 
563 aa  814  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  63 
 
 
570 aa  728  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  64.45 
 
 
568 aa  707  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>