170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_p08203 on replicon NC_009777
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  100 
 
 		 592 aa  1224    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  41.53 
 
 		 655 aa  422  1e-117  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  38.21 
 
 		 673 aa  418  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  37.04 
 
 		 758 aa  353  7e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  35.53 
 
 		 677 aa  326  7e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  38.13 
 
 		 559 aa  323  5e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  39.09 
 
 		 576 aa  323  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  37.47 
 
 		 575 aa  314  2.9999999999999996e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  33.72 
 
 		 651 aa  314  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  38.04 
 
 		 594 aa  313  6.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  37.35 
 
 		 583 aa  311  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  38.43 
 
 		 593 aa  310  4e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  37.15 
 
 		 570 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  37.15 
 
 		 557 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  36.94 
 
 		 570 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  33.15 
 
 		 713 aa  274  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  33.94 
 
 		 648 aa  273  7e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  36.74 
 
 		 601 aa  256  6e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  31.39 
 
 		 598 aa  254  3e-66  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  33.45 
 
 		 658 aa  251  2e-65  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  33.04 
 
 		 603 aa  244  3.9999999999999997e-63  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  29.09 
 
 		 670 aa  225  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  26.5 
 
 		 641 aa  206  7e-52  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  29.05 
 
 		 611 aa  199  9e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  26.83 
 
 		 648 aa  198  2.0000000000000003e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  26.84 
 
 		 723 aa  196  1e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  28.24 
 
 		 620 aa  195  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  26.24 
 
 		 714 aa  194  5e-48  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  27.82 
 
 		 678 aa  191  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  26.59 
 
 		 695 aa  181  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  28.05 
 
 		 633 aa  180  4.999999999999999e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  26.25 
 
 		 699 aa  179  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  28.38 
 
 		 699 aa  177  7e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  27.7 
 
 		 633 aa  171  3e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  28.57 
 
 		 714 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  28.47 
 
 		 665 aa  161  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  29.55 
 
 		 662 aa  158  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  35.66 
 
 		 897 aa  158  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4975  TRAG family protein  28.39 
 
 		 560 aa  157  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  26.61 
 
 		 661 aa  157  6e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  27.53 
 
 		 669 aa  155  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  27.46 
 
 		 663 aa  155  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  27.66 
 
 		 674 aa  154  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  28.57 
 
 		 662 aa  154  5.9999999999999996e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  27.82 
 
 		 700 aa  154  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  28.33 
 
 		 554 aa  153  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  27.76 
 
 		 573 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  26.86 
 
 		 637 aa  152  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  26.86 
 
 		 637 aa  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6559  TRAG family protein  28.54 
 
 		 561 aa  151  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  28.79 
 
 		 661 aa  151  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  29.06 
 
 		 666 aa  150  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  27.21 
 
 		 659 aa  150  8e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  29.37 
 
 		 660 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0025  conjugal transfer coupling protein TraG  25.44 
 
 		 645 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000549825  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  27.55 
 
 		 664 aa  149  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  26.75 
 
 		 687 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  26.53 
 
 		 634 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  27.29 
 
 		 687 aa  149  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  27.57 
 
 		 659 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  27.97 
 
 		 809 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  28.11 
 
 		 661 aa  148  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  27.87 
 
 		 828 aa  147  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  29.29 
 
 		 661 aa  147  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  27.42 
 
 		 660 aa  147  8.000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  25.39 
 
 		 823 aa  146  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  27.7 
 
 		 834 aa  145  2e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  26.45 
 
 		 665 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  27.65 
 
 		 662 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  27.68 
 
 		 661 aa  145  3e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  27.13 
 
 		 548 aa  145  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  26.51 
 
 		 663 aa  144  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  25.48 
 
 		 675 aa  144  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  27.79 
 
 		 661 aa  144  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  25.67 
 
 		 668 aa  144  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  27.51 
 
 		 664 aa  143  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  27.29 
 
 		 660 aa  142  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  28.74 
 
 		 661 aa  143  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  24.78 
 
 		 666 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  26.06 
 
 		 669 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  26.06 
 
 		 666 aa  141  3e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  27.37 
 
 		 660 aa  141  3e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  27.55 
 
 		 666 aa  141  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  25.85 
 
 		 665 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4715  conjugal transfer coupling protein TraG  25.68 
 
 		 626 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  25.31 
 
 		 670 aa  140  6e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  27.8 
 
 		 678 aa  140  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  24.96 
 
 		 664 aa  140  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  28.1 
 
 		 676 aa  140  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  27.68 
 
 		 661 aa  140  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  25.04 
 
 		 665 aa  139  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  27.46 
 
 		 663 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  27.46 
 
 		 663 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  25.09 
 
 		 673 aa  138  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  25.95 
 
 		 672 aa  137  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2248  conjugal transfer coupling protein TraG  25.26 
 
 		 644 aa  137  4e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.31 
 
 		 663 aa  137  7.000000000000001e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  24.03 
 
 		 723 aa  137  7.000000000000001e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  24.17 
 
 		 669 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  24.9 
 
 		 667 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>