More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0713 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 263 aa  545  1e-154  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  70.36 
 
 		 255 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  72.08 
 
 		 256 aa  383  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  70.29 
 
 		 244 aa  372  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  57.45 
 
 		 256 aa  293  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  55.51 
 
 		 266 aa  292  4e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  55.51 
 
 		 261 aa  291  9e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 257 aa  290  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  56.6 
 
 		 234 aa  290  2e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 257 aa  290  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 257 aa  290  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  56.07 
 
 		 260 aa  290  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  55.27 
 
 		 261 aa  289  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 260 aa  288  9e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  56.17 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  56.17 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  56.17 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  56.17 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  55.06 
 
 		 298 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  54.39 
 
 		 252 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  55.32 
 
 		 260 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  55.32 
 
 		 260 aa  282  4.0000000000000003e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  55.32 
 
 		 260 aa  281  7.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  55.32 
 
 		 260 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  55.32 
 
 		 260 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  53.41 
 
 		 287 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  53.41 
 
 		 287 aa  280  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  53.41 
 
 		 287 aa  279  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  53.41 
 
 		 287 aa  279  3e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  53.23 
 
 		 284 aa  279  4e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  52.23 
 
 		 284 aa  278  8e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  51.98 
 
 		 278 aa  276  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  53.81 
 
 		 261 aa  276  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  51.59 
 
 		 293 aa  276  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  52.82 
 
 		 284 aa  275  4e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  52.5 
 
 		 285 aa  275  5e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  53.39 
 
 		 273 aa  274  8e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  51.42 
 
 		 284 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  54.2 
 
 		 258 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  51.22 
 
 		 275 aa  271  7e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  53.59 
 
 		 256 aa  268  8e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  49.8 
 
 		 256 aa  261  6.999999999999999e-69  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  49.58 
 
 		 270 aa  253  3e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  50.21 
 
 		 241 aa  250  2e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  50 
 
 		 265 aa  245  6e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  48.74 
 
 		 242 aa  244  6.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  47.66 
 
 		 250 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  40.2 
 
 		 304 aa  234  9e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  46.44 
 
 		 252 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  43.97 
 
 		 648 aa  228  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  47.03 
 
 		 228 aa  224  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  48.05 
 
 		 245 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  43.7 
 
 		 261 aa  216  4e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  44.86 
 
 		 244 aa  215  5e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  45.96 
 
 		 225 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  45.8 
 
 		 235 aa  203  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  43.59 
 
 		 246 aa  203  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 245 aa  203  3e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  45.16 
 
 		 249 aa  191  7e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  40.64 
 
 		 319 aa  189  5e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  40.35 
 
 		 242 aa  183  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  39.58 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  44.05 
 
 		 268 aa  180  2e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  44.05 
 
 		 268 aa  179  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  42.11 
 
 		 277 aa  179  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 258 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  37.8 
 
 		 253 aa  174  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  37.95 
 
 		 560 aa  130  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.31 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.64 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  31.3 
 
 		 304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.08 
 
 		 320 aa  115  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  29.65 
 
 		 317 aa  115  6.9999999999999995e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  33.06 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  31.09 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12940  predicted protein  32.84 
 
 		 200 aa  113  3e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  33.73 
 
 		 370 aa  113  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.2 
 
 		 305 aa  112  7.000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.47 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  30.56 
 
 		 362 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.01 
 
 		 308 aa  110  2.0000000000000002e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  32.93 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  33.48 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.01 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 311 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  29.79 
 
 		 339 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  33.19 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  28.46 
 
 		 360 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  32.1 
 
 		 399 aa  109  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  33.05 
 
 		 278 aa  109  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  30.43 
 
 		 339 aa  108  9.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1841  pseudouridine synthase, RluA family  31.15 
 
 		 431 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.482122  normal  0.168334 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.46 
 
 		 402 aa  107  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  28.46 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>