More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1264 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  100 
 
 
335 aa  692    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 
309 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  51.52 
 
 
306 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 
306 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 
302 aa  303  4.0000000000000003e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  45.79 
 
 
302 aa  293  2e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  45.79 
 
 
302 aa  293  2e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 
302 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
301 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 
302 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.77 
 
 
317 aa  286  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  47.47 
 
 
302 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  48.08 
 
 
302 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  47.74 
 
 
305 aa  282  5.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 
302 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  47.4 
 
 
300 aa  281  8.000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 
302 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 
302 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  45.85 
 
 
320 aa  280  3e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
299 aa  275  9e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  46.37 
 
 
300 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
299 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
299 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 
299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  44.77 
 
 
314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  47.75 
 
 
294 aa  269  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 
314 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
299 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
299 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
299 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 
299 aa  269  5e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  44.12 
 
 
314 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  46.02 
 
 
309 aa  268  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
320 aa  267  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 
314 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 
307 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 
307 aa  262  6e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 
307 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 
307 aa  262  8e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
299 aa  229  5e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 
296 aa  218  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 
335 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 
304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  39.27 
 
 
295 aa  212  7e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 
297 aa  209  7e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
299 aa  208  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
307 aa  207  2e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
300 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  34.25 
 
 
300 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
300 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  34.59 
 
 
298 aa  196  6e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
297 aa  196  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
300 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.96 
 
 
299 aa  193  3e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 
308 aa  193  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 
300 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
300 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
301 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
298 aa  189  8e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 
301 aa  187  3e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.79 
 
 
307 aa  186  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.9 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 
298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  34.62 
 
 
299 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
299 aa  181  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.54 
 
 
309 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
298 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
322 aa  179  9e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
296 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
298 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  33.91 
 
 
299 aa  177  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.55 
 
 
302 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
298 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
306 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
298 aa  176  6e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
303 aa  175  8e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5886  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.437235  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
309 aa  175  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
307 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  34.2 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5522  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
306 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0758082  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
348 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  34.15 
 
 
298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6527  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 
313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5327  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
317 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0620404 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
303 aa  172  5.999999999999999e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
295 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.88 
 
 
302 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
302 aa  172  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
302 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 
306 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>