195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06847 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06847  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  100 
 
 
364 aa  768    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000872  cytochrome c-type protein TorY  89.84 
 
 
364 aa  702    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1539  cytochrome c-type protein YecK  80.22 
 
 
368 aa  644    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1767  NapC/NirT cytochrome c domain protein  53.73 
 
 
366 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.936098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2609  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  51.23 
 
 
366 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.637408  hitchhiker  0.00703853 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01844  TMAO reductase III (TorYZ), cytochrome c-type subunit  53.13 
 
 
366 aa  395  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01833  hypothetical protein  53.13 
 
 
366 aa  395  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1759  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  53.43 
 
 
366 aa  398  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2105  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  52.84 
 
 
366 aa  395  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1968  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  53.43 
 
 
366 aa  398  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1313  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  52.54 
 
 
366 aa  393  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.563249 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2166  trimethylamine N-oxide reductase III, c-type cytochrome subunit TorY  52.54 
 
 
366 aa  388  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3232  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  40.75 
 
 
386 aa  277  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000448194 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0807  cytochrome c-type protein  39.72 
 
 
378 aa  266  4e-70  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1232  cytochrome c-type protein torC  37.53 
 
 
390 aa  240  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2128  cytochrome c-type protein torC  37.53 
 
 
390 aa  240  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2646  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.53 
 
 
390 aa  239  4e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2599  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.53 
 
 
390 aa  239  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.426905 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1107  cytochrome c-type protein torC  37.53 
 
 
390 aa  239  4e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1113  cytochrome c-type protein torC  37.53 
 
 
390 aa  238  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00999  trimethylamine N-oxide (TMAO) reductase I, cytochrome c-type subunit  37.26 
 
 
390 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4051  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.33 
 
 
394 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01006  hypothetical protein  37.26 
 
 
390 aa  236  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4106  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.33 
 
 
394 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4155  cytochrome c-type protein torC  37.33 
 
 
394 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.33 
 
 
394 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4034  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.33 
 
 
394 aa  236  6e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3773  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  35.08 
 
 
392 aa  225  8e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3046  DMSO/TMAO pentaheme cytochrome c subunit  34.82 
 
 
392 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4219  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  35.57 
 
 
359 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0284374  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05451  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  35.56 
 
 
361 aa  219  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1283  membrane-bound tetrahaem cytochrome TorC/YecK  35.69 
 
 
392 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1875  NapC/NirT cytochrome c-like  34.14 
 
 
391 aa  215  9e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0656  NapC/NirT cytochrome c-like  32.49 
 
 
389 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.57103 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1749  NapC/NirT cytochrome c-like  32.5 
 
 
385 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30.83 
 
 
392 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1233  tetraheme cytochrome c  31.11 
 
 
392 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1052  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  31.11 
 
 
392 aa  189  9e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.653719  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3351  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30.56 
 
 
392 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1155  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30.56 
 
 
392 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1117  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  31.11 
 
 
392 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30.56 
 
 
392 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1056  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30.83 
 
 
392 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3525  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  31.37 
 
 
392 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0773  cytochrome c-type protein  31.71 
 
 
392 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3342  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30.16 
 
 
392 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.688416  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2797  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  30.65 
 
 
392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.135718 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2730  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  31.43 
 
 
407 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1297  cytochrome c-type protein TorC  31.12 
 
 
394 aa  182  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3359  trimethylamine-N-oxide reductase C-type cytochrome TorC  30.75 
 
 
392 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1832  cytochrome c-type protein TorC  29.35 
 
 
392 aa  179  9e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1672  cytochrome c-type protein  29.23 
 
 
389 aa  178  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1995  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  31.01 
 
 
392 aa  178  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.783137  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0988  tetraheme cytochrome c  29.69 
 
 
391 aa  166  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003826  cytochrome c-type protein TorY  30.05 
 
 
383 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  29.79 
 
 
411 aa  163  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.460429  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4219  denitrification system component NirT/cytochrome c552  45.88 
 
 
603 aa  156  6e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.50309  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2579  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  42.44 
 
 
191 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.123088  normal  0.367368 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3218  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.02 
 
 
234 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2617  NapC/NirT cytochrome c domain protein  42.6 
 
 
203 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.245408  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1504  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  41.67 
 
 
203 aa  153  5e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02129  nitrate reductase, cytochrome c-type, periplasmic  41.67 
 
 
200 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268616  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1457  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  41.67 
 
 
200 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2340  cytochrome c-type protein NapC  41.67 
 
 
200 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2350  cytochrome c-type protein NapC  41.67 
 
 
200 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0739  cytochrome c-type protein NapC  41.67 
 
 
200 aa  152  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3339  cytochrome c-type protein NapC  41.67 
 
 
200 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2501  cytochrome c-type protein NapC  41.67 
 
 
200 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02088  hypothetical protein  41.67 
 
 
200 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.254061  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2390  cytochrome c-type protein NapC  42.86 
 
 
200 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1582  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  42.68 
 
 
195 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.220778  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2439  cytochrome c-type protein NapC  42.86 
 
 
200 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.568439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2495  cytochrome c-type protein NapC  42.86 
 
 
200 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306548 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2598  cytochrome c-type protein NapC  42.86 
 
 
200 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.374466 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1339  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  43.71 
 
 
233 aa  152  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1338  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  42.05 
 
 
202 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2481  cytochrome c-type protein NapC  42.86 
 
 
200 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4061  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome NapC/NirT  43.27 
 
 
195 aa  151  2e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418249  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1448  cytochrome c-type protein NapC  41.07 
 
 
200 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2788  cytochrome c-type protein NapC  42.26 
 
 
200 aa  150  3e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0166943 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1389  cytochrome c-type protein NapC  42.26 
 
 
199 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.701394  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1275  cytochrome c-type protein NapC  42.26 
 
 
199 aa  150  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1587  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  45.68 
 
 
196 aa  150  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05375  cytochrome c-type protein NapC  43.03 
 
 
192 aa  149  8e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2415  cytochrome c-type protein NapC  41.07 
 
 
200 aa  149  9e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3513  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  41.76 
 
 
215 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.654609  normal  0.0192355 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4005  NapC/NirT cytochrome c domain protein  43.11 
 
 
206 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2719  cytochrome c-type protein NapC  41.07 
 
 
200 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2678  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  42.53 
 
 
199 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.401671  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1772  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  41.27 
 
 
195 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4765  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  43.27 
 
 
195 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.719721  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1844  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  41.8 
 
 
195 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.413955  hitchhiker  0.000210051 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2133  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  41.8 
 
 
195 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1902  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  41.8 
 
 
195 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.526119  hitchhiker  0.000000839402 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2425  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  43.68 
 
 
199 aa  146  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2381  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  41.27 
 
 
195 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000554571  normal  0.329531 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1945  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  41.27 
 
 
195 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00277944  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2551  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family protein  41.38 
 
 
199 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.476596  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1624  periplasmic nitrate reductase C-type cytochrome, NapC/NirT  42.53 
 
 
195 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.123114  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1938  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  41.27 
 
 
195 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00561646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>