88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1543 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1543  putative solute/DNA competence effector  100 
 
 
210 aa  427  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003430  ProQ protein  80.19 
 
 
208 aa  323  1e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000470709  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02347  putative solute/DNA competence effector  78.95 
 
 
220 aa  322  4e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1105  putative solute/DNA competence effector  76.67 
 
 
208 aa  318  3.9999999999999996e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000947436  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1844  putative solute/DNA competence effector  49.17 
 
 
243 aa  231  6e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.790888  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1811  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  51.93 
 
 
232 aa  228  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.179036  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2060  putative solute/DNA competence effector  51.3 
 
 
232 aa  224  6e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000898248  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1782  putative solute/DNA competence effector  50 
 
 
237 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0742372  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2664  putative solute/DNA competence effector  50 
 
 
237 aa  224  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000764643  normal  0.0215757 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1671  putative solute/DNA competence effector  50 
 
 
237 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000024891  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01802  putative solute/DNA competence effector  51.93 
 
 
232 aa  221  6e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01790  hypothetical protein  51.93 
 
 
232 aa  221  6e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2564  putative solute/DNA competence effector  51.93 
 
 
232 aa  221  6e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000584376  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1356  putative solute/DNA competence effector  51.93 
 
 
232 aa  221  6e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000120043  normal  0.2491 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1801  putative solute/DNA competence effector  51.93 
 
 
232 aa  221  6e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.304179  normal  0.0872497 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1922  putative solute/DNA competence effector  51.93 
 
 
232 aa  221  6e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.31825e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2118  putative solute/DNA competence effector  51.06 
 
 
236 aa  221  9e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00110468  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2047  putative solute/DNA competence effector  50.43 
 
 
228 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1989  putative solute/DNA competence effector  50.43 
 
 
228 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00261686  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1285  putative solute/DNA competence effector  50.43 
 
 
228 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000538186  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1469  putative solute/DNA competence effector  50.43 
 
 
228 aa  220  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00111252  normal  0.239206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2099  putative solute/DNA competence effector  51.5 
 
 
232 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000516503  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2401  putative solute/DNA competence effector  50.67 
 
 
227 aa  217  1e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1985  putative solute/DNA competence effector  50.43 
 
 
228 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000228326  hitchhiker  0.0069158 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1852  putative solute/DNA competence effector  47.01 
 
 
252 aa  216  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.106932  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2140  putative solute/DNA competence effector  47.41 
 
 
252 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1584  putative solute/DNA competence effector  48.65 
 
 
219 aa  212  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.107555  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1934  putative solute/DNA competence effector  51.66 
 
 
212 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.854531  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1992  putative solute/DNA competence effector  48.37 
 
 
216 aa  203  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025199  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2229  putative solute/DNA competence effector  50 
 
 
203 aa  201  5e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.180207  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1801  putative solute/DNA competence effector  50 
 
 
215 aa  201  6e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00925744  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2602  putative solute/DNA competence effector  48.82 
 
 
213 aa  199  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1721  putative solute/DNA competence effector  47.62 
 
 
228 aa  191  8e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000511987  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2132  putative solute/DNA competence effector  50.72 
 
 
214 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000562228  normal  0.054689 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2484  putative solute/DNA competence effector  48.34 
 
 
217 aa  187  8e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000695377  normal  0.223616 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2203  putative solute/DNA competence effector  48.83 
 
 
213 aa  185  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.702868  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1777  putative solute/DNA competence effector  48.34 
 
 
214 aa  184  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.205752  normal  0.103228 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02001  putative solute/DNA competence effector  47.11 
 
 
222 aa  184  9e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.101702  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1903  putative solute/DNA competence effector  49.04 
 
 
209 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0351843  normal  0.135941 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2448  putative solute/DNA competence effector  49.04 
 
 
210 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.268471  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2441  putative solute/DNA competence effector  49.04 
 
 
210 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.254744  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1747  putative solute/DNA competence effector  47.87 
 
 
214 aa  182  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.144322  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1672  putative solute/DNA competence effector  47.87 
 
 
214 aa  182  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000366609  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2561  putative solute/DNA competence effector  49.04 
 
 
209 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.33836  normal  0.0763092 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1070  putative solute/DNA competence effector  51.42 
 
 
211 aa  177  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.265506  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2811  putative solute/DNA competence effector  41.36 
 
 
220 aa  169  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00532714  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2188  putative solute/DNA competence effector  45.28 
 
 
207 aa  167  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.345813  normal  0.724108 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1663  hypothetical protein  40.82 
 
 
121 aa  65.1  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1657  hypothetical protein  40.82 
 
 
123 aa  65.1  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3139  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  41.46 
 
 
152 aa  64.3  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.144488  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2274  Fertility inhibition FinO-like protein  33.77 
 
 
260 aa  63.9  0.000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0754  ProP effector  37.23 
 
 
119 aa  62.4  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0862  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  42.17 
 
 
295 aa  62.4  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0182  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  40.24 
 
 
138 aa  56.6  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.247211  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0169  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  36.78 
 
 
289 aa  54.3  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0459261  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0187  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  36.78 
 
 
289 aa  53.9  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.261785  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0307  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  38.64 
 
 
288 aa  53.5  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.406422  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3447  hypothetical protein  38.64 
 
 
279 aa  53.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0121  hypothetical protein  35.29 
 
 
280 aa  52.8  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0127527 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1033  hypothetical protein  36.14 
 
 
239 aa  52.4  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0842196 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0133  hypothetical protein  31.93 
 
 
230 aa  51.6  0.000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0148  hypothetical protein  34.09 
 
 
230 aa  50.4  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3083  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  29.75 
 
 
169 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1492  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  34.57 
 
 
222 aa  49.7  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2615  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  32.22 
 
 
178 aa  49.7  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2177  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  34.09 
 
 
251 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6155  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  30.77 
 
 
398 aa  50.1  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.168417  normal  0.179511 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2080  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  36.71 
 
 
284 aa  49.7  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0898874  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8137  hypothetical protein  39.74 
 
 
144 aa  49.3  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0034  hypothetical protein  36.84 
 
 
200 aa  48.5  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00139041  normal  0.0848547 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1323  ProP effector  29.6 
 
 
171 aa  48.5  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.929512  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2570  hypothetical protein  36.47 
 
 
253 aa  47.8  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000198661  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4697  ProQ family protein  31.87 
 
 
114 aa  46.6  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3812  activator of osmoprotectant transporter  35.63 
 
 
228 aa  46.6  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.31951  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1453  ProP effector  32.58 
 
 
179 aa  46.6  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1540  ProP effector  32.58 
 
 
183 aa  46.2  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.178573  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0041  ProQ protein  32.58 
 
 
200 aa  45.8  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5764  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  31.46 
 
 
224 aa  45.8  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733693  normal  0.933198 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6008  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  31.46 
 
 
284 aa  45.8  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3555  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  29.57 
 
 
173 aa  45.1  0.0008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.586954  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0245  hypothetical protein  36.14 
 
 
319 aa  45.1  0.0008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2182  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  29.57 
 
 
171 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9559  hypothetical protein  38.1 
 
 
159 aa  43.9  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.766042  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6185  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  31.33 
 
 
223 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.942163  normal  0.876638 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5820  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  31.33 
 
 
223 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.231664  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6664  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  31.71 
 
 
224 aa  42  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.976014  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1789  ProQ activator of osmoprotectant transporter ProP  31.46 
 
 
179 aa  42  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7730  ProQ, activator of osmoprotectant transporter ProP  31.33 
 
 
220 aa  41.6  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>