More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06810 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  69.74 
 
 
499 aa  739    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  100 
 
 
526 aa  1090    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  77.35 
 
 
506 aa  822    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  56.54 
 
 
495 aa  567  1e-160  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  53.85 
 
 
505 aa  555  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  56.28 
 
 
501 aa  553  1e-156  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  54.44 
 
 
494 aa  548  1e-155  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  54.01 
 
 
526 aa  541  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  53.42 
 
 
527 aa  532  1e-150  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  48.57 
 
 
527 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1127  N-6 DNA methylase  71.72 
 
 
302 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  45.28 
 
 
633 aa  424  1e-117  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  45.17 
 
 
505 aa  382  1e-105  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  39.2 
 
 
523 aa  375  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  39.73 
 
 
508 aa  371  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  44.26 
 
 
574 aa  371  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  43.96 
 
 
574 aa  360  4e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  43.83 
 
 
574 aa  359  6e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  43.71 
 
 
587 aa  359  7e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  42 
 
 
504 aa  359  7e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  40.68 
 
 
518 aa  359  8e-98  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  41.34 
 
 
505 aa  354  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  44.71 
 
 
585 aa  348  2e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  40.04 
 
 
495 aa  347  3e-94  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  41.79 
 
 
498 aa  343  5.999999999999999e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  40.74 
 
 
496 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  39.12 
 
 
799 aa  336  7e-91  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  40.34 
 
 
810 aa  335  1e-90  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  39.42 
 
 
518 aa  335  1e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  39.42 
 
 
518 aa  335  1e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  39.42 
 
 
518 aa  334  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  39.42 
 
 
518 aa  334  2e-90  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  42.08 
 
 
824 aa  332  7.000000000000001e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  37.83 
 
 
528 aa  332  1e-89  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  41.3 
 
 
498 aa  331  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  39.63 
 
 
809 aa  330  3e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  40.6 
 
 
814 aa  328  1.0000000000000001e-88  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  40.3 
 
 
908 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  40.87 
 
 
500 aa  325  1e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  37.48 
 
 
847 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  39.24 
 
 
808 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  40.16 
 
 
499 aa  320  6e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  38.77 
 
 
523 aa  318  2e-85  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  43.72 
 
 
554 aa  318  2e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  37.63 
 
 
814 aa  317  5e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  38.24 
 
 
814 aa  312  9e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  37.98 
 
 
525 aa  311  1e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  36.26 
 
 
535 aa  310  2.9999999999999997e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  38 
 
 
810 aa  310  4e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  39.1 
 
 
499 aa  310  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  38.13 
 
 
544 aa  309  6.999999999999999e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  38.91 
 
 
871 aa  307  3e-82  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  41.3 
 
 
873 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  39.01 
 
 
827 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  36.03 
 
 
540 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  35.85 
 
 
568 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  37.76 
 
 
525 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  38.81 
 
 
815 aa  303  7.000000000000001e-81  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  36.73 
 
 
537 aa  302  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  39.45 
 
 
808 aa  301  1e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  36.73 
 
 
537 aa  302  1e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  35.87 
 
 
537 aa  300  5e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  35.26 
 
 
535 aa  299  8e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  36.4 
 
 
534 aa  296  5e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  36.47 
 
 
537 aa  296  7e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  37.43 
 
 
534 aa  295  1e-78  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  36 
 
 
708 aa  294  2e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  36.59 
 
 
799 aa  293  4e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  34.88 
 
 
547 aa  292  9e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  37.77 
 
 
853 aa  292  1e-77  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  36.76 
 
 
822 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  44.09 
 
 
462 aa  290  3e-77  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  36.76 
 
 
508 aa  290  3e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  35.98 
 
 
527 aa  290  4e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  35.24 
 
 
504 aa  289  7e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  36.66 
 
 
492 aa  289  8e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  37.53 
 
 
891 aa  289  1e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  36.15 
 
 
493 aa  286  8e-76  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  35.07 
 
 
522 aa  286  9e-76  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  38.32 
 
 
862 aa  285  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  35.84 
 
 
516 aa  285  2.0000000000000002e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  37.09 
 
 
508 aa  282  9e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  37.01 
 
 
513 aa  281  2e-74  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  37.04 
 
 
863 aa  280  5e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  34.43 
 
 
547 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  36.52 
 
 
816 aa  279  1e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  35.45 
 
 
503 aa  276  6e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  36.69 
 
 
860 aa  274  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  34.11 
 
 
511 aa  272  1e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  36.62 
 
 
910 aa  272  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  35.93 
 
 
856 aa  271  2e-71  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  36.22 
 
 
863 aa  271  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  36.62 
 
 
863 aa  269  8.999999999999999e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  36.31 
 
 
874 aa  268  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  34.95 
 
 
855 aa  268  2e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  35.4 
 
 
523 aa  268  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  33.08 
 
 
522 aa  266  8.999999999999999e-70  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  39.47 
 
 
584 aa  265  2e-69  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  34 
 
 
496 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  35.61 
 
 
505 aa  262  1e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>