More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I2152 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  100 
 
 		 315 aa  656    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  72.49 
 
 		 319 aa  494  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  70.23 
 
 		 319 aa  480  1e-134  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.39 
 
 		 331 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  62.05 
 
 		 316 aa  411  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  62.05 
 
 		 312 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.72 
 
 		 315 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  61.72 
 
 		 315 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.72 
 
 		 315 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.39 
 
 		 312 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  61.72 
 
 		 315 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.72 
 
 		 315 aa  410  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.72 
 
 		 315 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.72 
 
 		 315 aa  410  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.39 
 
 		 312 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.39 
 
 		 331 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  60.26 
 
 		 314 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  60.26 
 
 		 312 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  60.26 
 
 		 314 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  61.15 
 
 		 310 aa  403  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  60.67 
 
 		 310 aa  397  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  60.81 
 
 		 309 aa  398  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  59.67 
 
 		 310 aa  392  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  59.12 
 
 		 311 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  57.7 
 
 		 320 aa  384  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  58.72 
 
 		 322 aa  373  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  56.48 
 
 		 309 aa  371  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  55.27 
 
 		 315 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  54.95 
 
 		 312 aa  363  2e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  54.22 
 
 		 309 aa  360  1e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  56.91 
 
 		 310 aa  360  2e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  54.69 
 
 		 314 aa  359  4e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  54.85 
 
 		 308 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  53.72 
 
 		 315 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  53.75 
 
 		 317 aa  352  4e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  52.87 
 
 		 317 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  53.4 
 
 		 315 aa  350  2e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  52.87 
 
 		 317 aa  350  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  52.87 
 
 		 317 aa  350  3e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  53.4 
 
 		 315 aa  349  4e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  54.36 
 
 		 319 aa  347  2e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  51.43 
 
 		 319 aa  347  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  53.07 
 
 		 315 aa  346  3e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  52.38 
 
 		 315 aa  346  3e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  53.23 
 
 		 310 aa  335  5e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  48.71 
 
 		 314 aa  325  8.000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  45.6 
 
 		 318 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  42.68 
 
 		 319 aa  275  5e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  42.36 
 
 		 319 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  43.57 
 
 		 344 aa  273  3e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  41.32 
 
 		 323 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  43.27 
 
 		 319 aa  271  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  40.95 
 
 		 323 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  40.69 
 
 		 323 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  45.57 
 
 		 350 aa  267  2e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  43.33 
 
 		 317 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  40.38 
 
 		 323 aa  265  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  40.62 
 
 		 318 aa  265  8e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  42.22 
 
 		 326 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  44.94 
 
 		 340 aa  264  2e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  40.69 
 
 		 325 aa  263  3e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  43 
 
 		 321 aa  261  8e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  43 
 
 		 323 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  42.07 
 
 		 318 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  43.29 
 
 		 342 aa  258  1e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  40.57 
 
 		 326 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  43.77 
 
 		 319 aa  255  7e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  41.3 
 
 		 335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  72.61 
 
 		 158 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  42.53 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  45.3 
 
 		 338 aa  250  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 326 aa  248  7e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  41.28 
 
 		 340 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  43.77 
 
 		 323 aa  245  4.9999999999999997e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  39.17 
 
 		 340 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  40.58 
 
 		 329 aa  243  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  41.28 
 
 		 324 aa  242  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  39.18 
 
 		 336 aa  223  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  41.64 
 
 		 340 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  41.18 
 
 		 339 aa  210  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  36.51 
 
 		 335 aa  206  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0623  hypothetical protein  60.14 
 
 		 157 aa  200  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.114513  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.76 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.04 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  33.91 
 
 		 334 aa  136  5e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.38 
 
 		 350 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  34.78 
 
 		 330 aa  132  7.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.73 
 
 		 338 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.86 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.86 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.47 
 
 		 381 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  35.56 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.35 
 
 		 330 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  35.42 
 
 		 319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  30.28 
 
 		 351 aa  129  7.000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  35.65 
 
 		 327 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.42 
 
 		 354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.97 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  33.77 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.98 
 
 		 343 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>