172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0588 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0588  major outer membrane protein OmpU  100 
 
 
333 aa  651  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0116995  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03408  hypothetical protein  69.53 
 
 
337 aa  444  1e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  64.71 
 
 
336 aa  409  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0162  outer membrane protein OmpU  61.63 
 
 
350 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  5.02396e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001232  outer membrane protein OmpU  56.55 
 
 
319 aa  360  2e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0870457  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05099  porin  58.11 
 
 
321 aa  353  3e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  30.86 
 
 
312 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001436  non-specific porin  31.62 
 
 
323 aa  146  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.154506  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  31.83 
 
 
331 aa  146  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06287  hypothetical protein  31.62 
 
 
322 aa  145  9e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3613  porin  30.99 
 
 
310 aa  141  2e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479442  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  29.13 
 
 
362 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  29.13 
 
 
362 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  29.13 
 
 
362 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  29.13 
 
 
362 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  27.75 
 
 
366 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  27.59 
 
 
383 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1702  porin family protein  27.75 
 
 
366 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0189246  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  28.42 
 
 
359 aa  97.1  4e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  27.73 
 
 
351 aa  96.3  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  27.25 
 
 
376 aa  94.7  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  26.4 
 
 
350 aa  94.7  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  26.99 
 
 
376 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  27.56 
 
 
368 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  27.01 
 
 
371 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.9147e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  27.01 
 
 
371 aa  94.4  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  27.01 
 
 
371 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  27.47 
 
 
351 aa  94  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  27.47 
 
 
351 aa  94  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  27.47 
 
 
351 aa  94  3e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  27.47 
 
 
351 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  26.96 
 
 
367 aa  93.6  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  27.96 
 
 
351 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  28.16 
 
 
345 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  28.16 
 
 
345 aa  90.5  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  27.37 
 
 
378 aa  89.7  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  27.42 
 
 
351 aa  89.4  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  27.37 
 
 
378 aa  89.4  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  27.37 
 
 
378 aa  89.4  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  27.37 
 
 
378 aa  89.4  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  27.37 
 
 
378 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  29.18 
 
 
360 aa  87  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  27.59 
 
 
383 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  26.84 
 
 
371 aa  87  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0361  outer membrane phosphoporin protein E  27.51 
 
 
350 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  7.41681e-10 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  28.57 
 
 
372 aa  86.3  7e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  26.84 
 
 
371 aa  86.3  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  26.58 
 
 
371 aa  85.9  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  27.69 
 
 
370 aa  85.5  1e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  26.82 
 
 
363 aa  85.5  1e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.92905e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  27.34 
 
 
383 aa  85.9  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  27.54 
 
 
387 aa  85.1  2e-15  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0351  outer membrane phosphoporin protein E  27.15 
 
 
350 aa  84.7  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0360  outer membrane phosphoporin protein E  27.15 
 
 
350 aa  84.7  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0354  outer membrane phosphoporin protein E  27.15 
 
 
350 aa  84.7  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.52263  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0369  outer membrane phosphoporin protein E  27.15 
 
 
350 aa  84.7  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  27.43 
 
 
388 aa  83.2  6e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  26.75 
 
 
364 aa  82.8  8e-15  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  28 
 
 
357 aa  82  1e-14  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1090  outer membrane protein F  27.44 
 
 
362 aa  82.4  1e-14  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.11589e-05  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1029  outer membrane protein F  27.37 
 
 
362 aa  80.9  3e-14  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117634  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00940  hypothetical protein  27.37 
 
 
362 aa  80.9  3e-14  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  1.70376e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2714  porin Gram-negative type  27.37 
 
 
362 aa  80.9  3e-14  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.19637e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2389  outer membrane protein F  27.37 
 
 
362 aa  80.9  3e-14  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00716646  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00933  outer membrane porin 1a (Ia;b;F)  27.37 
 
 
362 aa  80.9  3e-14  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  1.51629e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  26.8 
 
 
367 aa  80.5  4e-14  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1572  outer membrane protein N  26.77 
 
 
380 aa  79  1e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0737338 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  29.08 
 
 
378 aa  77.8  2e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1037  outer membrane protein F  27.63 
 
 
362 aa  77.8  3e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.88881e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2667  outer membrane protein F  27.63 
 
 
362 aa  77.8  3e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000513703  normal  0.141925 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  26.88 
 
 
357 aa  76.6  5e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  27.39 
 
 
369 aa  74.7  2e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  26.52 
 
 
311 aa  73.6  5e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1448  porin  27.23 
 
 
368 aa  73.2  6e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2553  porin  26.1 
 
 
373 aa  73.2  7e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1784  porin Gram-negative type  26.21 
 
 
373 aa  73.2  7e-12  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00154811  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2056  porin Gram-negative type  26.16 
 
 
368 aa  72.8  8e-12  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  26.81 
 
 
357 aa  72.8  8e-12  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2159  outer membrane protein N  29.67 
 
 
398 aa  72.4  9e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.142593 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  27.97 
 
 
360 aa  72.4  1e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  26.89 
 
 
360 aa  72  1e-11  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  2.61923e-05  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  26.89 
 
 
360 aa  72.4  1e-11  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  4.0387e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2212  outer membrane protein N  29.4 
 
 
398 aa  70.5  4e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.466216  normal  0.580794 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  26.3 
 
 
365 aa  70.5  4e-11  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1124  outer membrane protein N  28.34 
 
 
403 aa  70.5  4e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181987  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  26.7 
 
 
360 aa  70.1  5e-11  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.7634e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1641  outer membrane protein N  25.55 
 
 
372 aa  67.4  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00375551  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2155  outer membrane protein F  28.69 
 
 
400 aa  67.8  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.977291  normal  0.673078 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1589  outer membrane porin protein LC  27.43 
 
 
333 aa  66.6  5e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.810656  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1642  outer membrane protein N  25.55 
 
 
372 aa  66.6  5e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1806  outer membrane protein N  25.55 
 
 
372 aa  66.6  5e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0174534  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1701  outer membrane protein N  25.55 
 
 
372 aa  66.6  5e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  25.55 
 
 
372 aa  66.6  5e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  25.33 
 
 
363 aa  64.3  3e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  25.33 
 
 
363 aa  64.3  3e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  25.33 
 
 
363 aa  64.3  3e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  25.33 
 
 
363 aa  64.3  3e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  25.07 
 
 
363 aa  63.2  7e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  26.85 
 
 
352 aa  61.2  2e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2279  porin  25.89 
 
 
377 aa  60.8  3e-08  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>