More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1369 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  100 
 
 
292 aa  581  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  88.01 
 
 
292 aa  515  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  86.99 
 
 
292 aa  509  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  82.88 
 
 
294 aa  486  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  79.11 
 
 
292 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  72.51 
 
 
299 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  69.62 
 
 
295 aa  418  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  69.28 
 
 
295 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  69.28 
 
 
294 aa  411  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  69.28 
 
 
296 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  69.28 
 
 
296 aa  412  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  69.28 
 
 
294 aa  411  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  69.28 
 
 
296 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  69.97 
 
 
296 aa  412  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  69.28 
 
 
296 aa  412  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  69.28 
 
 
296 aa  412  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  68.94 
 
 
296 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  68.6 
 
 
296 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  68.6 
 
 
296 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  68.6 
 
 
296 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  68.6 
 
 
296 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  68.6 
 
 
296 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  65.87 
 
 
296 aa  401  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  67.92 
 
 
296 aa  404  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  65.19 
 
 
296 aa  395  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  62.09 
 
 
307 aa  348  8e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  57.3 
 
 
306 aa  330  1e-89  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.34 
 
 
315 aa  313  1.9999999999999998e-84  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  53.1 
 
 
301 aa  312  4.999999999999999e-84  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.14 
 
 
311 aa  297  2e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.34 
 
 
316 aa  295  9e-79  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  58.94 
 
 
307 aa  294  1e-78  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  51.36 
 
 
295 aa  286  4e-76  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  53.07 
 
 
289 aa  284  2.0000000000000002e-75  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.41 
 
 
308 aa  281  9e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.41 
 
 
308 aa  281  1e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.41 
 
 
308 aa  280  2e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.41 
 
 
308 aa  280  2e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  52.77 
 
 
311 aa  280  3e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  50.91 
 
 
308 aa  279  3e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  56.65 
 
 
307 aa  279  3e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  57.79 
 
 
308 aa  263  2e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.79 
 
 
308 aa  263  2e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  57.79 
 
 
308 aa  263  2e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.79 
 
 
308 aa  263  2e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  57.79 
 
 
308 aa  263  4e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  47.76 
 
 
315 aa  259  3e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.88 
 
 
321 aa  249  3e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  44.66 
 
 
324 aa  230  2e-59  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  43.96 
 
 
322 aa  227  1e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  41.84 
 
 
312 aa  223  3e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  44.19 
 
 
319 aa  203  3e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2124  Monosaccharide-transporting ATPase  35.71 
 
 
316 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2801  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.41 
 
 
310 aa  187  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.41 
 
 
320 aa  171  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  37.5 
 
 
308 aa  159  6e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  33.22 
 
 
339 aa  158  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  33.22 
 
 
339 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.14 
 
 
330 aa  158  1e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 
294 aa  155  6e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4654  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.85 
 
 
313 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.995284  normal  0.589042 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4759  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.47 
 
 
313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125335  normal  0.644601 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1642  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.29 
 
 
333 aa  153  4e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000807495  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3164  Monosaccharide-transporting ATPase  34.72 
 
 
310 aa  152  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2079  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.82 
 
 
330 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.509497  normal  0.0138886 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.34 
 
 
328 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0767  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.57 
 
 
312 aa  149  6e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000173406  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.21 
 
 
337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.625746  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2651  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
313 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.132029  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1871  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.66 
 
 
314 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  33.78 
 
 
334 aa  146  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  34.77 
 
 
311 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  34.77 
 
 
311 aa  145  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  34.77 
 
 
311 aa  145  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  34.77 
 
 
311 aa  145  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  34.77 
 
 
313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  30.42 
 
 
309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.91 
 
 
320 aa  145  9e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.65 
 
 
329 aa  144  1e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0344  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.94 
 
 
306 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0363  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.83 
 
 
318 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879984  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
309 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3064  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 
318 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00195714  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3856  Monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 
309 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0772543  normal  0.188822 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4971  Monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 
309 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.155709  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3338  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.08 
 
 
312 aa  143  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0713  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.29 
 
 
333 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3770  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.58 
 
 
313 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.741987  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0894  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  35.82 
 
 
333 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4184  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 
309 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0292  monosaccharide-transporting ATPase  34.58 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3087  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.46 
 
 
343 aa  140  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.154884  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3000  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.96 
 
 
312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.434934  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  34.85 
 
 
342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4268  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.22 
 
 
309 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3253  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  34.17 
 
 
313 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0915  ribose ABC transporter periplasmic ribose-binding protein  34.17 
 
 
313 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.57179  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3387  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.17 
 
 
313 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.460491  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4893  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.62 
 
 
309 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.202209  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1985  monosaccharide-transporting ATPase  34.5 
 
 
306 aa  138  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>